p3ioR-U10Cwt F610
CRISPR/Cas-Vektor mit Ubq10–Spec.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 727 | zwischen 35S und ORF-1 |
| MluIA^CGCGT | 1.468 | zwischen ORF-1 und E9 |
| PstICTGCA^G | 1.778 | zwischen E9 und Pro-Ubq10At |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1.778 | zwischen E9 und Pro-Ubq10At |
| SpeIA^CTAGT | 3.293 | zwischen Pro-Ubq10At und Cas9WT |
| BamHIG^GATCC | 3.299 | zwischen Pro-Ubq10At und Cas9WT |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 7.513 | zwischen Cas9WT und NOS-T |
| NsiI (Mph1103I)ATGCA^T | 7.636 | in NOS-T |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 8.231 | in targetRNA |
| HindIIIA^AGCTT | 8.234 | in targetRNA |
| ApaI (PspOMI)GGGCC^C | 8.365 | zwischen RNA' und RB |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 8.371 | zwischen RNA' und RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 8.403 | zwischen RNA' und RB |
| FseIGGCCGG^CC | 11.601 | in pVS1 |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 11.829 | in pVS1 |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 11.945 | in pVS1 |
| ClaI (BspDI)AT^CGAT | 12.025 | in pVS1 |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 13.310 | in Sm/Sp |
Schneiden zweimal: EcoRI (2.477, 7.773), SalI (2.655, 8.334), SacI (2.910, 3.355), NcoI (1.804, 4.778), NdeI (9.909, 10.489), SfiI (1.809, 8.348), MfeI (14, 1.066), AgeI (12.439, 12.747), StuI (6.075, 8.342), AatII (3.897, 8.794), BsaI (12.348, 12.768), BsmBI (8.218, 8.250).
Keine Schnittstelle: AscI, PacI, SwaI, AvrII, HpaI, BsrGI, AarI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- Ubq10
- Gen 1
- Spec
- Weitere Marker
- Sm/Sp
- Größe
- 14.463 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 14-JUN-2023
Konstrukt
- 35S–ORF-1 · E9 · Kassette mit Insert, 309–1.768
- Pro-Ubq10At–Cas9WT · NOS-T · Kassette mit Insert, 1.817–7.769
- SfiI ×2 · flankiert die Kassette Pro-Ubq10At–Cas9WT · Pos. 1.809, 8.348
- BsmBI Golden Gate · Überhänge TGAT, GTTT · Pos. 8.218, 8.250
- T-DNA-Grenzen (Borders) · LB, RB
Ligation of genti-Xho-Mlu* into C035p7ioR-Uq10CasWToi*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| LB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| 35S | Promotor misc_feature | 309 | 724 | 416 | + |
| ORF-1 | Kodierende Sequenz CDS | 745 | 959 | 215 | + |
| STLS1' | Sonstiges misc_feature | 960 | 1.148 | 189 | + |
| ORF-1 | Kodierende Sequenz CDS | 1.149 | 1.467 | 319 | + |
| 'E9 | Terminator misc_feature | 1.478 | 1.768 | 291 | + |
| Pro-Ubq10At | Promotor misc_feature | 1.817 | 3.292 | 1.476 | + |
| Ubi cds 5` | Kodierende Sequenz CDS | 2.921 | 2.984 | 64 | + |
| íntron | Sonstiges misc_feature | 2.987 | 3.290 | 304 | + |
| 'Cas9WT | Kodierende Sequenz CDS | 3.314 | 7.510 | 4.197 | + |
| NLS | Schnittstelle misc_feature | 3.320 | 3.340 | 21 | + |
| NLS | Schnittstelle misc_feature | 7.460 | 7.507 | 48 | + |
| NOS-T | Terminator misc_feature | 7.516 | 7.769 | 254 | + |
| 'RNA' | Sonstiges misc_feature | 7.774 | 8.334 | 561 | + |
| U6At | Kodierende Sequenz CDS | 7.779 | 8.223 | 445 | + |
| targetRNA | Schnittstelle CDS | 8.224 | 8.250 | 27 | + |
| hairpin | Schnittstelle CDS | 8.251 | 8.280 | 30 | + |
| gRNA | Schnittstelle misc_feature | 8.251 | 8.333 | 83 | + |
| RB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 8.419 | 8.442 | 24 | + |
| ColE1 | Origin / Backbone misc_feature | 8.977 | 9.674 | 698 | + |
| 'pVS1 | Origin / Backbone misc_feature | 9.962 | 12.749 | 2.788 | + |
| Sm/Sp | Selektionsmarker CDS | 12.933 | 13.943 | 1.011 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
p3ioR-U10Cwt (F610; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p3ioR-U10Cwt)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.