p7i-Ubi-RNAi2
RNAi-Vektor mit 35S–bar und Ubi-maize–gus-spacer, für Monokotyle.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| XmnI (PdmI)GAANN^NNTTC | 292 | in 35S |
| SacII (Cfr42I)CCGC^GG | 1.062 | in bar |
| PvuIICAG^CTG | 1.122 | in bar |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1.409 | zwischen T35S und Ubi-int' |
| SwaI (SmiI)ATTT^AAAT | 1.450 | zwischen T35S und Ubi-int' |
| SalIG^TCGAC | 2.938 | zwischen Ubi-int' und T35s |
| SacI (Ecl136II)GAGCT^C | 2.949 | zwischen Ubi-int' und T35s |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 3.006 | zwischen T35s und Gus |
| HindIIIA^AGCTT | 3.013 | zwischen T35s und Gus |
| AflII (BspTI)C^TTAAG | 3.569 | zwischen Gus und T35S |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 3.578 | zwischen Gus und T35S |
| BamHIG^GATCC | 3.583 | zwischen Gus und T35S |
| SpeIA^CTAGT | 3.645 | zwischen T35S und Ubi-int' |
| PacITTAAT^TAA | 5.142 | zwischen Ubi-int' und RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 5.208 | zwischen Ubi-int' und RB |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 5.599 | zwischen RB und ColE1 |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 9.813 | in pVS1 ORI |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 11.294 | in Sm/Sp |
Schneiden zweimal: EcoRV (332, 5.720), MluI (1.184, 2.999), SfiI (1.440, 5.153), FseI (7.480, 9.585), AgeI (10.423, 10.731), NsiI (2.706, 3.885), BsaI (10.332, 10.752), SapI (6.652, 10.549), AarI (962, 2.923).
Keine Schnittstelle: EcoRI, AscI, AvrII, BstBI, HpaI, StuI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- 35S
- Gen 1
- bar
- Promotor 2
- Ubi-maize
- Gen 2
- gus-spacer
- Merkmale
- Doppelpromotor-Konstrukt für Monokotyle
- Weitere Marker
- Sm/Sp
- Größe
- 12.749 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 14-MAR-2013
Konstrukt
- 35S–bar · T35S · Selektionskassette, 7–1.402
- Ubi-int–(leer)–T35S · leere Expressionskassette, 1.462–3.637
- Ubi-int–Gus · T35s · Kassette mit Insert, 2.951–5.126 (Minusstrang)
- SfiI ×2 · flankiert 2 Kassetten · Pos. 1.440, 5.153
- T-DNA-Grenzen (Borders) · LB, RB
Ligation of inverted A287pD1-Ubi-RNAi2* into p7iM*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| 35S | Promotor misc_feature | 7 | 422 | 416 | + |
| bar | Selektionsmarker CDS | 439 | 672 | 234 | + |
| STLS1 | Kodierende Sequenz CDS | 673 | 861 | 189 | + |
| bar | Selektionsmarker CDS | 862 | 1.179 | 318 | + |
| T35S | Terminator misc_feature | 1.201 | 1.402 | 202 | + |
| 'Ubi-int' | Promotor misc_feature | 1.462 | 2.937 | 1.476 | + |
| Intron | Schnittstelle misc_feature | 2.416 | 2.935 | 520 | + |
| T35s | Terminator misc_feature | 2.951 | 2.999 | 49 | − |
| ohne Namen | Kodierende Sequenz CDS | 3.019 | 3.568 | 550 | + |
| Gus | Kodierende Sequenz CDS | 3.019 | 3.568 | 550 | − |
| T35S | Terminator misc_feature | 3.589 | 3.637 | 49 | + |
| 'Ubi-int' | Promotor misc_feature | 3.651 | 5.126 | 1.476 | − |
| Intron | Schnittstelle misc_feature | 3.653 | 4.172 | 520 | − |
| RB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 5.224 | 5.247 | 24 | + |
| ColE1 | Origin / Backbone misc_feature | 5.782 | 6.479 | 698 | + |
| pVS1 ORI | Origin / Backbone misc_feature | 7.028 | 10.733 | 3.706 | + |
| Sm/Sp | Selektionsmarker CDS | 10.917 | 11.927 | 1.011 | + |
| LB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 12.448 | 12.471 | 24 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
p7i-Ubi-RNAi2 (DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/rnai/p7i-Ubi-RNAi2; RRID:SCR_029231)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.