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DNA Cloning Service
ES

CRISPR/Cas

p7D35s-C9wt-U6GmNhe D784

Vector CRISPR/Cas con 35s–bar y Ubq10–Cas9, para dicotiledóneas.

24681012'Cas9WT''pVS1 ORI'''Pro-Ubq10AtParBstrep/specColE1Right Border RegionP35SBarU6GmíntronTE9NOS-TBarSTLS1gRNAUbi cds 5NLSLB'RBXhoI (587)AarI (1128)MluI (1346)SbfI, NotISalI (2510)SpeI, BamHINcoI (4633)SmaI, NsiIBsrGI, BsmBI, BstBI, HindIIINheI, KpnI, PmeIBstEII (11921)D784p7D35s-C9wt-12.771 bp

GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq

Se abre en SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE y Geneious.

Sitios de restricción

Corte único · sitioCorta enUbicación
XhoI (PaeR7I)C^TCGAG587entre P35S y Bar
AarICACCTGC(4/8)1128en Bar
MluIA^CGCGT1346entre Bar y TE9
SbfI (SdaI)CCTGCA^GG1656entre TE9 y Pro-Ubq10At
NotIGC^GGCCGC1665entre TE9 y Pro-Ubq10At
SalIG^TCGAC2510en Pro-Ubq10At
SpeIA^CTAGT3148entre Pro-Ubq10At y Cas9WT
BamHIG^GATCC3154entre Pro-Ubq10At y Cas9WT
NcoIC^CATGG4633en Cas9WT
SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG7368entre Cas9WT y NOS-T
NsiI (Mph1103I)ATGCA^T7491en NOS-T
BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA7778en U6Gm
BsmBI (Esp3I)CGTCTC(1/5)7791en U6Gm
BstBI (Bsp119I)TT^CGAA7946en targetRNA
HindIIIA^AGCTT7949en targetRNA
NheI (BmtI)G^CTAGC8049entre gRNA y Right Border Region
KpnI (Acc65I)GGTAC^C8086entre gRNA y Right Border Region
PmeI (MssI)GTTT^AAAC8118en Right Border Region
BstEII (Eco91I)G^GTNACC11.921en strep/spec

Corte doble: EcoRI (2332, 7628), PstI (1656, 7672), SphI (6477, 8243), SacI (2765, 3210), SfiI (1664, 8063), MfeI (14, 945), EagI (1665, 8500), AatII (3752, 8509), BsaI (7933, 7965), SapI (2770, 4364).

Sin sitio: NdeI, ClaI, AscI, PacI, FseI, SwaI, AvrII, BsiWI, AgeI, HpaI.

Calculado a partir de la secuencia GenBank para 50 enzimas comunes; las posiciones son el corte en la hebra superior, sin metilación Dam/Dcm. Compare vectores en el buscador de sitios de restricción.

Promotor 1
35s
Gen 1
bar
Promotor 2
Ubq10
Gen 2
Cas9
Características
Dicotiledóneas
Otros marcadores
strep/spec
Tamaño
12.771 bp, circular
Fecha del registro
26-AUG-2020

Construcción

  • P35S–Bar · TE9 · casete de selección, 169–1646
  • Pro-Ubq10At–Cas9WT · NOS-T · casete con inserto, 1672–7624
  • U6Gm–gRNA · casete de gRNA, 7634–8048
  • SfiI ×2 · flanquea 2 casetes · en 1664, 8063
  • BsaI Golden Gate · overhangs GGAT, GTTT · en 7933, 7965
  • Bordes del T-DNA · LB, RB

Ligation of U6Gm-Xma-Kpn* into D024p7D35s-C9wt-U6Gm*

Extraído del archivo GenBank; compare todos los vectores en la tabla de múltiples casetes de expresión.

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Elementos anotados

ElementoTipoInicioFinLongitudHebra
LB'Borde del T-DNA misc_feature12424+
P35SPromotor misc_feature169584416+
BarMarcador de selección CDS605838234+
STLS1Otro misc_feature8391027189+
BarMarcador de selección CDS10281343316+
TE9Terminador misc_feature13561646291+
Pro-Ubq10AtPromotor misc_feature167231471476+
Ubi cds 5Promotor misc_feature2776283964+
íntronOtro misc_feature28423145304+
'Cas9WTSecuencia codificante CDS316973654197+
NLSSitio misc_feature3175319521+
NLSSitio misc_feature7315736248+
NOS-TTerminador misc_feature73717624254+
U6GmPromotor misc_feature76347938305+
targetRNASitio CDS7939796527+
hairpinSitio CDS7966799530+
gRNASitio misc_feature7966804883+
Right Border RegionOtro misc_feature80898691603+
RBBorde del T-DNA misc_feature8134815724+
ColE1Origen / backbone misc_feature87059363659+
''pVS1 ORI'''Origen / backbone misc_feature939211.3551964+
ParBSecuencia codificante CDS971810.8931176+
strep/specMarcador de selección CDS11.54412.5541011+
Left Border RegionBorde del T-DNA misc_feature12.6221630+

PromotorSecuencia codificanteTerminadorMarcador de selecciónOrigen / backboneBorde del T-DNASitio

Los tipos de elemento se deducen de las anotaciones del archivo GenBank; la referencia es el propio archivo.

Cómo citar

Cite el vector así en la sección de Materiales y métodos.

p7D35s-C9wt-U6GmNhe (D784; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p7D35s-C9wt-U6GmNhe; RRID:SCR_029231)

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