p9ioR-35sCasD10A2 B521
Vecteur CRISPR/Cas avec 35s–nptII et 35s–Cas9 nick.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
S’ouvre dans SnapGene Viewer (gratuit), Benchling, ApE et Geneious.
Sites de restriction
| Enzyme à coupure unique · site | Coupe en | Emplacement |
|---|---|---|
| XbaIT^CTAGA | 303 | entre LB et 35S |
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 727 | entre 35S et NptII |
| MluIA^CGCGT | 1 734 | entre NptII et E9 |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 2 044 | entre E9 et 35S |
| SpeIA^CTAGT | 2 510 | entre 35S et Cas9 |
| BamHIG^GATCC | 2 517 | entre 35S et Cas9 |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 6 830 | entre Cas9 et NOS-T |
| EcoRIG^AATTC | 7 090 | entre NOS-T et U6At |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 7 548 | dans targetRNA |
| HindIIIA^AGCTT | 7 551 | dans targetRNA |
| SalIG^TCGAC | 7 651 | entre gRNA et RB |
| ApaI (PspOMI)GGGCC^C | 7 682 | entre gRNA et RB |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 7 688 | entre gRNA et RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 7 720 | entre gRNA et RB |
| FseIGGCCGG^CC | 10 918 | dans pVS1 |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 11 146 | dans pVS1 |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 11 262 | dans pVS1 |
| ClaI (BspDI)AT^CGAT | 11 342 | dans pVS1 |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 12 627 | dans Sm/Sp |
Double coupure : PstI (1 120, 2 044), NdeI (9 226, 9 806), BglII (2 830, 7 671), SfiI (2 075, 7 665), MfeI (14, 884), AgeI (11 756, 12 064), StuI (5 392, 7 659), NsiI (3 003, 6 953), SacII (3 167, 5 264), AatII (3 214, 8 111), BsaI (11 665, 12 085), BsmBI (7 535, 7 567).
Aucun site : SacI, AscI, PacI, SwaI, AvrII, HpaI, BsrGI, AarI.
Calculé à partir de la séquence GenBank pour 50 enzymes courantes ; les positions correspondent à la coupure sur le brin supérieur, sans méthylation Dam/Dcm. Comparez les vecteurs dans la recherche de sites de restriction.
- Promoteur 1
- 35s
- Gène 1
- nptII
- Promoteur 2
- 35s
- Gène 2
- Cas9 nick
- Caractéristiques
- U6At
- Autres marqueurs
- Sm/Sp
- Taille
- 13 780 bp, circulaire
- Date de l’enregistrement
- 04-SEP-2015
Construction
- 35S–NptII · E9 · cassette de sélection, 309–2 034
- 35S–Cas9 · NOS-T · cassette avec insert, 2 089–7 086
- U6At–gRNA · cassette ARNg, 7 096–7 650
- MCS · 4 sites uniques · en 7 651, 7 720
- SfiI ×2 · encadre 2 cassettes · en 2 075, 7 665
- BsmBI Golden Gate · extrémités cohésives TGAT, GTTT · en 7 535, 7 567
- Bordures de l’ADN-T · LB, RB
Ligation of B510p7iCas-Gus2* into B358p9ioR-35sCasD10A*
Extrait du fichier GenBank ; comparez tous les vecteurs dans le tableau des cassettes d’expression multiples.
Éléments annotés
| Élément | Type | Début | Fin | Longueur | Brin |
|---|---|---|---|---|---|
| LB | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| 35S | Promoteur misc_feature | 309 | 724 | 416 | + |
| NptII | Site CDS | 741 | 777 | 37 | + |
| int | Site misc_feature | 778 | 966 | 189 | + |
| NptII | Marqueur de sélection CDS | 967 | 1 733 | 767 | + |
| 'E9 | Terminateur misc_feature | 1 744 | 2 034 | 291 | + |
| 35S | Promoteur misc_feature | 2 089 | 2 506 | 418 | + |
| TATA-box | Site CDS | 2 477 | 2 483 | 7 | + |
| 'Cas9 | Séquence codante CDS | 2 576 | 3 982 | 1 407 | + |
| D10A | Site misc_feature | 2 608 | 2 608 | 1 | + |
| int | Site misc_feature | 2 955 | 3 047 | 93 | + |
| 'Cas9 | Séquence codante CDS | 3 983 | 6 827 | 2 845 | + |
| NLS | Site misc_feature | 6 777 | 6 824 | 48 | + |
| NOS-T | Terminateur misc_feature | 6 833 | 7 086 | 254 | + |
| U6At | Promoteur misc_feature | 7 096 | 7 540 | 445 | + |
| targetRNA | Site CDS | 7 541 | 7 567 | 27 | + |
| hairpin | Site CDS | 7 568 | 7 597 | 30 | + |
| gRNA | Site misc_feature | 7 568 | 7 650 | 83 | + |
| RB | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 7 736 | 7 759 | 24 | + |
| ColE1 | Origine / squelette misc_feature | 8 294 | 8 991 | 698 | + |
| 'pVS1 | Origine / squelette misc_feature | 9 279 | 12 066 | 2 788 | + |
| Sm/Sp | Marqueur de sélection CDS | 12 250 | 13 260 | 1 011 | + |
PromoteurSéquence codanteTerminateurMarqueur de sélectionOrigine / squeletteBordure de l’ADN-TSite
Les types d’éléments sont déduits des étiquettes du fichier GenBank ; c’est le fichier lui-même qui fait référence.
Comment citer
Citez le vecteur ainsi dans la partie Matériel et méthodes.
p9ioR-35sCasD10A2 (B521; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p9ioR-35sCasD10A2)Votre article utilise l’un de nos vecteurs ? Dites-le-nous.