pU6pp-SmCms1 D430
CRISPR/Cas-Vektor mit SmCms1.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| MfeI (MunI)C^AATTG | 331 | in Ubi-int |
| NcoIC^CATGG | 1.144 | in Intron |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 1.217 | in Intron |
| BamHIG^GATCC | 1.610 | zwischen Ubi-int und NLS |
| SapI (BspQI, LguI)GCTCTTC(1/4) | 1.895 | in Cms1'' |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 1.959 | in Cms1'' |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 2.748 | in Cms1'' |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 4.849 | zwischen Cms1'' und NOS-T |
| EcoRIG^AATTC | 5.109 | zwischen NOS-T und U6 Pp |
| HindIIIA^AGCTT | 5.480 | in Target |
| SalIG^TCGAC | 5.497 | zwischen Target und ColE1 |
| BsaI (Eco31I)GGTCTC(1/5) | 6.349 | in Amp |
Schneiden zweimal: XbaI (130, 1.125), SacI (3.063, 3.771), ClaI (1.330, 4.026), SfiI (87, 5.511), NsiI (1.375, 4.972), BsmBI (5.464, 5.496).
Keine Schnittstelle: SphI, KpnI, NotI, SpeI, MluI, AscI, PacI, SbfI, FseI, PmeI, SwaI, AvrII, BsiWI, AgeI, HpaI, EagI, SacII, BstEII, BbsI, AarI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- U6
- Gen 2
- SmCms1
- Größe
- 7.050 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 11-APR-2019
Konstrukt
- Ubi-int–Cms1 · NOS-T · Kassette mit Insert, 98–5.105
- U6 Pp (kein Scaffold annotiert) · gRNA-Kassette, 5.115–5.433
- BsmBI Golden Gate · Überhänge TAGA, GTCG · Pos. 5.464, 5.496
Ligation of CmsTarget_EcoSal* into D429pU6pp-Cm1ohneSal*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| Ubi-int | Promotor misc_feature | 98 | 1.606 | 1.509 | + |
| Intron | Schnittstelle misc_feature | 1.085 | 1.604 | 520 | + |
| NLS | Schnittstelle misc_feature | 1.625 | 1.651 | 27 | + |
| Cms1'' | Kodierende Sequenz CDS | 1.625 | 4.846 | 3.222 | + |
| NOS-T | Terminator misc_feature | 4.852 | 5.105 | 254 | + |
| U6 Pp | Promotor misc_feature | 5.115 | 5.433 | 319 | + |
| Leader | Schnittstelle CDS | 5.434 | 5.449 | 16 | + |
| DR | Schnittstelle misc_feature | 5.434 | 5.469 | 36 | + |
| Hairpin | Schnittstelle CDS | 5.450 | 5.469 | 20 | + |
| Target | Schnittstelle CDS | 5.470 | 5.495 | 26 | + |
| ColE1 | Origin / Backbone misc_feature | 5.548 | 6.212 | 665 | − |
| Amp | Schnittstelle misc_feature | 6.213 | 25 | 0 | − |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
pU6pp-SmCms1 (D430; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/pU6pp-SmCms1; RRID:SCR_029231)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.