p7i-UcasW-U6Os B350
Vecteur CRISPR/Cas avec 2x35s–bar et UbiZm–Cas9, pour les monocotylédones.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
S’ouvre dans SnapGene Viewer (gratuit), Benchling, ApE et Geneious.
Sites de restriction
| Enzyme à coupure unique · site | Coupe en | Emplacement |
|---|---|---|
| AarICACCTGC(4/8) | 1 636 | dans bar' |
| MluIA^CGCGT | 1 858 | entre bar' et E9 |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 2 168 | entre E9 et Ubi-int |
| SpeIA^CTAGT | 2 207 | entre E9 et Ubi-int |
| SacI (Ecl136II)GAGCT^C | 3 787 | dans Cas9WT |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 8 038 | entre Cas9WT et NOS-T |
| EcoRIG^AATTC | 8 298 | entre NOS-T et U6Os |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 8 764 | entre U6Os et targetRNA |
| HindIIIA^AGCTT | 8 767 | entre U6Os et targetRNA |
| SalIG^TCGAC | 8 867 | entre gRNA scaffold et RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 8 936 | entre gRNA scaffold et RB |
| FseIGGCCGG^CC | 12 134 | dans pVS1' |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 12 362 | dans pVS1' |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 13 843 | dans Sm/Sp' |
Double coupure : KpnI (1 818, 8 904), XhoI (1 099, 2 912), NheI (3 332, 12 478), ClaI (3 445, 12 558), SfiI (2 199, 8 881), AgeI (12 972, 13 280), StuI (6 600, 8 875), AatII (4 422, 9 327), BsaI (12 881, 13 301), BsmBI (8 751, 8 783).
Aucun site : BamHI, AscI, PacI, SwaI, AvrII, HpaI, BsrGI.
Calculé à partir de la séquence GenBank pour 50 enzymes courantes ; les positions correspondent à la coupure sur le brin supérieur, sans méthylation Dam/Dcm. Comparez les vecteurs dans la recherche de sites de restriction.
- Promoteur 1
- 2x35s
- Gène 1
- bar
- Promoteur 2
- UbiZm
- Gène 2
- Cas9
- Caractéristiques
- monocotylédones
- Autres marqueurs
- bar', Sm/Sp'
- Taille
- 14 996 bp, circulaire
- Date de l’enregistrement
- 05-OCT-2016
Construction
- P2x35s–bar · E9 · cassette de sélection, 315–2 158
- Ubi-int–Cas9WT · NOS-T · cassette avec insert, 2 213–8 294
- U6Os–gRNA · cassette ARNg, 8 304–8 866
- SfiI ×2 · encadre 2 cassettes · en 2 199, 8 881
- BsmBI Golden Gate · extrémités cohésives AGCT, GTTT · en 8 751, 8 783
- Bordures de l’ADN-T · LB, RB
Ligation of Frag-BstE-Aar* into B331p7i2xoR-UcasW-U6Os4*
Extrait du fichier GenBank ; comparez tous les vecteurs dans le tableau des cassettes d’expression multiples.
Éléments annotés
| Élément | Type | Début | Fin | Longueur | Brin |
|---|---|---|---|---|---|
| LB | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| P2x35s' | Promoteur misc_feature | 315 | 1 099 | 785 | + |
| bar | Marqueur de sélection CDS | 1 113 | 1 346 | 234 | + |
| STLS1 | Autre misc_feature | 1 347 | 1 535 | 189 | + |
| bar' | Marqueur de sélection CDS | 1 536 | 1 853 | 318 | + |
| E9 | Terminateur misc_feature | 1 868 | 2 158 | 291 | + |
| Ubi-int | Promoteur misc_feature | 2 213 | 3 721 | 1 509 | + |
| Intron | Site misc_feature | 3 200 | 3 719 | 520 | + |
| Cas9WT | Séquence codante CDS | 3 740 | 4 162 | 423 | + |
| NLS | Site misc_feature | 3 752 | 3 772 | 21 | + |
| mut | Site misc_feature | 3 816 | 3 816 | 1 | + |
| int | Site misc_feature | 4 163 | 4 255 | 93 | + |
| Cas9WT | Séquence codante CDS | 4 256 | 8 035 | 3 780 | + |
| NLS | Site misc_feature | 7 985 | 8 032 | 48 | + |
| NOS-T | Terminateur misc_feature | 8 041 | 8 294 | 254 | + |
| U6Os | Promoteur misc_feature | 8 304 | 8 756 | 453 | + |
| targetRNA | Site CDS | 8 768 | 8 783 | 16 | + |
| hairpin | Site CDS | 8 784 | 8 813 | 30 | + |
| gRNA scaffold | Site misc_feature | 8 784 | 8 866 | 83 | + |
| RB | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 8 952 | 8 975 | 24 | + |
| ColE1 | Origine / squelette misc_feature | 9 510 | 10 207 | 698 | + |
| 'pVS1' | Origine / squelette misc_feature | 10 495 | 13 282 | 2 788 | + |
| Sm/Sp' | Marqueur de sélection CDS | 13 466 | 14 476 | 1 011 | + |
PromoteurSéquence codanteTerminateurMarqueur de sélectionOrigine / squeletteBordure de l’ADN-TSite
Les types d’éléments sont déduits des étiquettes du fichier GenBank ; c’est le fichier lui-même qui fait référence.
Comment citer
Citez le vecteur ainsi dans la partie Matériel et méthodes.
p7i-UcasW-U6Os (B350; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p7i-UcasW-U6Os)Votre article utilise l’un de nos vecteurs ? Dites-le-nous.