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DNA Cloning Service
ES

CRISPR/Cas

p6i2xoR-Ucas-U6Os B328

Vector CRISPR/Cas con 2x35s–hptII y UbiZm–Cas9 nick, para monocotiledóneas.

2468101214'Cas9'pVS1'Ubi-intSm/SpP2x35sColE1hptIIIntron'hptIIU6OsE9NOS-TintintgRNANLSRBLBBamHI (857)MluI (2087)SbfI, SpeISacI (4016)SmaI (8267)EcoRI (8527)BstBI, HindIII, SalI, KpnIPmeI (9165)FseI, BsiWIB328p6i2xoR-Ucas15.473 bp

GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq

Se abre en SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE y Geneious.

Sitios de restricción

Corte único · sitioCorta enUbicación
BamHIG^GATCC857entre 5´UTR y Kozak
MluIA^CGCGT2087entre hptII y E9
SbfI (SdaI)CCTGCA^GG2397entre E9 y Ubi-int
SpeIA^CTAGT2436entre E9 y Ubi-int
SacI (Ecl136II)GAGCT^C4016en Cas9
SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG8267entre Cas9 y NOS-T
EcoRIG^AATTC8527entre NOS-T y U6Os
BstBI (Bsp119I)TT^CGAA8993en MCS
HindIIIA^AGCTT8996en MCS
SalIG^TCGAC9096entre gRNA y RB
KpnI (Acc65I)GGTAC^C9133entre gRNA y RB
PmeI (MssI)GTTT^AAAC9165entre gRNA y RB
FseIGGCCGG^CC12.363en pVS1'
BsiWI (Pfl23II)C^GTACG12.591en pVS1'

Corte doble: XhoI (851, 3141), NheI (3561, 12.707), ClaI (3674, 12.787), SfiI (2428, 9110), AgeI (13.201, 13.509), AatII (4651, 9556), BstEII (1162, 14.072), BsmBI (8980, 9012).

Sin sitio: AscI, PacI, SwaI, AvrII, HpaI, BsrGI, AarI.

Calculado a partir de la secuencia GenBank para 50 enzimas comunes; las posiciones son el corte en la hebra superior, sin metilación Dam/Dcm. Compare vectores en el buscador de sitios de restricción.

Promotor 1
2x35s
Gen 1
hptII
Promotor 2
UbiZm
Gen 2
Cas9 nick
Características
monocotiledóneas
Otros marcadores
hptII, Sm/Sp
Tamaño
15.473 bp, circular
Fecha del registro
29-AUG-2016

Construcción

  • P2x35s–hptII · E9 · casete de selección, 67–2387
  • Ubi-int–Cas9 · NOS-T · casete con inserto, 2442–8523
  • U6Os–gRNA · casete de gRNA, 8533–9095
  • MCS · anotado en el archivo · en 8987, 9012
  • SfiI ×2 · flanquea 2 casetes · en 2428, 9110
  • BsmBI Golden Gate · overhangs AGCT, GTTT · en 8980, 9012
  • Bordes del T-DNA · LB, RB

Ligation of A866p9iTE9oRes* into B294p6i2x-Ucas-U6Os*

Extraído del archivo GenBank; compare todos los vectores en la tabla de múltiples casetes de expresión.

400 €

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Elementos anotados

ElementoTipoInicioFinLongitudHebra
P2x35sPromotor misc_feature67814748+
tataSitio misc_feature7817844+
5´UTRSitio misc_feature81585036+
KozakSitio misc_feature8678715+
hptIIMarcador de selección CDS8721441570+
intSitio misc_feature14421630189+
'hptIIMarcador de selección CDS16312086456+
E9Terminador misc_feature20972387291+
transcription stop signalSitio misc_feature219121966+
transcription stop signalSitio misc_feature219722026+
transcription stop signalSitio misc_feature221522206+
Ubi-intPromotor misc_feature244239501509+
IntronSitio misc_feature34293948520+
'Cas9Secuencia codificante CDS397682644289+
NLSSitio misc_feature3981400121+
D10ASitio misc_feature404540451+
intSitio misc_feature4392448493+
NLSSitio misc_feature8214826148+
NOS-TTerminador misc_feature82708523254+
U6OsPromotor misc_feature85338985453+
MCSSitio CDS8987901226+
hairpinSitio CDS9013904230+
gRNASitio misc_feature9013909583+
RBBorde del T-DNA misc_feature9181920424+
ColE1Origen / backbone misc_feature973910.436698+
'pVS1'Origen / backbone misc_feature10.72413.5112788+
Sm/SpMarcador de selección CDS13.69514.7051011+
LBBorde del T-DNA misc_feature15.22615.24924+

PromotorSecuencia codificanteTerminadorMarcador de selecciónOrigen / backboneBorde del T-DNASitio

Los tipos de elemento se deducen de las anotaciones del archivo GenBank; la referencia es el propio archivo.

Cómo citar

Cite el vector así en la sección de Materiales y métodos.

p6i2xoR-Ucas-U6Os (B328; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p6i2xoR-Ucas-U6Os)

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