p9o2x35s-UbiZm-LH B516
Binärer Vektor mit 2x35s–nptII, für Monokotyle.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| SacI (Ecl136II)GAGCT^C | 1.626 | in nptIIo |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 2.426 | zwischen TE9 und UbiZm |
| SwaI (SmiI)ATTT^AAAT | 2.467 | zwischen TE9 und UbiZm |
| SpeIA^CTAGT | 3.988 | zwischen UbiZm und Tnos |
| BamHIG^GATCC | 3.994 | zwischen UbiZm und Tnos |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 4.002 | zwischen UbiZm und Tnos |
| EcoRIG^AATTC | 4.012 | zwischen UbiZm und Tnos |
| HindIIIA^AGCTT | 4.018 | zwischen UbiZm und Tnos |
| MluIA^CGCGT | 4.024 | zwischen UbiZm und Tnos |
| SalIG^TCGAC | 4.030 | zwischen UbiZm und Tnos |
| AflII (BspTI)C^TTAAG | 4.077 | in Tnos |
| PacITTAAT^TAA | 4.342 | zwischen Tnos und RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 4.408 | zwischen Tnos und RB |
Schneiden zweimal: KpnI (4.319, 4.376), XhoI (1.098, 3.178), NcoI (2.452, 3.525), NheI (3.598, 9.129), BglII (3.425, 4.359), ClaI (3.711, 9.209), EcoRV (966, 4.920), SfiI (2.457, 4.353), BsiWI (2.474, 9.013), AgeI (9.623, 9.931), NsiI (3.756, 4.168), AatII (4.326, 4.799), XmnI (601, 926), BstEII (1.868, 10.494), BsmBI (6.092, 7.145), SapI (5.852, 9.749), AarI (1.589, 1.710).
Keine Schnittstelle: AscI, AvrII, BstBI, HpaI, StuI, BsrGI, SacII, PvuII.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- 2x35s
- Gen 1
- nptII
- Promotor 2
- UbiZm
- Gen 2
- MCS
- Merkmale
- Monokotyle
- Weitere Marker
- nptIIo, Sm/Sp
- Größe
- 11.647 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 22-JAN-2016
Konstrukt
- P2x35s–nptIIo · TE9 · Selektionskassette, 314–2.416
- UbiZm–(leer)–Tnos · leere Expressionskassette, 2.480–4.301
- MCS · 8 Single-Cutter-Schnittstellen · Pos. 3.988, 4.077
- SfiI ×2 · flankiert die Kassette UbiZm–(empty)–Tnos · Pos. 2.457, 4.353
- T-DNA-Grenzen (Borders) · LB, RB
Ligation of 594pUbi-BA* into B485p9o2x35s-LH*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| LB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| P2x35s | Promotor misc_feature | 314 | 1.098 | 785 | + |
| nptIIo | Selektionsmarker CDS | 1.116 | 1.414 | 299 | + |
| int | Schnittstelle CDS | 1.415 | 1.601 | 187 | + |
| nptIIo | Selektionsmarker CDS | 1.602 | 2.108 | 507 | + |
| TE9 | Terminator misc_feature | 2.126 | 2.416 | 291 | + |
| UbiZm | Promotor misc_feature | 2.480 | 3.987 | 1.508 | + |
| int | Schnittstelle misc_feature | 3.466 | 3.985 | 520 | + |
| Tnos | Terminator misc_feature | 4.048 | 4.301 | 254 | + |
| RB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 4.424 | 4.447 | 24 | + |
| ColE1 | Origin / Backbone misc_feature | 4.982 | 5.679 | 698 | + |
| pVS1 | Origin / Backbone misc_feature | 6.228 | 9.933 | 3.706 | + |
| Sm/Sp | Selektionsmarker CDS | 10.117 | 11.127 | 1.011 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
p9o2x35s-UbiZm-LH (B516; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/binaries/p9o2x35s-UbiZm-LH; RRID:SCR_029231)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.