pB-UbiHa-DoGusi-ocs D750
Binärer Vektor mit UbiHa–oGus, für Dikotyle.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| NcoIC^CATGG | 311 | zwischen LB und PUbi |
| SpeIA^CTAGT | 324 | zwischen LB und PUbi |
| BamHIG^GATCC | 330 | zwischen LB und PUbi |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 338 | zwischen LB und PUbi |
| HindIIIA^AGCTT | 682 | zwischen PUbi und ogus |
| MluIA^CGCGT | 688 | zwischen PUbi und ogus |
| AarICACCTGC(4/8) | 1.496 | in Intron |
| HpaI (KspAI)GTT^AAC | 1.604 | in ogus |
| XmnI (PdmI)GAANN^NNTTC | 2.341 | in ogus |
| SalIG^TCGAC | 2.706 | zwischen ogus und OCS |
| ApaI (PspOMI)GGGCC^C | 2.937 | zwischen OCS und RB |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 2.943 | zwischen OCS und RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 2.975 | zwischen OCS und RB |
| SphI (PaeI)GCATG^C | 3.100 | zwischen RB und ColE1 |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 3.366 | zwischen RB und ColE1 |
| BbsI (BpiI)GAAGAC(2/6) | 4.776 | zwischen BOM und pVS1 ORI |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 7.580 | in pVS1 ORI |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 7.696 | in pVS1 ORI |
| ClaI (BspDI)AT^CGAT | 7.776 | in pVS1 ORI |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 9.061 | in Sm/Sp |
Schneiden zweimal: XbaI (303, 412), NdeI (4.481, 6.240), BglII (1.707, 2.926), EcoRV (1.682, 3.487), SfiI (316, 2.920), FseI (5.247, 7.352), MfeI (14, 1.426), AgeI (8.190, 8.498), StuI (2.210, 2.914), AflII (348, 2.916), SapI (4.419, 8.316).
Keine Schnittstelle: EcoRI, PstI, SacI, XhoI, AscI, PacI, SbfI, SwaI, AvrII, BstBI, NsiI, BsrGI, SacII, PvuII.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- UbiHa
- Gen 1
- oGus
- Merkmale
- Dikotyle
- Weitere Marker
- Sm/Sp
- Größe
- 10.214 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 19-AUG-2020
Konstrukt
- PUbi–ogus · OCS · Kassette mit Insert, 344–2.906
- MCS · 4 Single-Cutter-Schnittstellen · Pos. 311, 338
- SfiI ×2 · flankiert die Kassette PUbi–ogus · Pos. 316, 2.920
- T-DNA-Grenzen (Borders) · LB, RB
Ligation of B493pUbiHa-DoGusi-ocs* into pB-BA*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| LB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| PUbi | Promotor misc_feature | 344 | 679 | 336 | + |
| tata | Schnittstelle misc_feature | 566 | 569 | 4 | + |
| mRNA | Sonstiges misc_feature | 597 | 679 | 83 | + |
| ogus | Kodierende Sequenz CDS | 705 | 1.319 | 615 | + |
| 'Intron | Schnittstelle misc_feature | 1.320 | 1.508 | 189 | + |
| ogus | Kodierende Sequenz CDS | 1.509 | 2.705 | 1.197 | + |
| OCS | Terminator misc_feature | 2.711 | 2.906 | 196 | + |
| RB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 2.991 | 3.014 | 24 | + |
| ColE1 | Origin / Backbone misc_feature | 3.549 | 4.246 | 698 | + |
| BOM | Origin / Backbone misc_feature | 4.283 | 4.542 | 260 | + |
| pVS1 ORI | Origin / Backbone misc_feature | 4.795 | 8.500 | 3.706 | + |
| Sm/Sp | Selektionsmarker misc_feature | 8.684 | 9.694 | 1.011 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
pB-UbiHa-DoGusi-ocs (D750; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/binaries/pB-UbiHa-DoGusi-ocs; RRID:SCR_029231)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.