p9oUbiZmF-UbiZmF D016
Binärer Vektor mit UbiZm–nptII, für Monokotyle.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| SacI (Ecl136II)GAGCT^C | 2.841 | in NptIIo |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 3.641 | zwischen TE9 und PUbiZmF |
| SpeIA^CTAGT | 5.680 | zwischen PUbiZmF und NOS-T |
| BamHIG^GATCC | 5.689 | zwischen PUbiZmF und NOS-T |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 5.697 | zwischen PUbiZmF und NOS-T |
| HindIIIA^AGCTT | 5.713 | zwischen PUbiZmF und NOS-T |
| MluIA^CGCGT | 5.719 | zwischen PUbiZmF und NOS-T |
| StuI (Eco147I)AGG^CCT | 6.004 | zwischen NOS-T und RB |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 6.033 | zwischen NOS-T und RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 6.065 | zwischen NOS-T und RB |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 6.456 | zwischen RB und ColE1 |
| EcoRV (Eco32I)GAT^ATC | 6.577 | zwischen RB und ColE1 |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 10.670 | in pVS1 |
Schneiden zweimal: SphI (3.647, 6.190), SfiI (3.672, 6.010), AgeI (11.280, 11.588), AflII (5.772, 6.006), BstEII (3.083, 12.151), BsmBI (7.749, 8.802), SapI (7.509, 11.406), AarI (2.804, 2.925).
Keine Schnittstelle: AscI, PacI, SwaI, AvrII, BstBI, HpaI, BsrGI, SacII, PvuII, XmnI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- UbiZm
- Gen 1
- nptII
- Promotor 2
- UbiZm
- Merkmale
- Monokotyle
- Weitere Marker
- NptIIo, Sm/Sp
- Größe
- 13.304 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 03-AUG-2020
Konstrukt
- PUbiZmF–NptIIo · TE9 · Selektionskassette, 316–3.631
- PUbiZmF–(leer)–NOS-T · leere Expressionskassette, 3.686–5.991
- MCS · 5 Single-Cutter-Schnittstellen · Pos. 5.680, 5.719
- SfiI ×2 · flankiert die Kassette PUbiZmF–(empty)–NOS-T · Pos. 3.672, 6.010
- T-DNA-Grenzen (Borders) · LB, RB
Ligation of B527pUbiZmF-Tnos* into D015p9oUbiZmF* corrected sequence
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| LB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| PUbiZmF | Promotor misc_feature | 316 | 2.309 | 1.994 | + |
| NptIIo | Selektionsmarker CDS | 2.331 | 2.629 | 299 | + |
| int | Schnittstelle CDS | 2.630 | 2.816 | 187 | + |
| NptIIo | Selektionsmarker CDS | 2.817 | 3.323 | 507 | + |
| TE9 | Terminator misc_feature | 3.341 | 3.631 | 291 | + |
| PUbiZmF | Promotor misc_feature | 3.686 | 5.679 | 1.994 | + |
| NOS-T | Terminator misc_feature | 5.743 | 5.991 | 249 | + |
| RB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 6.081 | 6.104 | 24 | + |
| ColE1 | Origin / Backbone misc_feature | 6.639 | 7.336 | 698 | + |
| pVS1 | Origin / Backbone misc_feature | 7.885 | 11.590 | 3.706 | + |
| Sm/Sp | Selektionsmarker CDS | 11.774 | 12.784 | 1.011 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
p9oUbiZmF-UbiZmF (D016; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/binaries/p9oUbiZmF-UbiZmF)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.