p9oNoR-U10-Cpf1-U6At D915
Vetor CRISPR/Cas com Nos–nptII e Ubq10–LbCPf1, para dicotiledôneas.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Abre no SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE e Geneious.
Sítios de restrição
| Corte único · sítio | Corta em | Localização |
|---|---|---|
| SacII (Cfr42I)CCGC^GG | 421 | em PNOS |
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 607 | entre PNOS e NptIIo |
| MluIA^CGCGT | 1.618 | entre NptIIo e TE9 |
| PstICTGCA^G | 1.928 | entre TE9 e Pro-Ubq10At |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1.928 | entre TE9 e Pro-Ubq10At |
| NcoIC^CATGG | 1.954 | entre TE9 e Pro-Ubq10At |
| SpeIA^CTAGT | 3.443 | entre Pro-Ubq10At e ORF-1 |
| BamHIG^GATCC | 3.449 | entre Pro-Ubq10At e ORF-1 |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 7.248 | entre ORF-1 e NOS-T |
| NsiI (Mph1103I)ATGCA^T | 7.371 | em NOS-T |
| HindIIIA^AGCTT | 7.987 | entre DR e RB |
| StuI (Eco147I)AGG^CCT | 8.015 | entre DR e RB |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 8.044 | entre DR e RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 8.076 | entre DR e RB |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 8.467 | entre RB e ColE1 |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 11.502 | em pVS1 |
Corte duplo: EcoRI (2.627, 7.508), SalI (2.805, 8.007), SphI (1.934, 8.201), NdeI (9.582, 10.162), NheI (503, 11.618), BglII (3.372, 8.027), ApaI (708, 8.038), SfiI (1.959, 8.021), FseI (1.274, 11.274), MfeI (14, 1.028), AgeI (12.112, 12.420), BsmBI (7.975, 7.999).
Sem sítio: AscI, PacI, SwaI, AvrII, HpaI, BsrGI, PvuII.
Calculado a partir da sequência GenBank para 50 enzimas comuns; as posições são o corte na fita superior, sem metilação Dam/Dcm. Compare vetores no localizador de sítios de restrição.
- Promotor 1
- Nos
- Gene 1
- nptII
- Promotor 2
- Ubq10
- Gene 2
- LbCPf1
- Características
- Dicotiledôneas
- Outros marcadores
- NptIIo, Sm/Sp
- Tamanho
- 14.136 bp, circular
- Data do registro
- 26-AUG-2020
Construção
- PNOS–NptIIo · TE9 · cassete de seleção, 309–1.918
- Pro-Ubq10At–ORF-1 · NOS-T · cassete com inserto, 1.967–7.504
- U6At (sem scaffold anotado) · cassete de gRNA, 7.514–7.958
- MCS · 4 sítios únicos · em 7.987, 8.076
- SfiI ×2 · flanqueia 2 cassetes · em 1.959, 8.021
- BsmBI Golden Gate · overhangs TAGA, TTTT · em 7.975, 7.999
- Bordas do T-DNA · RB
Ligation of CpfU6-Bam-Kpn* into D922p9oNoR-U10*
Extraído do arquivo GenBank; compare todos os vetores na tabela de múltiplos cassetes de expressão.
Elementos anotados
| Elemento | Tipo | Início | Fim | Comprimento | Fita |
|---|---|---|---|---|---|
| BL | Sítio misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| PNOS | Promotor misc_feature | 309 | 606 | 298 | + |
| NptIIo | Marcador de seleção CDS | 625 | 923 | 299 | + |
| int | Sítio CDS | 924 | 1.110 | 187 | + |
| NptIIo | Marcador de seleção CDS | 1.111 | 1.614 | 504 | + |
| TE9 | Terminador misc_feature | 1.628 | 1.918 | 291 | + |
| Pro-Ubq10At | Promotor misc_feature | 1.967 | 3.442 | 1.476 | + |
| TATA | Sítio misc_feature | 3.038 | 3.041 | 4 | + |
| Ubi cds 5 | Promotor misc_feature | 3.071 | 3.134 | 64 | + |
| íntron | Outro misc_feature | 3.137 | 3.440 | 304 | + |
| ORF-1 | Sequência codificadora CDS | 3.463 | 7.245 | 3.783 | + |
| NLS | Sítio misc_feature | 3.469 | 3.489 | 21 | + |
| NLS | Sítio misc_feature | 7.195 | 7.242 | 48 | + |
| NOS-T | Terminador misc_feature | 7.251 | 7.504 | 254 | + |
| U6At | Promotor misc_feature | 7.514 | 7.958 | 445 | + |
| DR | Sítio CDS | 7.959 | 7.980 | 22 | + |
| RB | Borda do T-DNA misc_feature | 8.092 | 8.115 | 24 | + |
| ColE1 | Origem / backbone misc_feature | 8.650 | 9.347 | 698 | + |
| pVS1 | Origem / backbone misc_feature | 9.635 | 12.422 | 2.788 | + |
| Sm/Sp | Marcador de seleção CDS | 12.606 | 13.616 | 1.011 | + |
PromotorSequência codificadoraTerminadorMarcador de seleçãoOrigem / backboneBorda do T-DNASítio
Os tipos de elemento são deduzidos das anotações do arquivo GenBank; o próprio arquivo é a referência.
Como citar
Cite o vetor assim na seção de Métodos (Material e Métodos).
p9oNoR-U10-Cpf1-U6At (D915; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p9oNoR-U10-Cpf1-U6At)Seu artigo usa um dos nossos vetores? Conte para nós.