pD35s-ZmUbi-Cpf1TS G798
CRISPR/Cas-Vektor mit UbiZm–LbCPf1, für Dikotyle.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 807 | in LacZ |
| AgeI (BshTI)A^CCGGT | 1.199 | zwischen LIR und SIR |
| AscI (SgsI)GG^CGCGCC | 1.736 | zwischen LIR und Ubi3Q |
| HpaI (KspAI)GTT^AAC | 2.624 | in Ubi3Q |
| AvrII (XmaJI)C^CTAGG | 4.584 | zwischen repA und T35 |
| NotIGC^GGCCGC | 4.793 | zwischen T35 und Ubi-int'' |
| EagI (Eco52I)C^GGCCG | 4.793 | zwischen T35 und Ubi-int'' |
| MfeI (MunI)C^AATTG | 5.033 | in Ubi-int'' |
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 5.499 | in Ubi-int'' |
| BamHIG^GATCC | 6.308 | zwischen Ubi-int'' und ORF-1 |
| AarICACCTGC(4/8) | 9.181 | in ORF-1 |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 10.108 | zwischen ORF-1 und NOS-T |
| EcoRIG^AATTC | 10.368 | zwischen NOS-T und PU6C4 |
| HindIIIA^AGCTT | 10.859 | zwischen DR und stop |
Schneiden zweimal: PstI (4.804, 6.305), SacI (8.601, 10.912), NheI (5.919, 10.882), SfiI (828, 10.896), BsiWI (1.187, 1.723), StuI (2.101, 10.890), NsiI (6.077, 10.231), PvuII (682, 11.130), BstEII (7.498, 9.287), BbsI (2.991, 4.474).
Keine Schnittstelle: SalI, SphI, SpeI, MluI, PacI, SbfI, FseI, PmeI, SwaI, BsrGI, SacII, AatII, BsmBI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- 35s
- Promotor 2
- UbiZm
- Gen 2
- LbCPf1
- Merkmale
- Dikotyle
- Größe
- 12.961 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 24-JUL-2025
Konstrukt
- Ubi3Q–cDNA · Kassette mit Insert, 1.743–3.096
- PU6C4 (kein Scaffold annotiert) · gRNA-Kassette, 10.374–10.826
Ligation of Cpf1TS_BamAfe* into E752p7D35s-ZmUbi-Cpf1-Os4*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| 'LacZ | Kodierende Sequenz CDS | 604 | 825 | 222 | − |
| LIR | Sonstiges misc_feature | 847 | 1.198 | 352 | + |
| SIR | Sonstiges misc_feature | 1.226 | 1.382 | 157 | + |
| LIR | Sonstiges misc_feature | 1.383 | 1.734 | 352 | + |
| Ubi3Q | Promotor misc_feature | 1.743 | 2.852 | 1.110 | + |
| cDNA | Kodierende Sequenz CDS | 2.853 | 3.096 | 244 | + |
| int | Schnittstelle misc_feature | 3.097 | 3.471 | 375 | + |
| repA | Origin / Backbone CDS | 3.493 | 4.083 | 591 | + |
| int | Schnittstelle misc_feature | 4.084 | 4.169 | 86 | + |
| repA | Origin / Backbone CDS | 4.170 | 4.583 | 414 | + |
| T35 | Sonstiges misc_feature | 4.590 | 4.791 | 202 | + |
| Ubi-int'' | Kodierende Sequenz CDS | 4.800 | 6.307 | 1.508 | + |
| Intron' | Schnittstelle misc_feature | 5.787 | 6.306 | 520 | + |
| ORF-1 | Kodierende Sequenz CDS | 6.323 | 10.105 | 3.783 | + |
| NLS | Schnittstelle misc_feature | 6.329 | 6.349 | 21 | + |
| D172R | Schnittstelle misc_feature | 6.836 | 6.838 | 3 | + |
| NLS | Kodierende Sequenz CDS | 10.055 | 10.102 | 48 | + |
| NOS-T | Terminator misc_feature | 10.111 | 10.364 | 254 | + |
| PU6C4 | Promotor misc_feature | 10.374 | 10.826 | 453 | + |
| DR | Schnittstelle CDS | 10.827 | 10.848 | 22 | + |
| stop | Schnittstelle CDS | 10.875 | 10.881 | 7 | + |
| LacZ' | Kodierende Sequenz CDS | 10.894 | 10.969 | 76 | − |
| ColE1 | Origin / Backbone CDS | 11.367 | 12.083 | 717 | − |
| Amp | Schnittstelle misc_feature | 12.126 | 25 | 0 | − |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
pD35s-ZmUbi-Cpf1TS (G798; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/pD35s-ZmUbi-Cpf1TS)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.