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DNA Cloning Service
ES

CRISPR/Cas

p6ioRAct-UZmCwtoi C143

Vector CRISPR/Cas con Act–hptII y UbiZm–Cas9.

246810121416'Cas9WT'pVS1Ubi-intpActSm/SpColE1hptIIIntron'hptIIU6Os''E9NOS-TintdelgRNA scaffoldNLSLBRBAarI (1002)BamHI (1408)SbfI, SpeISmaI (9047)BstBI, HindIII, SalI, KpnIPmeI (9947)BsiWI (13373)C143p6ioRAct-UZm16.007 bp

GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq

Se abre en SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE y Geneious.

Sitios de restricción

Corte único · sitioCorta enUbicación
AarICACCTGC(4/8)1002en pAct
BamHIG^GATCC1408en pAct
SbfI (SdaI)CCTGCA^GG3270entre E9 y Ubi-int
SpeIA^CTAGT3309entre E9 y Ubi-int
SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG9047entre Cas9WT y NOS-T
BstBI (Bsp119I)TT^CGAA9774en insert target RNA
HindIIIA^AGCTT9777en insert target RNA
SalIG^TCGAC9878entre gRNA scaffold y RB
KpnI (Acc65I)GGTAC^C9915entre gRNA scaffold y RB
PmeI (MssI)GTTT^AAAC9947entre gRNA scaffold y RB
BsiWI (Pfl23II)C^GTACG13.373en pVS1

Corte doble: EcoRI (691, 9307), SacI (1212, 4889), XhoI (1720, 4014), ClaI (4547, 13.569), EcoRV (6731, 10.459), SfiI (3301, 9892), FseI (1075, 13.145), AgeI (13.983, 14.291), AatII (5431, 10.338), XmnI (2620, 9487), BbsI (9760, 9794), BsmBI (964, 1298).

Sin sitio: MluI, AscI, PacI, SwaI, AvrII, HpaI, BsrGI.

Calculado a partir de la secuencia GenBank para 50 enzimas comunes; las posiciones son el corte en la hebra superior, sin metilación Dam/Dcm. Compare vectores en el buscador de sitios de restricción.

Promotor 1
Act
Gen 1
hptII
Promotor 2
UbiZm
Gen 2
Cas9
Características
U6At
Otros marcadores
hptII, Sm/Sp
Tamaño
16.007 bp, circular
Fecha del registro
20-OCT-2016

Construcción

  • pAct–hptII · E9 · casete de selección, 313–3260
  • Ubi-int–Cas9WT · NOS-T · casete con inserto, 3315–9303
  • U6Os (sin scaffold anotado) · casete de gRNA, 9313–9765
  • SfiI ×2 · flanquea 2 casetes · en 3301, 9892
  • BbsI Golden Gate · overhangs AGCT, GTTT · en 9760, 9794
  • Bordes del T-DNA · LB, RB

Ligation of C164p7ioR-UZmCwtoi-Bbs* into C141p6ioRAct-LH*

Extraído del archivo GenBank; compare todos los vectores en la tabla de múltiples casetes de expresión.

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Elementos anotados

ElementoTipoInicioFinLongitudHebra
LBBorde del T-DNA misc_feature12424+
pActPromotor misc_feature31317101398+
delSecuencia codificante CDS11401268129+
KozakSitio misc_feature173317375+
hptIIMarcador de selección CDS17382307570+
intSitio misc_feature23082496189+
'hptIIMarcador de selección CDS24972952456+
'E9Terminador misc_feature29703260291+
Ubi-intPromotor misc_feature331548231509+
IntronSitio misc_feature43024821520+
NLSSitio misc_feature4854487421+
'Cas9WTSecuencia codificante CDS489090444155+
NLSSitio misc_feature8994904148+
NOS-TTerminador misc_feature90509303254+
U6Os'Promotor misc_feature93139765453+
insert target RNASitio CDS9766979429+
hairpinSitio CDS9795982430+
gRNA scaffoldSitio misc_feature9795987783+
RBBorde del T-DNA misc_feature9963998624+
ColE1Origen / backbone misc_feature10.52111.218698+
'pVS1Origen / backbone misc_feature11.50614.2932788+
Sm/SpMarcador de selección CDS14.47715.4871011+

PromotorSecuencia codificanteTerminadorMarcador de selecciónOrigen / backboneBorde del T-DNASitio

Los tipos de elemento se deducen de las anotaciones del archivo GenBank; la referencia es el propio archivo.

Cómo citar

Cite el vector así en la sección de Materiales y métodos.

p6ioRAct-UZmCwtoi (C143; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p6ioRAct-UZmCwtoi)

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