p6o2x35s-UbiZm-LGFP C192
Binärer Vektor mit 2x35s–hptII und UbiZm–link-EGFP, für Monokotyle.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 2.648 | zwischen E9 und Ubi |
| NsiI (Mph1103I)ATGCA^T | 3.970 | in Intron |
| SpeIA^CTAGT | 4.202 | zwischen Ubi und link |
| BamHIG^GATCC | 4.209 | zwischen Ubi und link |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 4.217 | zwischen Ubi und link |
| EcoRIG^AATTC | 4.227 | zwischen Ubi und link |
| HindIIIA^AGCTT | 4.233 | zwischen Ubi und link |
| MluIA^CGCGT | 4.239 | zwischen Ubi und link |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 4.245 | zwischen Ubi und link |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 4.642 | in GFPm |
| SalIG^TCGAC | 5.212 | zwischen GFPm und OCS |
| AflII (BspTI)C^TTAAG | 5.422 | zwischen OCS und RB |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 5.449 | zwischen OCS und RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 5.481 | zwischen OCS und RB |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 5.872 | zwischen RB und ColE1 |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 10.086 | in pVS1 |
Schneiden zweimal: SphI (2.654, 5.606), XhoI (1.098, 3.392), NcoI (2.674, 3.739), NheI (3.812, 10.202), BglII (3.639, 5.432), EcoRV (966, 5.993), ApaI (3.752, 5.443), SfiI (2.679, 5.426), FseI (7.753, 9.858), AgeI (10.696, 11.004), StuI (2.012, 5.420), SacII (1.486, 2.316), BstEII (1.406, 11.567), SapI (6.925, 10.822).
Keine Schnittstelle: SacI, AscI, PacI, SwaI, AvrII, HpaI, PvuII, AarI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- 2x35s
- Gen 1
- hptII
- Promotor 2
- UbiZm
- Gen 2
- link-EGFP
- Merkmale
- Monokotyle
- Weitere Marker
- Sm/Sp
- Größe
- 12.720 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 29-SEP-2017
Konstrukt
- P2x35s–hptII · E9 · Selektionskassette, 314–2.638
- Ubi–GFPm · OCS · Kassette mit Insert, 2.693–5.412
- MCS · 7 Single-Cutter-Schnittstellen · Pos. 4.202, 4.245
- SfiI ×2 · flankiert die Kassette Ubi–GFPm · Pos. 2.679, 5.426
- T-DNA-Grenzen (Borders) · LB, RB
Ligation of B633pUbiZm-LGFP* into B483p6o2x35s-LH*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| LB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| P2x35s | Promotor misc_feature | 314 | 1.098 | 785 | + |
| hptII | Selektionsmarker CDS | 1.116 | 1.685 | 570 | + |
| int | Schnittstelle misc_feature | 1.686 | 1.874 | 189 | + |
| hptII | Selektionsmarker CDS | 1.875 | 2.330 | 456 | + |
| E9 | Terminator misc_feature | 2.348 | 2.638 | 291 | + |
| Ubi | Promotor misc_feature | 2.693 | 4.201 | 1.509 | + |
| Intron | Schnittstelle misc_feature | 3.680 | 4.199 | 520 | + |
| link | Schnittstelle misc_feature | 4.251 | 4.301 | 51 | + |
| GFPm | Kodierende Sequenz CDS | 4.302 | 4.680 | 379 | + |
| Int | Schnittstelle CDS | 4.681 | 4.869 | 189 | + |
| GFPm | Kodierende Sequenz CDS | 4.870 | 5.207 | 338 | + |
| OCS | Terminator misc_feature | 5.217 | 5.412 | 196 | + |
| RB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 5.497 | 5.520 | 24 | + |
| ColE1 | Origin / Backbone misc_feature | 6.055 | 6.752 | 698 | + |
| pVS1 | Origin / Backbone misc_feature | 7.301 | 11.006 | 3.706 | + |
| Sm/Sp | Selektionsmarker CDS | 11.190 | 12.200 | 1.011 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
p6o2x35s-UbiZm-LGFP (C192; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/binaries/p6o2x35s-UbiZm-LGFP; RRID:SCR_029231)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.