p9N-35S-Ubi10-RNAi
RNAi-Vektor mit Nos–npt und 35S–gus-spacer, für Dikotyle.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| SacII (Cfr42I)CCGC^GG | 119 | in Pnos |
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 305 | zwischen Pnos und NptII |
| PvuIICAG^CTG | 562 | in NptII |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1.343 | zwischen T35S und P35S |
| SwaI (SmiI)ATTT^AAAT | 1.384 | zwischen T35S und P35S |
| MluIA^CGCGT | 1.969 | zwischen T35s und Gus |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 1.976 | zwischen T35s und Gus |
| HindIIIA^AGCTT | 1.983 | zwischen T35s und Gus |
| AflII (BspTI)C^TTAAG | 2.539 | zwischen Gus und T35S |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 2.548 | zwischen Gus und T35S |
| BamHIG^GATCC | 2.553 | zwischen Gus und T35S |
| SpeIA^CTAGT | 2.615 | zwischen T35S und Ubq10At |
| EcoRIG^AATTC | 3.431 | in Ubq10At |
| PacITTAAT^TAA | 4.110 | zwischen Ubq10At und BR |
| ApaI (PspOMI)GGGCC^C | 4.138 | zwischen Ubq10At und BR |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 4.176 | zwischen Ubq10At und BR |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 4.567 | zwischen BR und ColE1 |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 8.781 | in pVS1 ORI |
| ClaI (BspDI)AT^CGAT | 8.977 | in pVS1 ORI |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 10.262 | in Sm/Sp |
Schneiden zweimal: SalI (1.908, 3.253), PstI (509, 1.343), KpnI (1.393, 4.144), SacI (1.919, 3.006), NdeI (5.682, 7.441), NheI (201, 8.897), BglII (2.686, 4.127), SfiI (1.374, 4.121), FseI (6.448, 8.553), AgeI (9.391, 9.699), BsaI (9.300, 9.720), BsmBI (5.860, 6.913).
Keine Schnittstelle: AscI, AvrII, BstBI, HpaI, StuI, NsiI, AarI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- Nos
- Gen 1
- npt
- Promotor 2
- 35S
- Gen 2
- gus-spacer
- Merkmale
- Doppelpromotor-Konstrukt für Dikotyle (Arabidopsis + Tabak)
- Weitere Marker
- NptII, Sm/Sp
- Größe
- 11.717 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 20-JUN-2013
Konstrukt
- Pnos–NptII · T35S · Selektionskassette, 7–1.336
- P35S–(leer)–T35S · leere Expressionskassette, 1.395–2.607
- SfiI ×2 · flankiert die Kassette P35S–(empty)–T35S · Pos. 1.374, 4.121
Ligation of inverted 670pD1-35s-Ubi10-RNAi* into p9N*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| Pnos | Promotor misc_feature | 7 | 304 | 298 | + |
| NptII | Selektionsmarker CDS | 319 | 1.122 | 804 | + |
| T35S | Terminator misc_feature | 1.135 | 1.336 | 202 | + |
| P35S | Promotor misc_feature | 1.395 | 1.907 | 513 | + |
| T35s | Terminator misc_feature | 1.921 | 1.969 | 49 | − |
| ohne Namen | Kodierende Sequenz CDS | 1.989 | 2.538 | 550 | + |
| Gus | Kodierende Sequenz CDS | 1.989 | 2.538 | 550 | − |
| T35S | Terminator misc_feature | 2.559 | 2.607 | 49 | + |
| Ubq10At | Sonstiges misc_feature | 2.621 | 4.096 | 1.476 | − |
| int | Schnittstelle misc_feature | 2.623 | 2.926 | 304 | − |
| BR | Schnittstelle misc_feature | 4.192 | 4.215 | 24 | + |
| ColE1 | Origin / Backbone misc_feature | 4.750 | 5.447 | 698 | + |
| pVS1 ORI | Origin / Backbone misc_feature | 5.996 | 9.701 | 3.706 | + |
| Sm/Sp | Selektionsmarker misc_feature | 9.885 | 10.895 | 1.011 | + |
| BL | Schnittstelle misc_feature | 11.416 | 11.439 | 24 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
p9N-35S-Ubi10-RNAi (DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/rnai/p9N-35S-Ubi10-RNAi; RRID:SCR_029231)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.