p9-Ubi-RNAi2
Vecteur ARNi avec 35S–npt et Ubi-maize–gus-spacer, pour les monocotylédones.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
S’ouvre dans SnapGene Viewer (gratuit), Benchling, ApE et Geneious.
Sites de restriction
| Enzyme à coupure unique · site | Coupe en | Emplacement |
|---|---|---|
| XmnI (PdmI)GAANN^NNTTC | 292 | dans P35S |
| PvuIICAG^CTG | 682 | dans NptII |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1 463 | entre T35S et Ubi-int' |
| SwaI (SmiI)ATTT^AAAT | 1 504 | entre T35S et Ubi-int' |
| AarICACCTGC(4/8) | 2 977 | dans Intron |
| SalIG^TCGAC | 2 992 | entre Ubi-int' et T35s |
| SacI (Ecl136II)GAGCT^C | 3 003 | entre Ubi-int' et T35s |
| MluIA^CGCGT | 3 053 | entre T35s et Gus |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 3 060 | entre T35s et Gus |
| HindIIIA^AGCTT | 3 067 | entre T35s et Gus |
| AflII (BspTI)C^TTAAG | 3 623 | entre Gus et T35S |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 3 632 | entre Gus et T35S |
| BamHIG^GATCC | 3 637 | entre Gus et T35S |
| SpeIA^CTAGT | 3 699 | entre T35S et Ubi-int' |
| PacITTAAT^TAA | 5 196 | entre Ubi-int' et RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 5 262 | entre Ubi-int' et RB |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 5 653 | entre RB et ColE1 |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 9 867 | dans pVS1 |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 11 348 | dans Sm/Sp |
Double coupure : KpnI (1 513, 5 230), EcoRV (332, 5 774), SfiI (1 494, 5 207), FseI (7 534, 9 639), AgeI (10 477, 10 785), NsiI (2 760, 3 939), BsaI (10 386, 10 806), BsmBI (6 946, 7 999).
Aucun site : EcoRI, AscI, AvrII, BstBI, HpaI, StuI, SacII.
Calculé à partir de la séquence GenBank pour 50 enzymes courantes ; les positions correspondent à la coupure sur le brin supérieur, sans méthylation Dam/Dcm. Comparez les vecteurs dans la recherche de sites de restriction.
- Promoteur 1
- 35S
- Gène 1
- npt
- Promoteur 2
- Ubi-maize
- Gène 2
- gus-spacer
- Caractéristiques
- construction à double promoteur pour monocotylédones
- Autres marqueurs
- NptII, Sm/Sp
- Taille
- 12 803 bp, circulaire
- Date de l’enregistrement
- 13-FEB-2013
Construction
- P35S–NptII · T35S · cassette de sélection, 7–1 456
- Ubi-int–Gus · T35S · cassette avec insert, 1 516–3 691
- Ubi-int–Gus · T35s · cassette avec insert, 3 005–5 180 (brin −)
- MCS · 6 sites uniques · en 2 977, 3 067
- SfiI ×2 · encadre 2 cassettes · en 1 494, 5 207
- Bordures de l’ADN-T · LB, RB
Ligation of inverted A287pD1-Ubi-RNAi2* into pLH9000*
Extrait du fichier GenBank ; comparez tous les vecteurs dans le tableau des cassettes d’expression multiples.
Éléments annotés
| Élément | Type | Début | Fin | Longueur | Brin |
|---|---|---|---|---|---|
| P35S | Promoteur misc_feature | 7 | 422 | 416 | + |
| NptII | Marqueur de sélection CDS | 439 | 1 242 | 804 | + |
| T35S | Terminateur misc_feature | 1 255 | 1 456 | 202 | + |
| 'Ubi-int' | Promoteur misc_feature | 1 516 | 2 991 | 1 476 | + |
| Intron | Site misc_feature | 2 470 | 2 989 | 520 | + |
| T35s | Terminateur misc_feature | 3 005 | 3 053 | 49 | − |
| Gus | Séquence codante CDS | 3 073 | 3 622 | 550 | + |
| Gus | Séquence codante CDS | 3 073 | 3 622 | 550 | − |
| T35S | Terminateur misc_feature | 3 643 | 3 691 | 49 | + |
| 'Ubi-int' | Promoteur misc_feature | 3 705 | 5 180 | 1 476 | − |
| Intron | Site misc_feature | 3 707 | 4 226 | 520 | − |
| RB | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 5 278 | 5 301 | 24 | + |
| ColE1 | Origine / squelette misc_feature | 5 836 | 6 533 | 698 | + |
| pVS1 | Origine / squelette misc_feature | 7 082 | 10 787 | 3 706 | + |
| corrected sequence, not g | Site misc_signal | 7 465 | 7 465 | 1 | + |
| Sm/Sp | Marqueur de sélection misc_feature | 10 971 | 11 981 | 1 011 | + |
| LB | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 12 502 | 12 525 | 24 | + |
PromoteurSéquence codanteTerminateurMarqueur de sélectionOrigine / squeletteBordure de l’ADN-TSite
Les types d’éléments sont déduits des étiquettes du fichier GenBank ; c’est le fichier lui-même qui fait référence.
Comment citer
Citez le vecteur ainsi dans la partie Matériel et méthodes.
p9-Ubi-RNAi2 (DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/rnai/p9-Ubi-RNAi2)Votre article utilise l’un de nos vecteurs ? Dites-le-nous.