p9D35s-EFC9-U6At G640
CRISPR/Cas-Vektor mit 35s–nptII, für Dikotyle.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 587 | zwischen 35S und NptIIo' |
| MluIA^CGCGT | 1.598 | zwischen NptIIo' und E9 |
| PstICTGCA^G | 1.908 | zwischen E9 und EF1' |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1.908 | zwischen E9 und EF1' |
| NotIGC^GGCCGC | 1.917 | zwischen E9 und EF1' |
| NdeICA^TATG | 1.967 | in EF1' |
| BsmBI (Esp3I)CGTCTC(1/5) | 2.160 | in EF1' |
| PacITTAAT^TAA | 2.205 | in EF1' |
| HpaI (KspAI)GTT^AAC | 2.466 | in intron? |
| SpeIA^CTAGT | 3.068 | zwischen EF1' und Cas9WT |
| BamHIG^GATCC | 3.074 | zwischen EF1' und Cas9WT |
| SapI (BspQI, LguI)GCTCTTC(1/4) | 4.284 | in Cas9WT |
| NcoIC^CATGG | 4.553 | in Cas9WT |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 7.288 | zwischen Cas9WT und NOS-T |
| NsiI (Mph1103I)ATGCA^T | 7.411 | in NOS-T |
| EcoRIG^AATTC | 7.548 | zwischen NOS-T und U6At |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 8.006 | in targetRNA |
| HindIIIA^AGCTT | 8.009 | in targetRNA |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 8.109 | zwischen gRNA und Right Border Region |
| ApaI (PspOMI)GGGCC^C | 8.140 | zwischen gRNA und Right Border Region |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 8.146 | zwischen gRNA und Right Border Region |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 8.178 | in Right Border Region |
Schneiden zweimal: XbaI (163, 2.113), SphI (6.397, 8.303), SacI (1.115, 3.130), BglII (3.381, 8.129), ClaI (2.598, 2.669), SfiI (1.916, 8.123), MfeI (14, 1.008), EagI (1.917, 8.560), AatII (3.672, 8.569), BstEII (1.357, 11.981), BsaI (7.993, 8.025), AarI (1.078, 1.199).
Keine Schnittstelle: SalI, AscI, FseI, SwaI, AvrII, BsiWI, AgeI, BsrGI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- 35s
- Gen 1
- nptII
- Merkmale
- Dikotyle, U6At
- Weitere Marker
- NptIIo', strep/spec
- Größe
- 12.831 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 23-APR-2025
Konstrukt
- 35S–NptIIo · E9 · Selektionskassette, 169–1.898
- MCS · 4 Single-Cutter-Schnittstellen · Pos. 1.908, 1.967
- SfiI ×2 · flankiert die MCS · Pos. 1.916, 8.123
- BsaI Golden Gate · Überhänge TGAT, GTTT · Pos. 7.993, 8.025
- T-DNA-Grenzen (Borders) · LB, RB
Ligation of F940p9D35s* into G639p7D35s-EFC9-U6At*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| LB' | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| 35S | Promotor misc_feature | 169 | 584 | 416 | + |
| NptIIo' | Selektionsmarker CDS | 605 | 901 | 297 | + |
| mut to T | Schnittstelle misc_feature | 688 | 688 | 1 | + |
| 'intron | Kodierende Sequenz CDS | 902 | 1.090 | 189 | + |
| NptIIo' | Selektionsmarker CDS | 1.091 | 1.594 | 504 | + |
| mut to T | Schnittstelle misc_feature | 1.255 | 1.255 | 1 | + |
| 'E9 | Terminator misc_feature | 1.608 | 1.898 | 291 | + |
| EF1' | Sonstiges misc_feature | 1.924 | 3.068 | 1.145 | + |
| ohne Namen | Sonstiges source | 1.924 | 3.068 | 1.145 | + |
| splice | Schnittstelle misc_feature | 2.275 | 2.278 | 4 | + |
| ohne Namen | Sonstiges exon | 2.403 | 3.068 | 666 | + |
| aggt | Schnittstelle misc_feature | 2.456 | 2.459 | 4 | + |
| intron? | Kodierende Sequenz CDS | 2.458 | 3.059 | 602 | + |
| splice? | Schnittstelle misc_feature | 3.058 | 3.061 | 4 | + |
| 'Cas9WT | Kodierende Sequenz CDS | 3.089 | 7.285 | 4.197 | + |
| NLS | Schnittstelle misc_feature | 3.095 | 3.115 | 21 | + |
| NLS | Schnittstelle misc_feature | 7.235 | 7.282 | 48 | + |
| NOS-T | Terminator misc_feature | 7.291 | 7.544 | 254 | + |
| U6At | Kodierende Sequenz CDS | 7.554 | 7.998 | 445 | + |
| 'targetRNA | Schnittstelle CDS | 7.999 | 8.025 | 27 | + |
| hairpin | Schnittstelle CDS | 8.026 | 8.055 | 30 | + |
| gRNA | Schnittstelle misc_feature | 8.026 | 8.108 | 83 | + |
| Right Border Region | Sonstiges misc_feature | 8.149 | 8.751 | 603 | + |
| RB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 8.194 | 8.217 | 24 | + |
| 'ColE1'' | Origin / Backbone misc_feature | 8.765 | 9.423 | 659 | + |
| ''pVS1 ORI''' | Origin / Backbone misc_feature | 9.452 | 11.415 | 1.964 | + |
| ParB | Kodierende Sequenz CDS | 9.778 | 10.953 | 1.176 | + |
| strep/spec | Selektionsmarker CDS | 11.604 | 12.614 | 1.011 | + |
| Left Border Region | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 12.682 | 163 | 0 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
p9D35s-EFC9-U6At (G640; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p9D35s-EFC9-U6At)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.