p6M2x35s-UbiZm F648
Binärer Vektor mit 2x35s–hptII, für Monokotyle.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 2.508 | zwischen E9 und Ubi-int |
| SwaI (SmiI)ATTT^AAAT | 2.526 | zwischen E9 und Ubi-int |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 2.533 | zwischen E9 und Ubi-int |
| NcoIC^CATGG | 3.584 | in Intron |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 3.657 | in Intron |
| ClaI (BspDI)AT^CGAT | 3.770 | in Intron |
| SpeIA^CTAGT | 4.047 | zwischen Ubi-int und NOS-T |
| BamHIG^GATCC | 4.053 | zwischen Ubi-int und NOS-T |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 4.061 | zwischen Ubi-int und NOS-T |
| EcoRIG^AATTC | 4.071 | zwischen Ubi-int und NOS-T |
| HindIIIA^AGCTT | 4.077 | zwischen Ubi-int und NOS-T |
| MluIA^CGCGT | 4.083 | zwischen Ubi-int und NOS-T |
| SalIG^TCGAC | 4.089 | zwischen Ubi-int und NOS-T |
| AflII (BspTI)C^TTAAG | 4.136 | in NOS-T |
| NotIGC^GGCCGC | 4.389 | zwischen NOS-T und Right Border Region |
| PacITTAAT^TAA | 4.401 | zwischen NOS-T und Right Border Region |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 4.472 | in Right Border Region |
Schneiden zweimal: SphI (4.371, 4.597), KpnI (4.378, 4.440), XhoI (958, 3.237), BglII (3.484, 4.418), EcoRV (826, 4.984), ApaI (3.597, 4.431), SfiI (2.516, 4.412), StuI (1.872, 2.510), NsiI (3.815, 4.227), EagI (4.389, 4.854), SacII (1.346, 2.176), AatII (4.385, 4.863).
Keine Schnittstelle: SacI, AscI, FseI, AvrII, AgeI, BstBI, HpaI, BsrGI, PvuII, BsaI, BsmBI, SapI, AarI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- 2x35s
- Gen 1
- hptII
- Promotor 2
- UbiZm
- Merkmale
- Monokotyle
- Weitere Marker
- hptII'', strep/spec
- Größe
- 9.125 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 12-JUL-2023
Konstrukt
- P2x35s–hptII · E9 · Selektionskassette, 174–2.498
- Ubi-int–(leer)–NOS-T · leere Expressionskassette, 2.539–4.360
- MCS · 8 Single-Cutter-Schnittstellen · Pos. 4.047, 4.136
- SfiI ×2 · flankiert die Kassette Ubi-int–(empty)–NOS-T · Pos. 2.516, 4.412
- T-DNA-Grenzen (Borders) · LB, RB
Ligation of 594pUbi-BA* into C241p6M2x35s*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| LB' | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| P2x35s' | Promotor misc_feature | 174 | 958 | 785 | + |
| Kozak | Schnittstelle misc_feature | 971 | 975 | 5 | + |
| hptII | Selektionsmarker CDS | 976 | 1.545 | 570 | + |
| int | Schnittstelle misc_feature | 1.546 | 1.734 | 189 | + |
| 'hptII'' | Selektionsmarker CDS | 1.735 | 2.190 | 456 | + |
| 'E9 | Terminator misc_feature | 2.208 | 2.498 | 291 | + |
| 'Ubi-int | Promotor misc_feature | 2.539 | 4.046 | 1.508 | + |
| Intron | Schnittstelle misc_feature | 3.525 | 4.044 | 520 | + |
| NOS-T | Terminator misc_feature | 4.107 | 4.360 | 254 | + |
| Right Border Region | Sonstiges misc_feature | 4.443 | 5.045 | 603 | + |
| RB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 4.488 | 4.511 | 24 | + |
| 'ColE1'' | Origin / Backbone misc_feature | 5.059 | 5.717 | 659 | + |
| ''pVS1 ORI''' | Origin / Backbone misc_feature | 5.746 | 7.709 | 1.964 | + |
| ParB | Kodierende Sequenz CDS | 6.072 | 7.247 | 1.176 | + |
| strep/spec | Selektionsmarker CDS | 7.898 | 8.908 | 1.011 | + |
| Left Border Region | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 8.976 | 163 | 0 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
p6M2x35s-UbiZm (F648; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/binaries/p6M2x35s-UbiZm)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.