p7i2x-Ucas-U6Os2 B525
Vetor CRISPR/Cas com 2x35s–bar e UbiZm–Cas9 nick, para monocotiledôneas.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Abre no SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE e Geneious.
Sítios de restrição
| Corte único · sítio | Corta em | Localização |
|---|---|---|
| AarICACCTGC(4/8) | 1.642 | em 'bar |
| MluIA^CGCGT | 1.860 | entre 'bar e E9 |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 2.170 | entre E9 e Ubi-int |
| SpeIA^CTAGT | 2.209 | entre E9 e Ubi-int |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 8.040 | entre Cas9 e NOS-T |
| EcoRIG^AATTC | 8.300 | entre NOS-T e PU6C4 |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 8.766 | em targetRNA |
| HindIIIA^AGCTT | 8.769 | em targetRNA |
| SalIG^TCGAC | 8.869 | entre gRNA e RB |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 8.906 | entre gRNA e RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 8.938 | entre gRNA e RB |
| FseIGGCCGG^CC | 12.136 | em pVS1 |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 12.364 | em pVS1 |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 13.845 | em Sm/Sp |
Corte duplo: XhoI (1.105, 2.914), NheI (3.334, 12.480), ClaI (3.447, 12.560), SfiI (2.201, 8.883), AgeI (12.974, 13.282), StuI (6.602, 8.877), AatII (4.424, 9.329), BsaI (12.883, 13.303), BsmBI (8.753, 8.785).
Sem sítio: BamHI, SacI, AscI, PacI, SwaI, AvrII, HpaI, BsrGI.
Calculado a partir da sequência GenBank para 50 enzimas comuns; as posições são o corte na fita superior, sem metilação Dam/Dcm. Compare vetores no localizador de sítios de restrição.
- Promotor 1
- 2x35s
- Gene 1
- bar
- Promotor 2
- UbiZm
- Gene 2
- Cas9 nick
- Características
- monocotiledôneas
- Outros marcadores
- bar', 'bar, Sm/Sp
- Tamanho
- 14.998 bp, circular
- Data do registro
- 29-AUG-2016
Construção
- P2x35s–bar · E9 · cassete de seleção, 321–2.160
- Ubi-int–Cas9 · NOS-T · cassete com inserto, 2.215–8.296
- PU6C4–gRNA · cassete de gRNA, 8.306–8.868
- SfiI ×2 · flanqueia 2 cassetes · em 2.201, 8.883
- BsmBI Golden Gate · overhangs AGCT, GTTT · em 8.753, 8.785
- Bordas do T-DNA · LB, RB
Ligation of B524p6i2xoR-Ucas-U6Os2* into B349p7i-Ucas-U6Os*
Extraído do arquivo GenBank; compare todos os vetores na tabela de múltiplos cassetes de expressão.
Elementos anotados
| Elemento | Tipo | Início | Fim | Comprimento | Fita |
|---|---|---|---|---|---|
| LB | Borda do T-DNA misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| P2x35s' | Promotor misc_feature | 321 | 1.105 | 785 | + |
| bar' | Marcador de seleção misc_feature | 1.119 | 1.352 | 234 | + |
| STLS1 | Outro misc_feature | 1.353 | 1.541 | 189 | + |
| ''bar | Marcador de seleção misc_feature | 1.542 | 1.859 | 318 | + |
| 'E9 | Terminador misc_feature | 1.870 | 2.160 | 291 | + |
| Ubi-int | Promotor misc_feature | 2.215 | 3.723 | 1.509 | + |
| Intron | Sítio misc_feature | 3.202 | 3.721 | 520 | + |
| 'Cas9 | Sequência codificadora CDS | 3.742 | 8.037 | 4.296 | + |
| NLS | Sítio misc_feature | 3.748 | 3.768 | 21 | + |
| link | Sítio misc_feature | 3.769 | 3.792 | 24 | + |
| D10A | Sítio misc_feature | 3.818 | 3.818 | 1 | + |
| int | Sítio misc_feature | 4.165 | 4.257 | 93 | + |
| NLS | Sítio misc_feature | 7.987 | 8.034 | 48 | + |
| NOS-T | Terminador misc_feature | 8.043 | 8.296 | 254 | + |
| PU6C4 | Promotor misc_feature | 8.306 | 8.758 | 453 | + |
| 'targetRNA | Sítio CDS | 8.760 | 8.785 | 26 | + |
| hairpin | Sítio CDS | 8.786 | 8.815 | 30 | + |
| gRNA | Sítio misc_feature | 8.786 | 8.868 | 83 | + |
| RB | Borda do T-DNA misc_feature | 8.954 | 8.977 | 24 | + |
| ColE1 | Origem / backbone misc_feature | 9.512 | 10.209 | 698 | + |
| 'pVS1 | Origem / backbone misc_feature | 10.497 | 13.284 | 2.788 | + |
| Sm/Sp | Marcador de seleção CDS | 13.468 | 14.478 | 1.011 | + |
PromotorSequência codificadoraTerminadorMarcador de seleçãoOrigem / backboneBorda do T-DNASítio
Os tipos de elemento são deduzidos das anotações do arquivo GenBank; o próprio arquivo é a referência.
Como citar
Cite o vetor assim na seção de Métodos (Material e Métodos).
p7i2x-Ucas-U6Os2 (B525; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p7i2x-Ucas-U6Os2)Seu artigo usa um dos nossos vetores? Conte para nós.