p7D35s-C9wt-U6Gm D024
Vecteur CRISPR/Cas avec 35s–bar et Ubq10–Cas9, pour les dicotylédones.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
S’ouvre dans SnapGene Viewer (gratuit), Benchling, ApE et Geneious.
Sites de restriction
| Enzyme à coupure unique · site | Coupe en | Emplacement |
|---|---|---|
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 587 | entre P35S et Bar |
| AarICACCTGC(4/8) | 1 128 | dans Bar |
| MluIA^CGCGT | 1 346 | entre Bar et TE9 |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1 656 | entre TE9 et Pro-Ubq10At |
| NotIGC^GGCCGC | 1 665 | entre TE9 et Pro-Ubq10At |
| SpeIA^CTAGT | 3 148 | entre Pro-Ubq10At et Cas9WT |
| BamHIG^GATCC | 3 154 | entre Pro-Ubq10At et Cas9WT |
| NcoIC^CATGG | 4 633 | dans Cas9WT |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 7 368 | entre Cas9WT et NOS-T |
| NsiI (Mph1103I)ATGCA^T | 7 491 | dans NOS-T |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 7 778 | dans U6Gm |
| BsmBI (Esp3I)CGTCTC(1/5) | 7 791 | dans U6Gm |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 7 946 | dans targetRNA |
| HindIIIA^AGCTT | 7 949 | dans targetRNA |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 8 086 | entre gRNA et Right Border Region |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 8 118 | dans Right Border Region |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 11 921 | dans strep/spec |
Double coupure : EcoRI (2 332, 7 628), SalI (2 510, 8 049), PstI (1 656, 7 672), SphI (6 477, 8 243), SacI (2 765, 3 210), SfiI (1 664, 8 063), MfeI (14, 945), EagI (1 665, 8 500), AatII (3 752, 8 509), BsaI (7 933, 7 965), SapI (2 770, 4 364).
Aucun site : NdeI, NheI, ClaI, AscI, PacI, FseI, SwaI, AvrII, BsiWI, AgeI, HpaI.
Calculé à partir de la séquence GenBank pour 50 enzymes courantes ; les positions correspondent à la coupure sur le brin supérieur, sans méthylation Dam/Dcm. Comparez les vecteurs dans la recherche de sites de restriction.
- Promoteur 1
- 35s
- Gène 1
- bar
- Promoteur 2
- Ubq10
- Gène 2
- Cas9
- Caractéristiques
- Dicotylédones
- Autres marqueurs
- strep/spec
- Taille
- 12 771 bp, circulaire
- Date de l’enregistrement
- 26-AUG-2020
Construction
- P35S–Bar · TE9 · cassette de sélection, 169–1 646
- Pro-Ubq10At–Cas9WT · NOS-T · cassette avec insert, 1 672–7 624
- U6Gm–gRNA · cassette ARNg, 7 634–8 048
- SfiI ×2 · encadre 2 cassettes · en 1 664, 8 063
- BsaI Golden Gate · extrémités cohésives GGAT, GTTT · en 7 933, 7 965
- Bordures de l’ADN-T · LB, RB
Ligation of D026pHC-U6Gm* into D023p7D35s-C9wt-U6At*
Extrait du fichier GenBank ; comparez tous les vecteurs dans le tableau des cassettes d’expression multiples.
Éléments annotés
| Élément | Type | Début | Fin | Longueur | Brin |
|---|---|---|---|---|---|
| LB' | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| P35S | Promoteur misc_feature | 169 | 584 | 416 | + |
| Bar | Marqueur de sélection CDS | 605 | 838 | 234 | + |
| STLS1 | Autre misc_feature | 839 | 1 027 | 189 | + |
| Bar | Marqueur de sélection CDS | 1 028 | 1 343 | 316 | + |
| TE9 | Terminateur misc_feature | 1 356 | 1 646 | 291 | + |
| Pro-Ubq10At | Promoteur misc_feature | 1 672 | 3 147 | 1 476 | + |
| Ubi cds 5 | Promoteur misc_feature | 2 776 | 2 839 | 64 | + |
| íntron | Autre misc_feature | 2 842 | 3 145 | 304 | + |
| 'Cas9WT | Séquence codante CDS | 3 169 | 7 365 | 4 197 | + |
| NLS | Site misc_feature | 3 175 | 3 195 | 21 | + |
| NLS | Site misc_feature | 7 315 | 7 362 | 48 | + |
| NOS-T | Terminateur misc_feature | 7 371 | 7 624 | 254 | + |
| U6Gm | Promoteur misc_feature | 7 634 | 7 938 | 305 | + |
| targetRNA | Site CDS | 7 939 | 7 965 | 27 | + |
| hairpin | Site CDS | 7 966 | 7 995 | 30 | + |
| gRNA | Site misc_feature | 7 966 | 8 048 | 83 | + |
| Right Border Region | Autre misc_feature | 8 089 | 8 691 | 603 | + |
| RB | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 8 134 | 8 157 | 24 | + |
| ColE1 | Origine / squelette misc_feature | 8 705 | 9 363 | 659 | + |
| ''pVS1 ORI''' | Origine / squelette misc_feature | 9 392 | 11 355 | 1 964 | + |
| ParB | Séquence codante CDS | 9 718 | 10 893 | 1 176 | + |
| strep/spec | Marqueur de sélection CDS | 11 544 | 12 554 | 1 011 | + |
| Left Border Region | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 12 622 | 163 | 0 | + |
PromoteurSéquence codanteTerminateurMarqueur de sélectionOrigine / squeletteBordure de l’ADN-TSite
Les types d’éléments sont déduits des étiquettes du fichier GenBank ; c’est le fichier lui-même qui fait référence.
Comment citer
Citez le vecteur ainsi dans la partie Matériel et méthodes.
p7D35s-C9wt-U6Gm (D024; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p7D35s-C9wt-U6Gm)Votre article utilise l’un de nos vecteurs ? Dites-le-nous.