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DNA Cloning Service
ES

CRISPR/Cas

p7D35s-Cpf1-U6Gm D974

Vector CRISPR/Cas con 35s–bar y Ubq10–LbCPf1, para dicotiledóneas.

24681012ORF-1''pVS1 ORI'''Pro-Ubq10AtParBstrep/specColE1Right Border RegionP35SBarU6GmíntronTE9NOS-TBarSTLS1gRNAUbi cds 5NLSLB'RBXhoI (587)MluI (1346)SbfI, NotISalI (2510)SpeI, BamHISmaI, NsiIBsrGI, BsmBI, HindIII, NheIKpnI, PmeI, SphIAatII (8094)D974p7D35s-Cpf1-12.356 bp

GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq

Se abre en SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE y Geneious.

Sitios de restricción

Corte único · sitioCorta enUbicación
XhoI (PaeR7I)C^TCGAG587entre P35S y Bar
MluIA^CGCGT1346entre Bar y TE9
SbfI (SdaI)CCTGCA^GG1656entre TE9 y Pro-Ubq10At
NotIGC^GGCCGC1665entre TE9 y Pro-Ubq10At
SalIG^TCGAC2510en Pro-Ubq10At
SpeIA^CTAGT3148entre Pro-Ubq10At y ORF-1
BamHIG^GATCC3154entre Pro-Ubq10At y ORF-1
SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG6953entre ORF-1 y NOS-T
NsiI (Mph1103I)ATGCA^T7076en NOS-T
BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA7363en U6Gm
BsmBI (Esp3I)CGTCTC(1/5)7376en U6Gm
HindIIIA^AGCTT7534en targetRNA
NheI (BmtI)G^CTAGC7634entre gRNA y Right Border Region
KpnI (Acc65I)GGTAC^C7671entre gRNA y Right Border Region
PmeI (MssI)GTTT^AAAC7703en Right Border Region
SphI (PaeI)GCATG^C7828en Right Border Region
AatII (ZraI)GACGT^C8094en Right Border Region

Corte doble: EcoRI (2332, 7213), PstI (1656, 7257), SacI (2765, 5446), BglII (3077, 7654), SfiI (1664, 7648), MfeI (14, 945), StuI (1658, 7642), EagI (1665, 8085), SacII (1228, 1245), BsaI (7518, 7550), AarI (1128, 6026).

Sin sitio: NcoI, NdeI, AscI, PacI, FseI, SwaI, AvrII, BsiWI, AgeI, HpaI, PvuII.

Calculado a partir de la secuencia GenBank para 50 enzimas comunes; las posiciones son el corte en la hebra superior, sin metilación Dam/Dcm. Compare vectores en el buscador de sitios de restricción.

Promotor 1
35s
Gen 1
bar
Promotor 2
Ubq10
Gen 2
LbCPf1
Características
Dicotiledóneas
Otros marcadores
strep/spec
Tamaño
12.356 bp, circular
Fecha del registro
26-AUG-2020

Construcción

  • P35S–Bar · TE9 · casete de selección, 169–1646
  • Pro-Ubq10At–ORF-1 · NOS-T · casete con inserto, 1672–7209
  • U6Gm–gRNA · casete de gRNA, 7219–7633
  • SfiI ×2 · flanquea 2 casetes · en 1664, 7648
  • BsaI Golden Gate · overhangs GGAT, GTTT · en 7518, 7550
  • Bordes del T-DNA · LB, RB

Ligation of D915p9oNoR-U10-Cpf1-U6At* into D784p7D35s-C9wt-U6GmNhe*

Extraído del archivo GenBank; compare todos los vectores en la tabla de múltiples casetes de expresión.

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Elementos anotados

ElementoTipoInicioFinLongitudHebra
LB'Borde del T-DNA misc_feature12424+
P35SPromotor misc_feature169584416+
BarMarcador de selección CDS605838234+
STLS1Otro misc_feature8391027189+
BarMarcador de selección CDS10281343316+
TE9Terminador misc_feature13561646291+
Pro-Ubq10AtPromotor misc_feature167231471476+
Ubi cds 5Promotor misc_feature2776283964+
íntronOtro misc_feature28423145304+
ORF-1Secuencia codificante CDS316869503783+
NLSSitio misc_feature3174319421+
NLSSitio misc_feature6900694748+
NOS-TTerminador misc_feature69567209254+
U6GmPromotor misc_feature72197523305+
targetRNASitio CDS7524755027+
hairpinSitio CDS7551758030+
gRNASitio misc_feature7551763383+
Right Border RegionOtro misc_feature76748276603+
RBBorde del T-DNA misc_feature7719774224+
ColE1Origen / backbone misc_feature82908948659+
''pVS1 ORI'''Origen / backbone misc_feature897710.9401964+
ParBSecuencia codificante CDS930310.4781176+
strep/specMarcador de selección CDS11.12912.1391011+
Left Border RegionBorde del T-DNA misc_feature12.2071630+

PromotorSecuencia codificanteTerminadorMarcador de selecciónOrigen / backboneBorde del T-DNASitio

Los tipos de elemento se deducen de las anotaciones del archivo GenBank; la referencia es el propio archivo.

Cómo citar

Cite el vector así en la sección de Materiales y métodos.

p7D35s-Cpf1-U6Gm (D974; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p7D35s-Cpf1-U6Gm)

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