p9D35s-Pnos-DoGusi G178
Binärer Vektor mit 35s–nptII und Nos–oGus, für Dikotyle.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| XbaIT^CTAGA | 163 | zwischen Left Border Region und 35S |
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 587 | zwischen 35S und NptIIo' |
| SacI (Ecl136II)GAGCT^C | 1.115 | in NptIIo' |
| PstICTGCA^G | 1.908 | zwischen E9 und P-NOS |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1.908 | zwischen E9 und P-NOS |
| NotIGC^GGCCGC | 1.917 | zwischen E9 und P-NOS |
| SpeIA^CTAGT | 1.924 | zwischen E9 und P-NOS |
| BamHIG^GATCC | 1.930 | zwischen E9 und P-NOS |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 1.938 | zwischen E9 und P-NOS |
| SacII (Cfr42I)CCGC^GG | 2.055 | in P-NOS |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 2.137 | in P-NOS |
| HindIIIA^AGCTT | 2.244 | zwischen P-NOS und ogus |
| HpaI (KspAI)GTT^AAC | 3.166 | in ogus |
| BsaI (Eco31I)GGTCTC(1/5) | 3.500 | in ogus |
| SalIG^TCGAC | 4.268 | zwischen ogus und OCS |
| BsmBI (Esp3I)CGTCTC(1/5) | 4.288 | in OCS |
| AflII (BspTI)C^TTAAG | 4.478 | zwischen OCS und Right Border Region |
| ApaI (PspOMI)GGGCC^C | 4.499 | zwischen OCS und Right Border Region |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 4.505 | zwischen OCS und Right Border Region |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 4.537 | in Right Border Region |
| SphI (PaeI)GCATG^C | 4.662 | in Right Border Region |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 4.928 | in Right Border Region |
Schneiden zweimal: BglII (3.269, 4.488), MluI (1.598, 2.250), SfiI (1.916, 4.482), EagI (1.917, 4.919), BstEII (1.357, 8.340).
Keine Schnittstelle: EcoRI, NcoI, NdeI, ClaI, AscI, PacI, FseI, SwaI, AvrII, BsiWI, AgeI, BstBI, NsiI, BsrGI, PvuII, SapI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- 35s
- Gen 1
- nptII
- Promotor 2
- Nos
- Gen 2
- oGus
- Merkmale
- Dikotyle
- Weitere Marker
- NptIIo', strep/spec
- Größe
- 9.190 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 18-APR-2024
Konstrukt
- 35S–NptIIo · E9 · Selektionskassette, 169–1.898
- MCS · 6 Single-Cutter-Schnittstellen · Pos. 1.908, 1.938
- SfiI ×2 · flankiert die MCS · Pos. 1.916, 4.482
- T-DNA-Grenzen (Borders) · LB, RB
Ligation of B492pNos-DoGusi-ocs* into F940p9D35s*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| LB' | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| 35S | Promotor misc_feature | 169 | 584 | 416 | + |
| NptIIo' | Selektionsmarker CDS | 605 | 901 | 297 | + |
| mut to T | Schnittstelle misc_feature | 688 | 688 | 1 | + |
| 'intron | Kodierende Sequenz CDS | 902 | 1.090 | 189 | + |
| NptIIo' | Selektionsmarker CDS | 1.091 | 1.594 | 504 | + |
| mut to T | Schnittstelle misc_feature | 1.255 | 1.255 | 1 | + |
| 'E9 | Terminator misc_feature | 1.608 | 1.898 | 291 | + |
| P-NOS | Sonstiges misc_feature | 1.943 | 2.240 | 298 | + |
| ogus | Kodierende Sequenz CDS | 2.267 | 2.881 | 615 | + |
| 'Intron | Schnittstelle misc_feature | 2.882 | 3.070 | 189 | + |
| ogus | Kodierende Sequenz CDS | 3.071 | 4.267 | 1.197 | + |
| OCS | Terminator misc_feature | 4.273 | 4.468 | 196 | + |
| Right Border Region | Sonstiges misc_feature | 4.508 | 5.110 | 603 | + |
| RB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 4.553 | 4.576 | 24 | + |
| 'ColE1'' | Origin / Backbone misc_feature | 5.124 | 5.782 | 659 | + |
| ''pVS1 ORI''' | Origin / Backbone misc_feature | 5.811 | 7.774 | 1.964 | + |
| ParB | Kodierende Sequenz CDS | 6.137 | 7.312 | 1.176 | + |
| strep/spec | Selektionsmarker CDS | 7.963 | 8.973 | 1.011 | + |
| Left Border Region | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 9.041 | 163 | 0 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
p9D35s-Pnos-DoGusi (G178; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/binaries/p9D35s-Pnos-DoGusi; RRID:SCR_029231)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.