p7ioR-UZmCwtoi B819
CRISPR/Cas-Vektor mit 2x35s–bar und UbiZm–Cas9, für Monokotyle.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| AarICACCTGC(4/8) | 1.636 | in bar' |
| MluIA^CGCGT | 1.858 | zwischen bar' und E9 |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 2.168 | zwischen E9 und Ubi-int |
| SpeIA^CTAGT | 2.207 | zwischen E9 und Ubi-int |
| SacI (Ecl136II)GAGCT^C | 3.787 | zwischen NLS und Cas9WT |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 7.945 | zwischen Cas9WT und NOS-T |
| EcoRIG^AATTC | 8.205 | zwischen NOS-T und U6Os |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 8.671 | zwischen U6Os und targetRNA |
| HindIIIA^AGCTT | 8.674 | zwischen U6Os und targetRNA |
| SalIG^TCGAC | 8.774 | zwischen gRNA scaffold und RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 8.843 | zwischen gRNA scaffold und RB |
| FseIGGCCGG^CC | 12.041 | in pVS1' |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 12.269 | in pVS1' |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 13.750 | in Sm/Sp' |
Schneiden zweimal: KpnI (1.818, 8.811), XhoI (1.099, 2.912), NheI (3.332, 12.385), ClaI (3.445, 12.465), SfiI (2.199, 8.788), AgeI (12.879, 13.187), StuI (6.507, 8.782), NsiI (3.490, 8.068), AatII (4.329, 9.234), BsaI (12.788, 13.208), BsmBI (8.658, 8.690).
Keine Schnittstelle: BamHI, AscI, PacI, SwaI, AvrII, HpaI, BsrGI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- 2x35s
- Gen 1
- bar
- Promotor 2
- UbiZm
- Gen 2
- Cas9
- Merkmale
- Monokotyle
- Weitere Marker
- bar', Sm/Sp'
- Größe
- 14.903 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 15-JUN-2016
Konstrukt
- P2x35s–bar · E9 · Selektionskassette, 315–2.158
- Ubi-int–Cas9WT · NOS-T · Kassette mit Insert, 2.213–8.201
- U6Os–gRNA · gRNA-Kassette, 8.211–8.773
- SfiI ×2 · flankiert 2 Kassetten · Pos. 2.199, 8.788
- BsmBI Golden Gate · Überhänge AGCT, GTTT · Pos. 8.658, 8.690
- T-DNA-Grenzen (Borders) · LB, RB
Ligation of B792p6ioR-35sCasWToi* into B350p7i-UcasW-U6Os*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| LB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| P2x35s' | Promotor misc_feature | 315 | 1.099 | 785 | + |
| bar | Selektionsmarker CDS | 1.113 | 1.346 | 234 | + |
| STLS1 | Sonstiges misc_feature | 1.347 | 1.535 | 189 | + |
| bar' | Selektionsmarker CDS | 1.536 | 1.853 | 318 | + |
| E9 | Terminator misc_feature | 1.868 | 2.158 | 291 | + |
| Ubi-int | Promotor misc_feature | 2.213 | 3.721 | 1.509 | + |
| Intron | Schnittstelle misc_feature | 3.200 | 3.719 | 520 | + |
| NLS | Schnittstelle misc_feature | 3.752 | 3.772 | 21 | + |
| 'Cas9WT | Kodierende Sequenz CDS | 3.788 | 7.942 | 4.155 | + |
| NLS | Schnittstelle misc_feature | 7.892 | 7.939 | 48 | + |
| NOS-T | Terminator misc_feature | 7.948 | 8.201 | 254 | + |
| U6Os | Promotor misc_feature | 8.211 | 8.663 | 453 | + |
| targetRNA | Schnittstelle CDS | 8.675 | 8.690 | 16 | + |
| hairpin | Schnittstelle CDS | 8.691 | 8.720 | 30 | + |
| gRNA scaffold | Schnittstelle misc_feature | 8.691 | 8.773 | 83 | + |
| RB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 8.859 | 8.882 | 24 | + |
| ColE1 | Origin / Backbone misc_feature | 9.417 | 10.114 | 698 | + |
| 'pVS1' | Origin / Backbone misc_feature | 10.402 | 13.189 | 2.788 | + |
| Sm/Sp' | Selektionsmarker CDS | 13.373 | 14.383 | 1.011 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
p7ioR-UZmCwtoi (B819; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p7ioR-UZmCwtoi)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.