pAM-Cpf1-Gem E750
Vetor CRISPR/Cas com LbCPf1.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Abre no SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE e Geneious.
Sítios de restrição
| Corte único · sítio | Corta em | Localização |
|---|---|---|
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 808 | em LacZ |
| AgeI (BshTI)A^CCGGT | 1.200 | entre LIR e SIR |
| AscI (SgsI)GG^CGCGCC | 1.737 | entre LIR e Ubi3Q |
| HpaI (KspAI)GTT^AAC | 2.625 | em Ubi3Q |
| AvrII (XmaJI)C^CTAGG | 4.585 | entre repA e T35 |
| NotIGC^GGCCGC | 4.794 | entre T35 e Ubq10 |
| EagI (Eco52I)C^GGCCG | 4.794 | entre T35 e Ubq10 |
| SalIG^TCGAC | 5.639 | em Ubq10 |
| SpeIA^CTAGT | 6.277 | entre Ubq10 e ORF-1 |
| BamHIG^GATCC | 6.283 | entre Ubq10 e ORF-1 |
| AarICACCTGC(4/8) | 9.155 | em ORF-1 |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 10.082 | entre ORF-1 e NOS-T |
| NsiI (Mph1103I)ATGCA^T | 10.205 | em NOS-T |
| PstICTGCA^G | 10.386 | em U6Gm |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 10.492 | em U6Gm |
| BsmBI (Esp3I)CGTCTC(1/5) | 10.505 | em U6Gm |
| HindIIIA^AGCTT | 10.685 | entre DR e stop |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 10.708 | entre stop e LacZ' |
Corte duplo: EcoRI (5.461, 10.342), NcoI (824, 1.221), NdeI (1.281, 2.856), SfiI (829, 10.722), BsiWI (1.188, 1.724), StuI (2.102, 10.716), PvuII (683, 10.956), BstEII (7.472, 9.261).
Sem sítio: SphI, XhoI, MluI, PacI, SbfI, FseI, PmeI, SwaI, MfeI, SacII, AatII.
Calculado a partir da sequência GenBank para 50 enzimas comuns; as posições são o corte na fita superior, sem metilação Dam/Dcm. Compare vetores no localizador de sítios de restrição.
- Gene 2
- LbCPf1
- Tamanho
- 12.787 bp, circular
- Data do registro
- 18-AUG-2021
Construção
- Ubi3Q–cDNA · cassete com inserto, 1.744–3.097
- Ubq10–ORF-1 · NOS-T · cassete com inserto, 4.801–10.338
- U6Gm (sem scaffold anotado) · cassete de gRNA, 10.348–10.653
E750pAM-Cpf1-Gem rotated to position 1651 corrected sequence
Extraído do arquivo GenBank; compare todos os vetores na tabela de múltiplos cassetes de expressão.
Elementos anotados
| Elemento | Tipo | Início | Fim | Comprimento | Fita |
|---|---|---|---|---|---|
| 'LacZ | Sequência codificadora CDS | 604 | 826 | 223 | − |
| LIR | Outro misc_feature | 848 | 1.199 | 352 | + |
| SIR | Outro misc_feature | 1.227 | 1.383 | 157 | + |
| LIR | Outro misc_feature | 1.384 | 1.735 | 352 | + |
| Ubi3Q | Promotor misc_feature | 1.744 | 2.853 | 1.110 | + |
| cDNA | Sequência codificadora CDS | 2.854 | 3.097 | 244 | + |
| int | Sítio misc_feature | 3.098 | 3.472 | 375 | + |
| repA | Origem / backbone CDS | 3.494 | 4.084 | 591 | + |
| int | Sítio misc_feature | 4.085 | 4.170 | 86 | + |
| repA | Origem / backbone CDS | 4.171 | 4.584 | 414 | + |
| T35 | Outro misc_feature | 4.591 | 4.792 | 202 | + |
| Ubq10 | Outro misc_feature | 4.801 | 6.276 | 1.476 | + |
| Ubi cds 5` | Promotor misc_feature | 5.905 | 5.968 | 64 | + |
| íntron | Outro misc_feature | 5.971 | 6.274 | 304 | + |
| ORF-1 | Sequência codificadora CDS | 6.297 | 10.079 | 3.783 | + |
| NLS | Sítio CDS | 6.303 | 6.323 | 21 | + |
| NLS | Sequência codificadora CDS | 10.029 | 10.076 | 48 | + |
| NOS-T | Terminador misc_feature | 10.085 | 10.338 | 254 | + |
| U6Gm | Promotor misc_feature | 10.348 | 10.653 | 306 | + |
| DR | Sítio CDS | 10.654 | 10.674 | 21 | + |
| stop | Sítio CDS | 10.701 | 10.707 | 7 | + |
| LacZ' | Sequência codificadora CDS | 10.720 | 10.795 | 76 | − |
| ColE1 | Origem / backbone CDS | 11.193 | 11.909 | 717 | − |
| Amp | Sítio misc_feature | 11.952 | 25 | 0 | − |
PromotorSequência codificadoraTerminadorMarcador de seleçãoOrigem / backboneBorda do T-DNASítio
Os tipos de elemento são deduzidos das anotações do arquivo GenBank; o próprio arquivo é a referência.
Como citar
Cite o vetor assim na seção de Métodos (Material e Métodos).
pAM-Cpf1-Gem (E750; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/pAM-Cpf1-Gem)Seu artigo usa um dos nossos vetores? Conte para nós.