p7D35s-C9Nick F188
Vetor CRISPR/Cas com 35s–bar e Cas9 nick, para dicotiledôneas.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Abre no SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE e Geneious.
Sítios de restrição
| Corte único · sítio | Corta em | Localização |
|---|---|---|
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 587 | entre 35S e Bar'' |
| AarICACCTGC(4/8) | 1.128 | em 'Bar' |
| MluIA^CGCGT | 1.346 | entre 'Bar' e E9 |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1.656 | entre E9 e Pro-Ubq10At |
| NotIGC^GGCCGC | 1.665 | entre E9 e Pro-Ubq10At |
| SalIG^TCGAC | 2.510 | em Pro-Ubq10At |
| SpeIA^CTAGT | 3.148 | entre Pro-Ubq10At e Cas9WT |
| BamHIG^GATCC | 3.154 | entre Pro-Ubq10At e Cas9WT |
| NcoIC^CATGG | 4.633 | em Cas9WT |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 7.368 | entre Cas9WT e NOS-T |
| NsiI (Mph1103I)ATGCA^T | 7.491 | em NOS-T |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 7.778 | em U6Gm |
| BsmBI (Esp3I)CGTCTC(1/5) | 7.791 | em U6Gm |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 7.946 | em targetRNA |
| HindIIIA^AGCTT | 7.949 | em targetRNA |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 8.049 | entre gRNA e Right Border Region |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 8.086 | entre gRNA e Right Border Region |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 8.118 | em Right Border Region |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 11.921 | em strep/spec |
Corte duplo: EcoRI (2.332, 7.628), PstI (1.656, 7.672), SphI (6.477, 8.243), SacI (2.765, 3.210), SfiI (1.664, 8.063), MfeI (14, 945), EagI (1.665, 8.500), AatII (3.752, 8.509), BsaI (7.933, 7.965), SapI (2.770, 4.364).
Sem sítio: NdeI, ClaI, AscI, PacI, FseI, SwaI, AvrII, BsiWI, AgeI, HpaI.
Calculado a partir da sequência GenBank para 50 enzimas comuns; as posições são o corte na fita superior, sem metilação Dam/Dcm. Compare vetores no localizador de sítios de restrição.
- Promotor 1
- 35s
- Gene 1
- bar
- Gene 2
- Cas9 nick
- Características
- dicotiledôneas
- Outros marcadores
- Bar'', 'Bar', strep/spec
- Tamanho
- 12.771 bp, circular
- Data do registro
- 14-FEB-2024
Construção
- 35S–Bar · E9 · cassete de seleção, 169–1.646
- Pro-Ubq10At–Cas9WT · NOS-T · cassete com inserto, 1.672–7.624
- U6Gm–gRNA · cassete de gRNA, 7.634–8.048
- SfiI ×2 · flanqueia 2 cassetes · em 1.664, 8.063
- BsaI Golden Gate · overhangs GGAT, GTTT · em 7.933, 7.965
- Bordas do T-DNA · LB, RB
Ligation of 10A-F3* into D784p7D35s-C9wt-U6GmNhe*
Extraído do arquivo GenBank; compare todos os vetores na tabela de múltiplos cassetes de expressão.
Elementos anotados
| Elemento | Tipo | Início | Fim | Comprimento | Fita |
|---|---|---|---|---|---|
| LB' | Borda do T-DNA misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| 35S | Promotor misc_feature | 169 | 584 | 416 | + |
| Bar'' | Marcador de seleção CDS | 605 | 838 | 234 | + |
| STLS1 | Outro misc_feature | 839 | 1.027 | 189 | + |
| ''Bar' | Marcador de seleção CDS | 1.028 | 1.343 | 316 | + |
| 'E9 | Terminador misc_feature | 1.356 | 1.646 | 291 | + |
| Pro-Ubq10At | Promotor misc_feature | 1.672 | 3.147 | 1.476 | + |
| Ubi cds 5` | Sequência codificadora CDS | 2.776 | 2.839 | 64 | + |
| íntron | Outro misc_feature | 2.842 | 3.145 | 304 | + |
| 'Cas9WT | Sequência codificadora CDS | 3.199 | 7.365 | 4.167 | + |
| mut to D10A | Sítio misc_feature | 3.239 | 3.239 | 1 | + |
| NLS | Sítio misc_feature | 7.315 | 7.362 | 48 | + |
| NOS-T | Terminador misc_feature | 7.371 | 7.624 | 254 | + |
| U6Gm | Promotor misc_feature | 7.634 | 7.938 | 305 | + |
| targetRNA | Sítio CDS | 7.939 | 7.965 | 27 | + |
| hairpin | Sítio CDS | 7.966 | 7.995 | 30 | + |
| gRNA | Sítio misc_feature | 7.966 | 8.048 | 83 | + |
| Right Border Region | Outro misc_feature | 8.089 | 8.691 | 603 | + |
| RB | Borda do T-DNA misc_feature | 8.134 | 8.157 | 24 | + |
| 'ColE1'' | Origem / backbone misc_feature | 8.705 | 9.363 | 659 | + |
| ''pVS1 ORI''' | Origem / backbone misc_feature | 9.392 | 11.355 | 1.964 | + |
| ParB | Sequência codificadora CDS | 9.718 | 10.893 | 1.176 | + |
| strep/spec | Marcador de seleção CDS | 11.544 | 12.554 | 1.011 | + |
| Left Border Region | Borda do T-DNA misc_feature | 12.622 | 163 | 0 | + |
PromotorSequência codificadoraTerminadorMarcador de seleçãoOrigem / backboneBorda do T-DNASítio
Os tipos de elemento são deduzidos das anotações do arquivo GenBank; o próprio arquivo é a referência.
Como citar
Cite o vetor assim na seção de Métodos (Material e Métodos).
p7D35s-C9Nick (F188; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p7D35s-C9Nick)Seu artigo usa um dos nossos vetores? Conte para nós.