p6M2x35s-UbiZmCas9i F653
Vetor CRISPR/Cas com 2x35s–hptII e UbiZm–Cas9, para monocotiledôneas.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Abre no SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE e Geneious.
Sítios de restrição
| Corte único · sítio | Corta em | Localização |
|---|---|---|
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 2.508 | entre E9 e Ubi-int |
| NotIGC^GGCCGC | 2.517 | entre E9 e Ubi-int |
| SpeIA^CTAGT | 2.524 | entre E9 e Ubi-int |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 3.649 | em Intron |
| ClaI (BspDI)AT^CGAT | 3.762 | em Intron |
| SacI (Ecl136II)GAGCT^C | 4.104 | entre NLS e int |
| SapI (BspQI, LguI)GCTCTTC(1/4) | 5.351 | em Cas9WT |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 8.355 | entre Cas9WT e NOS-T |
| EcoRIG^AATTC | 8.615 | entre NOS-T e PU6C4 |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 9.081 | entre PU6C4 e targetRNA |
| HindIIIA^AGCTT | 9.084 | entre PU6C4 e targetRNA |
| SalIG^TCGAC | 9.184 | entre gRNA scaffold e Right Border Region |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 9.226 | entre gRNA scaffold e Right Border Region |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 9.258 | em Right Border Region |
Corte duplo: SphI (7.464, 9.383), XhoI (958, 3.229), NcoI (3.576, 5.620), SfiI (2.516, 9.198), EagI (2.517, 9.640), AatII (4.739, 9.649), BsmBI (9.068, 9.100).
Sem sítio: BamHI, MluI, AscI, PacI, FseI, SwaI, AvrII, BsiWI, AgeI, HpaI, BsrGI, BsaI, AarI.
Calculado a partir da sequência GenBank para 50 enzimas comuns; as posições são o corte na fita superior, sem metilação Dam/Dcm. Compare vetores no localizador de sítios de restrição.
- Promotor 1
- 2x35s
- Gene 1
- hptII
- Promotor 2
- UbiZm
- Gene 2
- Cas9
- Características
- monocotiledôneas
- Outros marcadores
- hptII'', strep/spec
- Tamanho
- 13.911 bp, circular
- Data do registro
- 12-JUL-2023
Construção
- P2x35s–hptII · E9 · cassete de seleção, 174–2.498
- Ubi-int–Cas9WT · NOS-T · cassete com inserto, 2.530–8.611
- PU6C4–gRNA · cassete de gRNA, 8.621–9.183
- SfiI ×2 · flanqueia 2 cassetes · em 2.516, 9.198
- BsmBI Golden Gate · overhangs AGCT, GTTT · em 9.068, 9.100
- Bordas do T-DNA · LB, RB
Ligation of B331p7i2xoR-UcasW-U6Os4* into C241p6M2x35s*
Extraído do arquivo GenBank; compare todos os vetores na tabela de múltiplos cassetes de expressão.
Elementos anotados
| Elemento | Tipo | Início | Fim | Comprimento | Fita |
|---|---|---|---|---|---|
| LB' | Borda do T-DNA misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| P2x35s' | Promotor misc_feature | 174 | 958 | 785 | + |
| Kozak | Sítio misc_feature | 971 | 975 | 5 | + |
| hptII | Marcador de seleção CDS | 976 | 1.545 | 570 | + |
| int | Sítio misc_feature | 1.546 | 1.734 | 189 | + |
| 'hptII'' | Marcador de seleção CDS | 1.735 | 2.190 | 456 | + |
| 'E9 | Terminador misc_feature | 2.208 | 2.498 | 291 | + |
| Ubi-int | Promotor misc_feature | 2.530 | 4.038 | 1.509 | + |
| Intron | Sítio misc_feature | 3.517 | 4.036 | 520 | + |
| NLS | Sítio misc_feature | 4.069 | 4.089 | 21 | + |
| int | Sítio misc_feature | 4.480 | 4.572 | 93 | + |
| Cas9WT | Sequência codificadora CDS | 4.678 | 8.352 | 3.675 | + |
| NLS | Sítio misc_feature | 8.302 | 8.349 | 48 | + |
| NOS-T | Terminador misc_feature | 8.358 | 8.611 | 254 | + |
| PU6C4 | Promotor misc_feature | 8.621 | 9.073 | 453 | + |
| targetRNA | Sítio CDS | 9.085 | 9.100 | 16 | + |
| hairpin | Sítio CDS | 9.101 | 9.130 | 30 | + |
| gRNA scaffold | Sítio misc_feature | 9.101 | 9.183 | 83 | + |
| Right Border Region | Outro misc_feature | 9.229 | 9.831 | 603 | + |
| RB | Borda do T-DNA misc_feature | 9.274 | 9.297 | 24 | + |
| 'ColE1'' | Origem / backbone misc_feature | 9.845 | 10.503 | 659 | + |
| ''pVS1 ORI''' | Origem / backbone misc_feature | 10.532 | 12.495 | 1.964 | + |
| ParB | Sequência codificadora CDS | 10.858 | 12.033 | 1.176 | + |
| strep/spec | Marcador de seleção CDS | 12.684 | 13.694 | 1.011 | + |
| Left Border Region | Borda do T-DNA misc_feature | 13.762 | 163 | 0 | + |
PromotorSequência codificadoraTerminadorMarcador de seleçãoOrigem / backboneBorda do T-DNASítio
Os tipos de elemento são deduzidos das anotações do arquivo GenBank; o próprio arquivo é a referência.
Como citar
Cite o vetor assim na seção de Métodos (Material e Métodos).
p6M2x35s-UbiZmCas9i (F653; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p6M2x35s-UbiZmCas9i)Seu artigo usa um dos nossos vetores? Conte para nós.