CRISPR/Cas · Éditeurs de bases
p7ioR-CBEhA-basta-mut F673
Vecteur CRISPR/Cas d’édition de bases (CBE) avec bar et CBE.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
S’ouvre dans SnapGene Viewer (gratuit), Benchling, ApE et Geneious.
Sites de restriction
| Enzyme à coupure unique · site | Coupe en | Emplacement |
|---|---|---|
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 727 | entre 35S et target Basta |
| MluIA^CGCGT | 1 486 | entre bar et E9 |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 1 795 | entre E9 et 35S |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 3 622 | entre NOS-T et Ubq10 |
| SpeIA^CTAGT | 5 137 | entre Ubq10 et NLS |
| BamHIG^GATCC | 10 573 | dans nCas9 |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 11 190 | entre NLS et NOS-T |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 12 042 | entre gRNA et RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 12 074 | entre gRNA et RB |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 15 500 | dans pVS1 |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 15 616 | dans pVS1 |
| ClaI (BspDI)AT^CGAT | 15 696 | dans pVS1 |
Double coupure : EcoRI (4 321, 11 450), PstI (3 622, 6 020), NdeI (13 580, 14 160), SfiI (3 653, 12 019), FseI (2 992, 15 272), AgeI (16 110, 16 418), StuI (9 182, 12 013), NsiI (3 474, 11 313), AatII (7 004, 12 465), BstEII (3 095, 16 981).
Aucun site : HindIII, AscI, PacI, SwaI, AvrII, BstBI, HpaI, BsmBI.
Calculé à partir de la séquence GenBank pour 50 enzymes courantes ; les positions correspondent à la coupure sur le brin supérieur, sans méthylation Dam/Dcm. Comparez les vecteurs dans la recherche de sites de restriction.
- Gène 1
- bar
- Gène 2
- CBE
- Autres marqueurs
- NptIIo', 'NptIIo', Sm/Sp
- Taille
- 18 134 bp, circulaire
- Date de l’enregistrement
- 05-SEP-2023
Construction
- 35S–bar · E9 · cassette de sélection, 309–1 786
- 35S–NptIIo · NOS-T · cassette de sélection, 1 813–3 607
- Ubq10–Gam–ORF-1–nCas9–UGI · NOS-T · cassette avec insert, 3 661–11 446
- U6–gRNA · cassette ARNg, 11 456–12 004
- SfiI ×2 · encadre 2 cassettes · en 3 653, 12 019
- Bordures de l’ADN-T · LB, RB
Ligation of A3A-Spe-Nru* into F671p7ioR-CBE1-basta-mut*
Extrait du fichier GenBank ; comparez tous les vecteurs dans le tableau des cassettes d’expression multiples.
Éléments annotés
| Élément | Type | Début | Fin | Longueur | Brin |
|---|---|---|---|---|---|
| LB | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| 35S | Promoteur misc_feature | 309 | 724 | 416 | + |
| target Basta | Site CDS | 740 | 762 | 23 | + |
| bar | Marqueur de sélection CDS | 745 | 978 | 234 | + |
| STLS1 | Autre misc_feature | 979 | 1 167 | 189 | + |
| bar | Marqueur de sélection CDS | 1 168 | 1 483 | 316 | + |
| 'E9 | Terminateur misc_feature | 1 496 | 1 786 | 291 | + |
| '35S | Promoteur misc_feature | 1 813 | 2 320 | 508 | + |
| NptIIo' | Marqueur de sélection CDS | 2 343 | 2 641 | 299 | + |
| splice | Site misc_feature | 2 638 | 2 641 | 4 | + |
| 'intron | Séquence codante CDS | 2 642 | 2 828 | 187 | + |
| splice | Site misc_feature | 2 827 | 2 830 | 4 | + |
| ''NptIIo' | Marqueur de sélection CDS | 2 829 | 3 332 | 504 | + |
| NOS-T | Terminateur misc_feature | 3 354 | 3 607 | 254 | + |
| Ubq10 | Autre misc_feature | 3 661 | 5 136 | 1 476 | + |
| Ubi cds 5` | Séquence codante CDS | 4 765 | 4 828 | 64 | + |
| íntron | Autre misc_feature | 4 831 | 5 134 | 304 | + |
| NLS | Site misc_feature | 5 164 | 5 184 | 21 | + |
| Linker | Site CDS | 5 185 | 5 202 | 18 | + |
| Gam | Séquence codante CDS | 5 203 | 5 724 | 522 | + |
| Linker | Séquence codante CDS | 5 725 | 5 772 | 48 | + |
| ORF-1 | Séquence codante CDS | 5 773 | 6 369 | 597 | + |
| Linker | Site misc_feature | 6 370 | 6 465 | 96 | + |
| nCas9'' | Séquence codante CDS | 6 466 | 7 772 | 1 307 | + |
| 'nCas9 | Séquence codante CDS | 7 773 | 10 596 | 2 824 | + |
| UGI | Séquence codante CDS | 10 597 | 10 845 | 249 | + |
| Linker | Site CDS | 10 846 | 10 875 | 30 | + |
| UGI | Séquence codante CDS | 10 876 | 11 124 | 249 | + |
| Linker | Site CDS | 11 125 | 11 136 | 12 | + |
| NLS | Séquence codante CDS | 11 137 | 11 184 | 48 | + |
| NOS-T | Terminateur misc_feature | 11 193 | 11 446 | 254 | + |
| U6' | Promoteur misc_feature | 11 456 | 11 900 | 445 | + |
| gRNA Basta | Site CDS | 11 902 | 11 921 | 20 | + |
| hairpin | Site CDS | 11 922 | 11 951 | 30 | + |
| gRNA | Site misc_feature | 11 922 | 12 004 | 83 | + |
| RB | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 12 090 | 12 113 | 24 | + |
| ColE1 | Origine / squelette misc_feature | 12 648 | 13 345 | 698 | + |
| pVS1 | Origine / squelette misc_feature | 13 633 | 16 420 | 2 788 | + |
| Sm/Sp | Marqueur de sélection CDS | 16 604 | 17 614 | 1 011 | + |
PromoteurSéquence codanteTerminateurMarqueur de sélectionOrigine / squeletteBordure de l’ADN-TSite
Les types d’éléments sont déduits des étiquettes du fichier GenBank ; c’est le fichier lui-même qui fait référence.
Comment citer
Citez le vecteur ainsi dans la partie Matériel et méthodes.
p7ioR-CBEhA-basta-mut (F673; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p7ioR-CBEhA-basta-mut)Votre article utilise l’un de nos vecteurs ? Dites-le-nous.