p6D35s-EFC9-U6At G638
Vector CRISPR/Cas con 35s–hptII, para dicotiledóneas.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Se abre en SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE y Geneious.
Sitios de restricción
| Corte único · sitio | Corta en | Ubicación |
|---|---|---|
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 587 | entre 35S y Kozak |
| MluIA^CGCGT | 1820 | entre hptII'' y E9 |
| PstICTGCA^G | 2130 | entre E9 y EF1' |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 2130 | entre E9 y EF1' |
| NotIGC^GGCCGC | 2139 | entre E9 y EF1' |
| NdeICA^TATG | 2189 | en EF1' |
| BsmBI (Esp3I)CGTCTC(1/5) | 2382 | en EF1' |
| PacITTAAT^TAA | 2427 | en EF1' |
| HpaI (KspAI)GTT^AAC | 2688 | en intron? |
| SpeIA^CTAGT | 3290 | entre EF1' y Cas9WT |
| BamHIG^GATCC | 3296 | entre EF1' y Cas9WT |
| SacI (Ecl136II)GAGCT^C | 3352 | en Cas9WT |
| SapI (BspQI, LguI)GCTCTTC(1/4) | 4506 | en Cas9WT |
| NcoIC^CATGG | 4775 | en Cas9WT |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 7510 | entre Cas9WT y NOS-T |
| NsiI (Mph1103I)ATGCA^T | 7633 | en NOS-T |
| EcoRIG^AATTC | 7770 | entre NOS-T y U6At |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 8228 | en targetRNA |
| HindIIIA^AGCTT | 8231 | en targetRNA |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 8331 | entre gRNA y Right Border Region |
| ApaI (PspOMI)GGGCC^C | 8362 | entre gRNA y Right Border Region |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 8368 | entre gRNA y Right Border Region |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 8400 | en Right Border Region |
Corte doble: XbaI (163, 2335), SphI (6619, 8525), BglII (3603, 8351), ClaI (2820, 2891), SfiI (2138, 8345), MfeI (14, 1281), EagI (2139, 8782), PvuI (8735, 12.424), AatII (3894, 8791), BsaI (8215, 8247).
Sin sitio: SalI, AscI, FseI, SwaI, AvrII, BsiWI, AgeI, BsrGI, AarI.
Calculado a partir de la secuencia GenBank para 50 enzimas comunes; las posiciones son el corte en la hebra superior, sin metilación Dam/Dcm. Compare vectores en el buscador de sitios de restricción.
- Promotor 1
- 35s
- Gen 1
- hptII
- Características
- dicotiledóneas, U6At
- Otros marcadores
- hptII'', strep/spec
- Tamaño
- 13.053 bp, circular
- Fecha del registro
- 23-APR-2025
Construcción
- 35S–hptII · E9 · casete de selección, 169–2120
- MCS · 4 sitios únicos · en 2130, 2189
- SfiI ×2 · flanquea el MCS · en 2138, 8345
- BsaI Golden Gate · overhangs TGAT, GTTT · en 8215, 8247
- Bordes del T-DNA · LB, RB
Ligation of D010p6D35s* into G639p7D35s-EFC9-U6At*
Extraído del archivo GenBank; compare todos los vectores en la tabla de múltiples casetes de expresión.
Elementos anotados
| Elemento | Tipo | Inicio | Fin | Longitud | Hebra |
|---|---|---|---|---|---|
| LB' | Borde del T-DNA misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| 35S | Promotor misc_feature | 169 | 584 | 416 | + |
| Kozak | Sitio misc_feature | 600 | 604 | 5 | + |
| hptII | Marcador de selección CDS | 605 | 1174 | 570 | + |
| int | Sitio misc_feature | 1175 | 1363 | 189 | + |
| 'hptII'' | Marcador de selección CDS | 1364 | 1819 | 456 | + |
| 'E9 | Terminador misc_feature | 1830 | 2120 | 291 | + |
| EF1' | Otro misc_feature | 2146 | 3290 | 1145 | + |
| sin nombre | Otro source | 2146 | 3290 | 1145 | + |
| splice | Sitio misc_feature | 2497 | 2500 | 4 | + |
| sin nombre | Otro exon | 2625 | 3290 | 666 | + |
| aggt | Sitio misc_feature | 2678 | 2681 | 4 | + |
| intron? | Secuencia codificante CDS | 2680 | 3281 | 602 | + |
| splice? | Sitio misc_feature | 3280 | 3283 | 4 | + |
| 'Cas9WT | Secuencia codificante CDS | 3311 | 7507 | 4197 | + |
| NLS | Sitio misc_feature | 3317 | 3337 | 21 | + |
| NLS | Sitio misc_feature | 7457 | 7504 | 48 | + |
| NOS-T | Terminador misc_feature | 7513 | 7766 | 254 | + |
| U6At | Secuencia codificante CDS | 7776 | 8220 | 445 | + |
| 'targetRNA | Sitio CDS | 8221 | 8247 | 27 | + |
| hairpin | Sitio CDS | 8248 | 8277 | 30 | + |
| gRNA | Sitio misc_feature | 8248 | 8330 | 83 | + |
| Right Border Region | Otro misc_feature | 8371 | 8973 | 603 | + |
| RB | Borde del T-DNA misc_feature | 8416 | 8439 | 24 | + |
| 'ColE1'' | Origen / backbone misc_feature | 8987 | 9645 | 659 | + |
| ''pVS1 ORI''' | Origen / backbone misc_feature | 9674 | 11.637 | 1964 | + |
| ParB | Secuencia codificante CDS | 10.000 | 11.175 | 1176 | + |
| strep/spec | Marcador de selección CDS | 11.826 | 12.836 | 1011 | + |
| Left Border Region | Borde del T-DNA misc_feature | 12.904 | 163 | 0 | + |
PromotorSecuencia codificanteTerminadorMarcador de selecciónOrigen / backboneBorde del T-DNASitio
Los tipos de elemento se deducen de las anotaciones del archivo GenBank; la referencia es el propio archivo.
Cómo citar
Cite el vector así en la sección de Materiales y métodos.
p6D35s-EFC9-U6At (G638; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p6D35s-EFC9-U6At)¿Su artículo utiliza uno de nuestros vectores? Avísenos.