p7ioR-Uq10CasWToi C035
Vector CRISPR/Cas con 35s–bar y UbiAt–Cas9.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Se abre en SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE y Geneious.
Sitios de restricción
| Corte único · sitio | Corta en | Ubicación |
|---|---|---|
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 727 | entre 35S y Bar' |
| AarICACCTGC(4/8) | 1268 | en 'Bar' |
| MluIA^CGCGT | 1486 | entre 'Bar' y E9 |
| PstICTGCA^G | 1796 | entre E9 y Pro-Ubq10At |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1796 | entre E9 y Pro-Ubq10At |
| SpeIA^CTAGT | 3311 | entre Pro-Ubq10At y Cas9WT |
| BamHIG^GATCC | 3317 | entre Pro-Ubq10At y Cas9WT |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 7531 | entre Cas9WT y NOS-T |
| NsiI (Mph1103I)ATGCA^T | 7654 | en NOS-T |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 8249 | en targetRNA |
| HindIIIA^AGCTT | 8252 | en targetRNA |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 8389 | entre RNA' y RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 8421 | entre RNA' y RB |
| FseIGGCCGG^CC | 11.619 | en pVS1 |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 11.847 | en pVS1 |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 11.963 | en pVS1 |
| ClaI (BspDI)AT^CGAT | 12.043 | en pVS1 |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 13.328 | en Sm/Sp |
Corte doble: EcoRI (2495, 7791), SalI (2673, 8352), SacI (2928, 3373), NcoI (1822, 4796), NdeI (9927, 10.507), SfiI (1827, 8366), MfeI (14, 1085), AgeI (12.457, 12.765), StuI (6093, 8360), AatII (3915, 8812), BsmBI (8236, 8268).
Sin sitio: AscI, PacI, SwaI, AvrII, HpaI, BsrGI.
Calculado a partir de la secuencia GenBank para 50 enzimas comunes; las posiciones son el corte en la hebra superior, sin metilación Dam/Dcm. Compare vectores en el buscador de sitios de restricción.
- Promotor 1
- 35s
- Gen 1
- bar
- Promotor 2
- UbiAt
- Gen 2
- Cas9
- Características
- U6At
- Otros marcadores
- Bar', 'Bar', Sm/Sp
- Tamaño
- 14.481 bp, circular
- Fecha del registro
- 21-FEB-2017
Construcción
- 35S–Bar · E9 · casete de selección, 309–1786
- Pro-Ubq10At–Cas9WT · NOS-T · casete con inserto, 1835–7787
- SfiI ×2 · flanquea el casete Pro-Ubq10At–Cas9WT · en 1827, 8366
- BsmBI Golden Gate · overhangs TGAT, GTTT · en 8236, 8268
- Bordes del T-DNA · LB, RB
Ligation of A390p9i-UbiAtm-ogusi* into C034p7ioR-35sCasWToi*
Extraído del archivo GenBank; compare todos los vectores en la tabla de múltiples casetes de expresión.
Elementos anotados
| Elemento | Tipo | Inicio | Fin | Longitud | Hebra |
|---|---|---|---|---|---|
| LB | Borde del T-DNA misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| 35S | Promotor misc_feature | 309 | 724 | 416 | + |
| Bar' | Marcador de selección CDS | 745 | 978 | 234 | + |
| STLS1 | Otro misc_feature | 979 | 1167 | 189 | + |
| ''Bar' | Marcador de selección CDS | 1168 | 1483 | 316 | + |
| 'E9 | Terminador misc_feature | 1496 | 1786 | 291 | + |
| Pro-Ubq10At | Promotor misc_feature | 1835 | 3310 | 1476 | + |
| Ubi cds 5` | Secuencia codificante CDS | 2939 | 3002 | 64 | + |
| íntron | Otro misc_feature | 3005 | 3308 | 304 | + |
| 'Cas9WT | Secuencia codificante CDS | 3332 | 7528 | 4197 | + |
| NLS | Sitio misc_feature | 3338 | 3358 | 21 | + |
| NLS | Sitio misc_feature | 7478 | 7525 | 48 | + |
| NOS-T | Terminador misc_feature | 7534 | 7787 | 254 | + |
| 'RNA' | Otro misc_feature | 7792 | 8352 | 561 | + |
| U6At | Secuencia codificante CDS | 7797 | 8241 | 445 | + |
| targetRNA | Sitio CDS | 8242 | 8268 | 27 | + |
| hairpin | Sitio CDS | 8269 | 8298 | 30 | + |
| gRNA | Sitio misc_feature | 8269 | 8351 | 83 | + |
| RB | Borde del T-DNA misc_feature | 8437 | 8460 | 24 | + |
| ColE1 | Origen / backbone misc_feature | 8995 | 9692 | 698 | + |
| 'pVS1 | Origen / backbone misc_feature | 9980 | 12.767 | 2788 | + |
| Sm/Sp | Marcador de selección CDS | 12.951 | 13.961 | 1011 | + |
PromotorSecuencia codificanteTerminadorMarcador de selecciónOrigen / backboneBorde del T-DNASitio
Los tipos de elemento se deducen de las anotaciones del archivo GenBank; la referencia es el propio archivo.
Cómo citar
Cite el vector así en la sección de Materiales y métodos.
p7ioR-Uq10CasWToi (C035; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p7ioR-Uq10CasWToi)¿Su artículo utiliza uno de nuestros vectores? Avísenos.