p7D35s-Cpf1-LIR E100
Vetor CRISPR/Cas com 35s–bar e LbCPf1, para dicotiledôneas.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Abre no SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE e Geneious.
Sítios de restrição
| Corte único · sítio | Corta em | Localização |
|---|---|---|
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 587 | entre 35S e Bar'' |
| MluIA^CGCGT | 1.346 | entre 'Bar' e E9 |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1.656 | entre E9 e SIR |
| AgeI (BshTI)A^CCGGT | 1.659 | entre E9 e SIR |
| NcoIC^CATGG | 1.680 | entre E9 e SIR |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 2.183 | em LIR |
| AscI (SgsI)GG^CGCGCC | 2.196 | entre LIR e Ubi3Q |
| HpaI (KspAI)GTT^AAC | 3.084 | em Ubi3Q |
| AvrII (XmaJI)C^CTAGG | 5.044 | entre repA e T35 |
| NotIGC^GGCCGC | 5.253 | entre T35 e Pro-Ubq10At |
| SalIG^TCGAC | 6.098 | em Pro-Ubq10At |
| SpeIA^CTAGT | 6.736 | entre Pro-Ubq10At e ORF-1 |
| BamHIG^GATCC | 6.742 | entre Pro-Ubq10At e ORF-1 |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 10.541 | entre ORF-1 e NOS-T |
| NsiI (Mph1103I)ATGCA^T | 10.664 | em NOS-T |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 10.951 | em U6Gm |
| BsmBI (Esp3I)CGTCTC(1/5) | 10.964 | em U6Gm |
| HindIIIA^AGCTT | 11.144 | entre DR LbCpf1 e stop |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 11.167 | entre stop e Right Border Region |
| SfiIGGCCNNNN^NGGCC | 11.181 | entre stop e Right Border Region |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 11.204 | entre stop e Right Border Region |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 11.236 | em Right Border Region |
| SphI (PaeI)GCATG^C | 11.361 | em Right Border Region |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 11.627 | em Right Border Region |
Corte duplo: EcoRI (5.920, 10.801), PstI (1.656, 10.845), SacI (6.353, 9.034), NdeI (1.740, 3.315), MfeI (14, 945), StuI (2.561, 11.175), EagI (5.253, 11.618), SacII (1.228, 1.245), BsaI (11.128, 11.160), AarI (1.128, 9.614).
Sem sítio: PacI, FseI, SwaI, PvuII.
Calculado a partir da sequência GenBank para 50 enzimas comuns; as posições são o corte na fita superior, sem metilação Dam/Dcm. Compare vetores no localizador de sítios de restrição.
- Promotor 1
- 35s
- Gene 1
- bar
- Gene 2
- LbCPf1
- Características
- dicotiledôneas
- Outros marcadores
- Bar'', 'Bar', strep/spec
- Tamanho
- 15.889 bp, circular
- Data do registro
- 30-JUL-2020
Construção
- 35S–Bar · E9 · cassete de seleção, 169–1.646
- Ubi3Q–cDNA · cassete com inserto, 2.203–3.556
- Pro-Ubq10At–ORF-1 · NOS-T · cassete com inserto, 5.260–10.797
- U6Gm (sem scaffold anotado) · cassete de gRNA, 10.807–11.112
- MCS · 5 sítios únicos · em 11.144, 11.236
- BsaI Golden Gate · overhangs TAGA, TTTT · em 11.128, 11.160
- Bordas do T-DNA · LB, RB
Ligation of E100-Pst-Not* into E086p7D35s-Cpf1-U6Gm*
Extraído do arquivo GenBank; compare todos os vetores na tabela de múltiplos cassetes de expressão.
Elementos anotados
| Elemento | Tipo | Início | Fim | Comprimento | Fita |
|---|---|---|---|---|---|
| LB' | Borda do T-DNA misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| 35S | Promotor misc_feature | 169 | 584 | 416 | + |
| Bar'' | Marcador de seleção CDS | 605 | 838 | 234 | + |
| STLS1 | Outro misc_feature | 839 | 1.027 | 189 | + |
| ''Bar' | Marcador de seleção CDS | 1.028 | 1.343 | 316 | + |
| 'E9 | Terminador misc_feature | 1.356 | 1.646 | 291 | + |
| SIR | Outro misc_feature | 1.686 | 1.842 | 157 | + |
| LIR | Outro misc_feature | 1.843 | 2.194 | 352 | + |
| M3 | Sítio misc_feature | 1.987 | 1.987 | 1 | + |
| M3 | Sítio misc_feature | 2.047 | 2.047 | 1 | + |
| M3 | Sítio misc_feature | 2.175 | 2.175 | 1 | + |
| Ubi3Q | Promotor misc_feature | 2.203 | 3.312 | 1.110 | + |
| cDNA | Sequência codificadora CDS | 3.313 | 3.556 | 244 | + |
| int | Sítio misc_feature | 3.557 | 3.931 | 375 | + |
| repA | Origem / backbone CDS | 3.953 | 4.543 | 591 | + |
| intron | Sítio misc_feature | 4.544 | 4.629 | 86 | + |
| repA | Origem / backbone CDS | 4.630 | 5.043 | 414 | + |
| T35 | Outro misc_feature | 5.050 | 5.251 | 202 | + |
| Pro-Ubq10At | Promotor misc_feature | 5.260 | 6.735 | 1.476 | + |
| Ubi cds 5` | Sequência codificadora CDS | 6.364 | 6.427 | 64 | + |
| íntron | Outro misc_feature | 6.430 | 6.733 | 304 | + |
| ORF-1 | Sequência codificadora CDS | 6.756 | 10.538 | 3.783 | + |
| NLS | Sítio misc_feature | 6.762 | 6.782 | 21 | + |
| NLS | Sítio misc_feature | 10.488 | 10.535 | 48 | + |
| NOS-T | Terminador misc_feature | 10.544 | 10.797 | 254 | + |
| U6Gm | Promotor misc_feature | 10.807 | 11.112 | 306 | + |
| DR LbCpf1 | Borda do T-DNA CDS | 11.113 | 11.133 | 21 | + |
| stop | Sítio CDS | 11.160 | 11.166 | 7 | + |
| Right Border Region | Outro misc_feature | 11.207 | 11.809 | 603 | + |
| RB | Borda do T-DNA misc_feature | 11.252 | 11.275 | 24 | + |
| 'ColE1'' | Origem / backbone misc_feature | 11.823 | 12.481 | 659 | + |
| ''pVS1 ORI''' | Origem / backbone misc_feature | 12.510 | 14.473 | 1.964 | + |
| ParB | Sequência codificadora CDS | 12.836 | 14.011 | 1.176 | + |
| strep/spec | Marcador de seleção CDS | 14.662 | 15.672 | 1.011 | + |
| Left Border Region | Borda do T-DNA misc_feature | 15.740 | 163 | 0 | + |
PromotorSequência codificadoraTerminadorMarcador de seleçãoOrigem / backboneBorda do T-DNASítio
Os tipos de elemento são deduzidos das anotações do arquivo GenBank; o próprio arquivo é a referência.
Como citar
Cite o vetor assim na seção de Métodos (Material e Métodos).
p7D35s-Cpf1-LIR (E100; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p7D35s-Cpf1-LIR)Seu artigo usa um dos nossos vetores? Conte para nós.