p9oU10-oGFPint B438
Binärer Vektor mit Ubq10–nptII und link-EGFP, für Dikotyle.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 1.786 | zwischen UBQ10 und nptIIo |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 3.107 | zwischen TE9 und gfp |
| NcoIC^CATGG | 3.133 | zwischen TE9 und gfp |
| SpeIA^CTAGT | 3.146 | zwischen TE9 und gfp |
| BamHIG^GATCC | 3.152 | zwischen TE9 und gfp |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 3.160 | zwischen TE9 und gfp |
| HindIIIA^AGCTT | 3.176 | zwischen TE9 und gfp |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 3.539 | in gfp |
| StuI (Eco147I)AGG^CCT | 4.316 | zwischen Tocs und RB |
| AflII (BspTI)C^TTAAG | 4.318 | zwischen Tocs und RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 4.377 | zwischen Tocs und RB |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 4.768 | zwischen RB und ColE1 |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 8.982 | in pVS1 |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 9.098 | in pVS1 |
Schneiden zweimal: EcoRI (969, 3.170), SalI (1.147, 4.108), PstI (3.107, 3.168), SphI (3.113, 4.502), KpnI (3.420, 4.345), SacI (1.402, 2.314), NdeI (5.883, 7.642), BglII (1.714, 4.328), ClaI (3.770, 9.178), ApaI (1.887, 4.339), MluI (2.797, 3.182), SfiI (3.138, 4.322), AgeI (9.592, 9.900), XmnI (570, 2.799), BstEII (2.556, 10.463), AarI (2.277, 2.398).
Keine Schnittstelle: AscI, PacI, SwaI, AvrII, HpaI, NsiI, BsrGI, SacII, PvuII.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- Ubq10
- Gen 1
- nptII
- Gen 2
- link-EGFP
- Merkmale
- Dikotyle
- Weitere Marker
- nptIIo, Sm/Sp
- Größe
- 11.616 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 22-JAN-2016
Konstrukt
- UBQ10–nptIIo · TE9 · Selektionskassette, 309–3.097
- MCS · 6 Single-Cutter-Schnittstellen · Pos. 3.107, 3.176
- SfiI ×2 · flankiert die MCS · Pos. 3.138, 4.322
- T-DNA-Grenzen (Borders) · LB, RB
Ligation of B444pmGFPD-ocs* into B435p9oU10-LH*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| LB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| UBQ10 | Sonstiges misc_feature | 309 | 1.784 | 1.476 | + |
| Ubi cds 5 | Promotor misc_feature | 1.413 | 1.476 | 64 | + |
| int | Schnittstelle misc_feature | 1.479 | 1.782 | 304 | + |
| nptIIo | Selektionsmarker CDS | 1.804 | 2.102 | 299 | + |
| splice | Schnittstelle misc_signal | 2.099 | 2.102 | 4 | + |
| int | Schnittstelle CDS | 2.103 | 2.289 | 187 | + |
| splice | Schnittstelle misc_signal | 2.288 | 2.291 | 4 | + |
| nptIIo | Selektionsmarker CDS | 2.290 | 2.793 | 504 | + |
| TE9 | Terminator misc_feature | 2.807 | 3.097 | 291 | + |
| gfp | Kodierende Sequenz CDS | 3.199 | 3.577 | 379 | + |
| int | Schnittstelle CDS | 3.578 | 3.766 | 189 | + |
| gfp | Kodierende Sequenz CDS | 3.767 | 4.104 | 338 | + |
| Tocs | Terminator misc_feature | 4.113 | 4.308 | 196 | + |
| RB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 4.393 | 4.416 | 24 | + |
| ColE1 | Origin / Backbone misc_feature | 4.951 | 5.648 | 698 | + |
| bom | Origin / Backbone misc_feature | 5.685 | 5.944 | 260 | + |
| pVS1 | Origin / Backbone misc_feature | 6.197 | 9.902 | 3.706 | + |
| Sm/Sp | Selektionsmarker CDS | 10.086 | 11.096 | 1.011 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
p9oU10-oGFPint (B438; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/binaries/p9oU10-oGFPint; RRID:SCR_029231)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.