p7N-35S-Ubi10-RNAi
Vetor de RNAi com Nos–bar e 35S–gus-spacer, para dicotiledôneas.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Abre no SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE e Geneious.
Sítios de restrição
| Corte único · sítio | Corta em | Localização |
|---|---|---|
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 305 | entre Pnos e bar |
| AarICACCTGC(4/8) | 653 | em bar |
| PvuIICAG^CTG | 813 | em bar |
| PstICTGCA^G | 1.100 | entre T35S e P35S |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1.100 | entre T35S e P35S |
| SwaI (SmiI)ATTT^AAAT | 1.141 | entre T35S e P35S |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 1.733 | entre T35s e Gus |
| HindIIIA^AGCTT | 1.740 | entre T35s e Gus |
| AflII (BspTI)C^TTAAG | 2.296 | entre Gus e T35S |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 2.305 | entre Gus e T35S |
| BamHIG^GATCC | 2.310 | entre Gus e T35S |
| SpeIA^CTAGT | 2.372 | entre T35S e Ubq10At |
| EcoRIG^AATTC | 3.188 | em Ubq10At |
| PacITTAAT^TAA | 3.867 | entre Ubq10At e RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 3.933 | entre Ubq10At e RB |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 4.324 | entre RB e ColE1 |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 8.538 | em pVS1 ORI |
| ClaI (BspDI)AT^CGAT | 8.734 | em pVS1 ORI |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 10.019 | em Sm/Sp |
Corte duplo: SacI (1.676, 2.763), NcoI (317, 1.126), NdeI (5.439, 7.198), NheI (201, 8.654), MluI (875, 1.726), SfiI (1.131, 3.878), FseI (6.205, 8.310), AgeI (9.148, 9.456), SacII (119, 753), BsaI (9.057, 9.477).
Sem sítio: AscI, AvrII, BstBI, HpaI, StuI, NsiI.
Calculado a partir da sequência GenBank para 50 enzimas comuns; as posições são o corte na fita superior, sem metilação Dam/Dcm. Compare vetores no localizador de sítios de restrição.
- Promotor 1
- Nos
- Gene 1
- bar
- Promotor 2
- 35S
- Gene 2
- gus-spacer
- Características
- construção com promotor duplo para dicotiledôneas (Arabidopsis + tabaco)
- Outros marcadores
- Sm/Sp
- Tamanho
- 11.474 bp, circular
- Data do registro
- 12-JUL-2013
Construção
- Pnos–bar · T35S · cassete de seleção, 7–1.093
- P35S–(vazio)–T35S · cassete de expressão vazio, 1.152–2.364
- SfiI ×2 · flanqueia o cassete P35S–(empty)–T35S · em 1.131, 3.878
- Bordas do T-DNA · LB, RB
Ligation of inverted 670pD1-35s-Ubi10-RNAi* into p7N*
Extraído do arquivo GenBank; compare todos os vetores na tabela de múltiplos cassetes de expressão.
Elementos anotados
| Elemento | Tipo | Início | Fim | Comprimento | Fita |
|---|---|---|---|---|---|
| Pnos | Promotor misc_feature | 7 | 304 | 298 | + |
| bar | Marcador de seleção misc_feature | 319 | 870 | 552 | + |
| T35S | Terminador misc_feature | 893 | 1.093 | 201 | + |
| P35S | Promotor misc_feature | 1.152 | 1.664 | 513 | + |
| T35s | Terminador misc_feature | 1.678 | 1.726 | 49 | − |
| sem nome | Sequência codificadora CDS | 1.746 | 2.295 | 550 | + |
| Gus | Sequência codificadora CDS | 1.746 | 2.295 | 550 | − |
| T35S | Terminador misc_feature | 2.316 | 2.364 | 49 | + |
| Ubq10At | Outro misc_feature | 2.378 | 3.853 | 1.476 | − |
| íntron | Outro misc_feature | 2.380 | 2.683 | 304 | − |
| RB | Borda do T-DNA misc_feature | 3.949 | 3.972 | 24 | + |
| ColE1 | Origem / backbone misc_feature | 4.507 | 5.204 | 698 | + |
| pVS1 ORI | Origem / backbone misc_feature | 5.753 | 9.458 | 3.706 | + |
| Sm/Sp | Marcador de seleção CDS | 9.642 | 10.652 | 1.011 | + |
| LB | Borda do T-DNA misc_feature | 11.173 | 11.196 | 24 | + |
PromotorSequência codificadoraTerminadorMarcador de seleçãoOrigem / backboneBorda do T-DNASítio
Os tipos de elemento são deduzidos das anotações do arquivo GenBank; o próprio arquivo é a referência.
Como citar
Cite o vetor assim na seção de Métodos (Material e Métodos).
p7N-35S-Ubi10-RNAi (DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/rnai/p7N-35S-Ubi10-RNAi)Seu artigo usa um dos nossos vetores? Conte para nós.