p9i-UbiH-2xStp-RNAi
RNAi-Vektor mit 35S–npt-intron und GUBB1HA–gus-spacer.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| XmnI (PdmI)GAANN^NNTTC | 292 | in 35S |
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 425 | zwischen 35S und NptII |
| PvuIICAG^CTG | 871 | in NptII |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1.652 | zwischen T-35S und UbiH |
| SwaI (SmiI)ATTT^AAAT | 1.693 | zwischen T-35S und UbiH |
| SacI (Ecl136II)GAGCT^C | 2.060 | zwischen UbiH und T35S |
| MluIA^CGCGT | 2.114 | zwischen T35S und Gus |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 2.121 | zwischen T35S und Gus |
| HindIIIA^AGCTT | 2.128 | zwischen T35S und Gus |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 2.693 | zwischen Gus und T35S |
| BamHIG^GATCC | 2.698 | zwischen Gus und T35S |
| SpeIA^CTAGT | 2.764 | zwischen T35S und UbiH |
| PacITTAAT^TAA | 3.134 | zwischen UbiH und BR |
| BglIIA^GATCT | 3.151 | zwischen UbiH und BR |
| ApaI (PspOMI)GGGCC^C | 3.162 | zwischen UbiH und BR |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 3.200 | zwischen UbiH und BR |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 3.591 | zwischen BR und ColE1 |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 7.805 | in pVS1 ORI |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 7.921 | in pVS1 ORI |
| ClaI (BspDI)AT^CGAT | 8.001 | in pVS1 ORI |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 9.286 | in Sm/Sp |
Schneiden zweimal: PstI (818, 1.652), KpnI (1.702, 3.168), NdeI (4.706, 6.465), EcoRV (332, 3.712), SfiI (1.683, 3.145), FseI (5.472, 7.577), AgeI (8.415, 8.723), BsmBI (4.884, 5.937).
Keine Schnittstelle: EcoRI, AscI, AvrII, BstBI, HpaI, StuI, NsiI, SacII, AarI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- 35S
- Gen 1
- npt-intron
- Promotor 2
- GUBB1HA
- Gen 2
- gus-spacer
- Merkmale
- Doppelpromotor-Konstrukt GUBB1HA mit verbesserten Terminationssignalen
- Weitere Marker
- Sm/Sp
- Größe
- 10.741 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 20-JUN-2013
Konstrukt
- 35S–NptII · Selektionskassette, 7–1.431
- UbiH–(leer)–T35S · leere Expressionskassette, 1.704–2.756
- UbiH–Gus · T35S · Kassette mit Insert, 2.062–3.114 (Minusstrang)
- MCS · 4 Single-Cutter-Schnittstellen · Pos. 3.134, 3.200
- SfiI ×2 · flankiert 2 Kassetten · Pos. 1.683, 3.145
Ligation of inverted A252pD1-UbiH-2xStp-RNAi* into p9i*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| 35S | Promotor misc_feature | 7 | 422 | 416 | + |
| NptII | Schnittstelle CDS | 439 | 475 | 37 | + |
| int | Schnittstelle misc_feature | 476 | 664 | 189 | + |
| NptII | Selektionsmarker CDS | 665 | 1.431 | 767 | + |
| T-35S | Promotor misc_feature | 1.444 | 1.645 | 202 | + |
| UbiH | Promotor misc_feature | 1.704 | 2.047 | 344 | + |
| T35S | Terminator misc_feature | 2.062 | 2.114 | 53 | − |
| ohne Namen | Kodierende Sequenz CDS | 2.134 | 2.683 | 550 | + |
| Gus | Kodierende Sequenz CDS | 2.134 | 2.683 | 550 | − |
| T35S | Terminator misc_feature | 2.704 | 2.756 | 53 | + |
| UbiH | Promotor misc_feature | 2.771 | 3.114 | 344 | − |
| BR | Schnittstelle misc_feature | 3.216 | 3.239 | 24 | + |
| ColE1 | Origin / Backbone misc_feature | 3.774 | 4.471 | 698 | + |
| pVS1 ORI | Origin / Backbone misc_feature | 5.020 | 8.725 | 3.706 | + |
| Sm/Sp | Selektionsmarker CDS | 8.909 | 9.919 | 1.011 | + |
| BL | Schnittstelle misc_feature | 10.440 | 10.463 | 24 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
p9i-UbiH-2xStp-RNAi (DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/rnai/p9i-UbiH-2xStp-RNAi)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.