p7iUA-RNAi
RNAi-Vektor mit 35S–bar-intron und Act–gus-spacer, für Monokotyle.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| XmnI (PdmI)GAANN^NNTTC | 292 | in 35S |
| SacII (Cfr42I)CCGC^GG | 1.062 | in bar |
| PvuIICAG^CTG | 1.122 | in bar |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1.409 | zwischen T35S und PAct |
| SwaI (SmiI)ATTT^AAAT | 1.450 | zwischen T35S und PAct |
| EcoRIG^AATTC | 1.839 | in PAct |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 2.931 | zwischen T35s und Gus |
| HindIIIA^AGCTT | 2.938 | zwischen T35s und Gus |
| AflII (BspTI)C^TTAAG | 3.494 | zwischen Gus und T35S |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 3.503 | zwischen Gus und T35S |
| SpeIA^CTAGT | 3.570 | zwischen T35S und Ubi-int |
| PacITTAAT^TAA | 5.064 | zwischen Ubi-int und RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 5.130 | zwischen Ubi-int und RB |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 5.521 | zwischen RB und ColE1 |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 9.735 | in pVS1 ORI |
Schneiden zweimal: BamHI (2.556, 3.508), XbaI (1, 4.051), SalI (891, 2.863), PstI (1.409, 3.581), SacI (2.360, 2.874), NheI (3.959, 9.851), ClaI (3.848, 9.931), EcoRV (332, 5.642), MluI (1.184, 2.924), SfiI (1.440, 5.075), AgeI (10.345, 10.653), NsiI (1.709, 3.809), BstEII (2.393, 11.216), SapI (6.574, 10.471), AarI (962, 2.150).
Keine Schnittstelle: AscI, AvrII, BstBI, HpaI, StuI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- 35S
- Gen 1
- bar-intron
- Promotor 2
- Act
- Gen 2
- gus-spacer
- Merkmale
- Doppelpromotor-Konstrukt für Monokotyle
- Weitere Marker
- Sm/Sp
- Größe
- 12.671 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 20-JUN-2013
Konstrukt
- 35S–bar · T35S · Selektionskassette, 7–1.402
- PAct–(leer)–T35S · leere Expressionskassette, 1.461–3.562
- Ubi-int–Gus · T35s · Kassette mit Insert, 2.876–5.050 (Minusstrang)
- SfiI ×2 · flankiert 2 Kassetten · Pos. 1.440, 5.075
- T-DNA-Grenzen (Borders) · LB, RB
Ligation of inverted 589pD1-Ubi-Act-RNAi* into p7i*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| 35S | Promotor misc_feature | 7 | 422 | 416 | + |
| bar | Selektionsmarker misc_feature | 439 | 672 | 234 | + |
| int | Schnittstelle misc_feature | 673 | 861 | 189 | + |
| bar | Selektionsmarker misc_feature | 862 | 1.179 | 318 | + |
| T35S | Terminator misc_feature | 1.201 | 1.402 | 202 | + |
| PAct | Promotor misc_feature | 1.461 | 2.858 | 1.398 | + |
| T35s | Terminator misc_feature | 2.876 | 2.924 | 49 | − |
| ohne Namen | Kodierende Sequenz CDS | 2.944 | 3.493 | 550 | + |
| Gus | Kodierende Sequenz CDS | 2.944 | 3.493 | 550 | − |
| T35S | Terminator misc_feature | 3.514 | 3.562 | 49 | + |
| Ubi-int | Promotor misc_feature | 3.575 | 5.050 | 1.476 | − |
| Intron UbiZm | Promotor misc_feature | 3.577 | 4.096 | 520 | − |
| RB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 5.146 | 5.169 | 24 | + |
| ColE1 | Origin / Backbone misc_feature | 5.704 | 6.401 | 698 | + |
| pVS1 ORI | Origin / Backbone misc_feature | 6.950 | 10.655 | 3.706 | + |
| Sm/Sp | Selektionsmarker CDS | 10.839 | 11.849 | 1.011 | + |
| LB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 12.370 | 12.393 | 24 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
p7iUA-RNAi (DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/rnai/p7iUA-RNAi)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.