pLNU-SG
Vetor de RNAi com Ubi-maize–Spacer-Gus.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Abre no SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE e Geneious.
Sítios de restrição
| Corte único · sítio | Corta em | Localização |
|---|---|---|
| PacITTAAT^TAA | 10 | entre Amp e loxP |
| NotIGC^GGCCGC | 49 | entre loxP e Ubi-int |
| EagI (Eco52I)C^GGCCG | 49 | entre loxP e Ubi-int |
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 761 | em Ubi-int |
| BglIIA^GATCT | 1.008 | em Ubi-int |
| NcoIC^CATGG | 1.108 | em Intron |
| ApaI (PspOMI)GGGCC^C | 1.121 | em Intron |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 1.181 | em Intron |
| ClaI (BspDI)AT^CGAT | 1.294 | em Intron |
| SpeIA^CTAGT | 1.571 | entre Ubi-int e SG-Gli |
| BamHIG^GATCC | 1.578 | entre Ubi-int e SG-Gli |
| EcoRV (Eco32I)GAT^ATC | 2.130 | em SG-Gli |
| MluIA^CGCGT | 2.168 | em SG-Gli |
| AarICACCTGC(4/8) | 2.175 | em SG-Gli |
| EcoRIG^AATTC | 2.353 | entre SG-Gli e NOS |
| HindIIIA^AGCTT | 2.360 | entre SG-Gli e NOS |
| AscI (SgsI)GG^CGCGCC | 2.367 | entre SG-Gli e NOS |
| SacI (Ecl136II)GAGCT^C | 2.378 | entre SG-Gli e NOS |
| SalIG^TCGAC | 2.381 | entre SG-Gli e NOS |
| AflII (BspTI)C^TTAAG | 2.416 | em NOS |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 2.644 | entre NOS e LoxP |
| SwaI (SmiI)ATTT^AAAT | 2.682 | entre LoxP e ColE1 |
| StuI (Eco147I)AGG^CCT | 2.698 | entre LoxP e ColE1 |
| BbsI (BpiI)GAAGAC(2/6) | 3.442 | entre ColE1 e Amp |
| BsaI (Eco31I)GGTCTC(1/5) | 3.580 | em Amp |
| XmnI (PdmI)GAANN^NNTTC | 4.118 | em Amp |
Corte duplo: XbaI (94, 1.089), PstI (66, 1.567), SfiI (2.695, 4.495), MfeI (295, 1.703), NsiI (1.339, 2.507).
Sem sítio: SphI, SmaI, SbfI, FseI, PmeI, AvrII, BsiWI, AgeI, BstBI, HpaI, BsrGI, SacII, PvuII, AatII, BstEII, BsmBI, SapI.
Calculado a partir da sequência GenBank para 50 enzimas comuns; as posições são o corte na fita superior, sem metilação Dam/Dcm. Compare vetores no localizador de sítios de restrição.
- Promotor 2
- Ubi-maize
- Gene 2
- Spacer-Gus
- Características
- construção hairpin com espaçador, sítios Lox no cassete
- Outros marcadores
- Amp
- Tamanho
- 4.495 bp, circular
- Data do registro
- 13-JUL-2010
Construção
- MCS · 6 sítios únicos · em 2.353, 2.416
- SfiI ×2 · flanqueia o MCS · em 2.695, 4.495
- AscI/PacI · um sítio de cada · em 10, 2.367
Ligation of Spacer-Gus into Lox-Ubi-Nos
Extraído do arquivo GenBank; compare todos os vetores na tabela de múltiplos cassetes de expressão.
Elementos anotados
| Elemento | Tipo | Início | Fim | Comprimento | Fita |
|---|---|---|---|---|---|
| loxP | Sítio misc_feature | 13 | 46 | 34 | + |
| Ubi-int | Promotor misc_feature | 62 | 1.570 | 1.509 | + |
| Intron | Sítio misc_feature | 1.049 | 1.568 | 520 | + |
| SG-Gli | Outro misc_feature | 1.581 | 2.353 | 773 | + |
| NOS | Outro misc_feature | 2.387 | 2.640 | 254 | + |
| LoxP | Sítio misc_feature | 2.647 | 2.680 | 34 | + |
| ColE1 | Origem / backbone misc_feature | 2.730 | 3.396 | 667 | − |
| Amp | Marcador de seleção CDS | 3.446 | 4.306 | 861 | − |
PromotorSequência codificadoraTerminadorMarcador de seleçãoOrigem / backboneBorda do T-DNASítio
Os tipos de elemento são deduzidos das anotações do arquivo GenBank; o próprio arquivo é a referência.
Como citar
Cite o vetor assim na seção de Métodos (Material e Métodos).
pLNU-SG (DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/rnai/pLNU-SG)Seu artigo usa um dos nossos vetores? Conte para nós.