p9ioR-35sCasWToi B764
Vecteur CRISPR/Cas avec 35s–nptII et 35s–Cas9.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
S’ouvre dans SnapGene Viewer (gratuit), Benchling, ApE et Geneious.
Sites de restriction
| Enzyme à coupure unique · site | Coupe en | Emplacement |
|---|---|---|
| XbaIT^CTAGA | 303 | entre LB et 35S |
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 727 | entre 35S et NptII |
| MluIA^CGCGT | 1 734 | entre NptII et E9 |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 2 044 | entre E9 et 35S-Pro |
| SpeIA^CTAGT | 2 510 | entre 35S-Pro et NLS |
| BamHIG^GATCC | 2 517 | entre 35S-Pro et NLS |
| SacI (Ecl136II)GAGCT^C | 2 573 | dans Cas9WT |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 6 731 | entre Cas9WT et NOS-T |
| NsiI (Mph1103I)ATGCA^T | 6 854 | dans NOS-T |
| EcoRIG^AATTC | 6 991 | entre NOS-T et RNA' |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 7 449 | dans targetRNA |
| HindIIIA^AGCTT | 7 452 | dans targetRNA |
| SalIG^TCGAC | 7 552 | entre RNA' et RB |
| ApaI (PspOMI)GGGCC^C | 7 583 | entre RNA' et RB |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 7 589 | entre RNA' et RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 7 621 | entre RNA' et RB |
| FseIGGCCGG^CC | 10 819 | dans pVS1 |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 11 047 | dans pVS1 |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 11 163 | dans pVS1 |
| ClaI (BspDI)AT^CGAT | 11 243 | dans pVS1 |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 12 528 | dans Sm/Sp |
Double coupure : PstI (1 120, 2 044), NdeI (9 127, 9 707), BglII (2 824, 7 572), SfiI (2 075, 7 566), MfeI (14, 884), AgeI (11 657, 11 965), StuI (5 293, 7 560), SacII (3 068, 5 165), AatII (3 115, 8 012), BsaI (11 566, 11 986), BsmBI (7 436, 7 468).
Aucun site : AscI, PacI, SwaI, AvrII, HpaI, BsrGI, AarI.
Calculé à partir de la séquence GenBank pour 50 enzymes courantes ; les positions correspondent à la coupure sur le brin supérieur, sans méthylation Dam/Dcm. Comparez les vecteurs dans la recherche de sites de restriction.
- Promoteur 1
- 35s
- Gène 1
- nptII
- Promoteur 2
- 35s
- Gène 2
- Cas9
- Caractéristiques
- U6At
- Autres marqueurs
- Sm/Sp
- Taille
- 13 681 bp, circulaire
- Date de l’enregistrement
- 11-SEP-2017
Construction
- 35S–NptII · E9 · cassette de sélection, 309–2 034
- 35S-Pro–Cas9WT · NOS-T · cassette avec insert, 2 089–6 987
- MCS · 4 sites uniques · en 7 552, 7 621
- SfiI ×2 · encadre la cassette 35S-Pro–Cas9WT · en 2 075, 7 566
- BsmBI Golden Gate · extrémités cohésives TGAT, GTTT · en 7 436, 7 468
- Bordures de l’ADN-T · LB, RB
Ligation of Cas9WToi Bam, Nru* into B357p9ioR-35sCasWT*
Extrait du fichier GenBank ; comparez tous les vecteurs dans le tableau des cassettes d’expression multiples.
Éléments annotés
| Élément | Type | Début | Fin | Longueur | Brin |
|---|---|---|---|---|---|
| LB | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| 35S | Promoteur misc_feature | 309 | 724 | 416 | + |
| NptII | Site CDS | 741 | 777 | 37 | + |
| int | Site misc_feature | 778 | 966 | 189 | + |
| NptII | Marqueur de sélection CDS | 967 | 1 733 | 767 | + |
| 'E9 | Terminateur misc_feature | 1 744 | 2 034 | 291 | + |
| 35S-Pro | Promoteur misc_feature | 2 089 | 2 506 | 418 | + |
| TATA-box | Site CDS | 2 477 | 2 483 | 7 | + |
| NLS | Site misc_feature | 2 538 | 2 558 | 21 | + |
| 'Cas9WT | Séquence codante CDS | 2 538 | 6 728 | 4 191 | + |
| int' | Site misc_feature | 2 949 | 2 956 | 8 | + |
| NLS | Site misc_feature | 6 678 | 6 725 | 48 | + |
| NOS-T | Terminateur misc_feature | 6 734 | 6 987 | 254 | + |
| 'RNA' | Autre misc_feature | 6 992 | 7 552 | 561 | + |
| U6At | Séquence codante CDS | 6 997 | 7 441 | 445 | + |
| targetRNA | Site CDS | 7 442 | 7 468 | 27 | + |
| hairpin | Site CDS | 7 469 | 7 498 | 30 | + |
| gRNA | Site misc_feature | 7 469 | 7 551 | 83 | + |
| RB | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 7 637 | 7 660 | 24 | + |
| ColE1 | Origine / squelette misc_feature | 8 195 | 8 892 | 698 | + |
| 'pVS1 | Origine / squelette misc_feature | 9 180 | 11 967 | 2 788 | + |
| Sm/Sp | Marqueur de sélection CDS | 12 151 | 13 161 | 1 011 | + |
PromoteurSéquence codanteTerminateurMarqueur de sélectionOrigine / squeletteBordure de l’ADN-TSite
Les types d’éléments sont déduits des étiquettes du fichier GenBank ; c’est le fichier lui-même qui fait référence.
Comment citer
Citez le vecteur ainsi dans la partie Matériel et méthodes.
p9ioR-35sCasWToi (B764; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p9ioR-35sCasWToi; RRID:SCR_029231)Votre article utilise l’un de nos vecteurs ? Dites-le-nous.