p9o-LH-U10-ocs C599
Vector binario con 35s–nptII, para dicotiledóneas.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Se abre en SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE y Geneious.
Sitios de restricción
| Corte único · sitio | Corta en | Ubicación |
|---|---|---|
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 727 | entre 35S y NptIIo |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 2048 | entre E9 y Pro-Ubq10At |
| NcoIC^CATGG | 2074 | entre E9 y Pro-Ubq10At |
| SpeIA^CTAGT | 3563 | entre Pro-Ubq10At y OCS |
| BamHIG^GATCC | 3569 | entre Pro-Ubq10At y OCS |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 3577 | entre Pro-Ubq10At y OCS |
| HindIIIA^AGCTT | 3593 | entre Pro-Ubq10At y OCS |
| StuI (Eco147I)AGG^CCT | 3813 | entre OCS y RB |
| AflII (BspTI)C^TTAAG | 3815 | entre OCS y RB |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 3842 | entre OCS y RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 3874 | entre OCS y RB |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 4265 | entre RB y ColE1 |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 8479 | en pVS1 |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 8595 | en pVS1 |
| ClaI (BspDI)AT^CGAT | 8675 | en pVS1 |
Corte doble: EcoRI (2747, 3587), SalI (2925, 3605), PstI (2048, 3585), SphI (2054, 3999), SacI (1255, 3180), NdeI (5380, 7139), BglII (3492, 3825), ApaI (828, 3836), MluI (1738, 3599), SfiI (2079, 3819), MfeI (14, 1148), AgeI (9089, 9397), BstEII (1497, 9960), AarI (1218, 1339).
Sin sitio: AscI, PacI, SwaI, AvrII, BstBI, HpaI, NsiI, BsrGI, SacII, PvuII.
Calculado a partir de la secuencia GenBank para 50 enzimas comunes; las posiciones son el corte en la hebra superior, sin metilación Dam/Dcm. Compare vectores en el buscador de sitios de restricción.
- Promotor 1
- 35s
- Gen 1
- nptII
- Promotor 2
- Ubq10
- Gen 2
- MCS
- Características
- dicotiledóneas
- Otros marcadores
- NptIIo, Sm/Sp
- Tamaño
- 11.113 bp, circular
- Fecha del registro
- 29-SEP-2017
Construcción
- 35S–NptIIo · E9 · casete de selección, 309–2038
- Pro-Ubq10At–(vacío)–OCS · casete de expresión vacío, 2087–3805
- MCS · 4 sitios únicos · en 3563, 3593
- SfiI ×2 · flanquea el casete Pro-Ubq10At–(empty)–OCS · en 2079, 3819
- Bordes del T-DNA · LB, RB
Ligation of 204pUbiAtmu-ocs* into B415p9o-LH*
Extraído del archivo GenBank; compare todos los vectores en la tabla de múltiples casetes de expresión.
Elementos anotados
| Elemento | Tipo | Inicio | Fin | Longitud | Hebra |
|---|---|---|---|---|---|
| LB | Borde del T-DNA misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| 35S | Promotor misc_feature | 309 | 724 | 416 | + |
| NptIIo | Marcador de selección CDS | 745 | 1043 | 299 | + |
| splice | Sitio misc_feature | 1040 | 1043 | 4 | + |
| Int | Sitio CDS | 1044 | 1230 | 187 | + |
| splice | Sitio misc_feature | 1229 | 1232 | 4 | + |
| NptIIo | Marcador de selección CDS | 1231 | 1734 | 504 | + |
| E9 | Terminador misc_feature | 1748 | 2038 | 291 | + |
| Pro-Ubq10At | Promotor misc_feature | 2087 | 3562 | 1476 | + |
| Int | Sitio misc_feature | 3257 | 3560 | 304 | + |
| OCS | Terminador misc_feature | 3610 | 3805 | 196 | + |
| RB | Borde del T-DNA misc_feature | 3890 | 3913 | 24 | + |
| ColE1 | Origen / backbone misc_feature | 4448 | 5145 | 698 | + |
| bom | Origen / backbone misc_feature | 5182 | 5441 | 260 | + |
| pVS1 | Origen / backbone misc_feature | 5694 | 9399 | 3706 | + |
| Sm/Sp | Marcador de selección CDS | 9583 | 10.593 | 1011 | + |
PromotorSecuencia codificanteTerminadorMarcador de selecciónOrigen / backboneBorde del T-DNASitio
Los tipos de elemento se deducen de las anotaciones del archivo GenBank; la referencia es el propio archivo.
Cómo citar
Cite el vector así en la sección de Materiales y métodos.
p9o-LH-U10-ocs (C599; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/binaries/p9o-LH-U10-ocs; RRID:SCR_029231)¿Su artículo utiliza uno de nuestros vectores? Avísenos.