p7D35s-nSpRY-hCBE F851
CRISPR/Cas-Vektor für Basen-Editierung (CBE) mit 35s–bar und CBE, für Dikotyle.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 587 | zwischen 35S und Bar'' |
| AarICACCTGC(4/8) | 1.128 | in 'Bar' |
| MluIA^CGCGT | 1.346 | zwischen 'Bar' und E9 |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1.656 | zwischen E9 und Ubq10 |
| NotIGC^GGCCGC | 1.688 | zwischen E9 und Ubq10 |
| SpeIA^CTAGT | 3.171 | zwischen Ubq10 und ORF-1 |
| AvrII (XmaJI)C^CTAGG | 6.266 | in SpRY |
| BamHIG^GATCC | 8.607 | in SpRY |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 9.224 | zwischen ORF-1 und NOS-T |
| NsiI (Mph1103I)ATGCA^T | 9.347 | in NOS-T |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 9.634 | in U6Gm |
| BsmBI (Esp3I)CGTCTC(1/5) | 9.647 | in U6Gm |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 9.802 | in targetRNA |
| HindIIIA^AGCTT | 9.805 | in targetRNA |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 9.905 | zwischen gRNA und Right Border Region |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 9.942 | zwischen gRNA und Right Border Region |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 9.974 | in Right Border Region |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 13.777 | in strep/spec |
Schneiden zweimal: EcoRI (2.355, 9.484), SalI (2.533, 9.053), SfiI (1.687, 9.919), MfeI (14, 945), StuI (7.216, 9.913), AatII (5.038, 10.365), BsaI (9.789, 9.821), SapI (2.793, 5.650).
Keine Schnittstelle: NdeI, ClaI, AscI, PacI, FseI, SwaI, BsiWI, AgeI, HpaI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- 35s
- Gen 1
- bar
- Gen 2
- CBE
- Merkmale
- Dikotyle
- Weitere Marker
- Bar'', 'Bar', strep/spec
- Größe
- 14.627 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 01-FEB-2024
Konstrukt
- 35S–Bar · E9 · Selektionskassette, 169–1.646
- Ubq10–ORF-1–Gam–SpRY–gensyn2–UGI · NOS-T · Kassette mit Insert, 1.695–9.480
- U6Gm–gRNA · gRNA-Kassette, 9.490–9.904
- SfiI ×2 · flankiert 2 Kassetten · Pos. 1.687, 9.919
- BsaI Golden Gate · Überhänge GGAT, GTTT · Pos. 9.789, 9.821
- T-DNA-Grenzen (Borders) · LB, RB
Ligation of InSpRY* into F837p7D35s-nCas-hCBE*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| LB' | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| 35S | Promotor misc_feature | 169 | 584 | 416 | + |
| Bar'' | Selektionsmarker CDS | 605 | 838 | 234 | + |
| STLS1 | Sonstiges misc_feature | 839 | 1.027 | 189 | + |
| ''Bar' | Selektionsmarker CDS | 1.028 | 1.343 | 316 | + |
| 'E9 | Terminator misc_feature | 1.356 | 1.646 | 291 | + |
| Ubq10 | Sonstiges misc_feature | 1.695 | 3.170 | 1.476 | + |
| Ubi cds 5` | Kodierende Sequenz CDS | 2.799 | 2.862 | 64 | + |
| íntron | Sonstiges misc_feature | 2.865 | 3.168 | 304 | + |
| ORF-1 | Kodierende Sequenz CDS | 3.192 | 9.221 | 6.030 | + |
| NLS | Schnittstelle misc_feature | 3.198 | 3.218 | 21 | + |
| Linker | Schnittstelle CDS | 3.219 | 3.236 | 18 | + |
| Gam | Kodierende Sequenz CDS | 3.237 | 3.758 | 522 | + |
| Linker | Kodierende Sequenz CDS | 3.759 | 3.806 | 48 | + |
| ORF-1 | Kodierende Sequenz CDS | 3.807 | 4.403 | 597 | + |
| Linker | Schnittstelle misc_feature | 4.404 | 4.499 | 96 | + |
| SpRY | Selektionsmarker CDS | 4.500 | 8.630 | 4.131 | + |
| a240d | Schnittstelle CDS | 4.524 | 4.526 | 3 | + |
| a291r | Schnittstelle CDS | 4.677 | 4.679 | 3 | + |
| gensyn2' | Kodierende Sequenz CDS | 7.794 | 7.843 | 50 | + |
| l1341r | Schnittstelle CDS | 7.827 | 7.829 | 3 | + |
| 'gensyn2 | Kodierende Sequenz CDS | 7.844 | 8.600 | 757 | + |
| d1365l | Schnittstelle misc_feature | 7.899 | 7.901 | 3 | + |
| s1366w | Schnittstelle misc_feature | 7.902 | 7.904 | 3 | + |
| g1448k | Schnittstelle misc_feature | 8.148 | 8.150 | 3 | + |
| e1449q | Schnittstelle misc_feature | 8.151 | 8.153 | 3 | + |
| n1547r | Schnittstelle misc_feature | 8.445 | 8.447 | 3 | + |
| a1552r | Schnittstelle misc_feature | 8.460 | 8.462 | 3 | + |
| r1563p | Schnittstelle misc_feature | 8.493 | 8.495 | 3 | + |
| r1565q | Schnittstelle misc_feature | 8.499 | 8.501 | 3 | + |
| t1567r | Schnittstelle misc_feature | 8.505 | 8.507 | 3 | + |
| 'nCas9'' | Schnittstelle CDS | 8.608 | 8.630 | 23 | + |
| UGI | Kodierende Sequenz CDS | 8.631 | 8.879 | 249 | + |
| Linker | Schnittstelle CDS | 8.880 | 8.909 | 30 | + |
| UGI | Kodierende Sequenz CDS | 8.910 | 9.158 | 249 | + |
| Linker | Schnittstelle CDS | 9.159 | 9.170 | 12 | + |
| NLS | Kodierende Sequenz CDS | 9.171 | 9.218 | 48 | + |
| NOS-T | Terminator misc_feature | 9.227 | 9.480 | 254 | + |
| U6Gm | Promotor misc_feature | 9.490 | 9.794 | 305 | + |
| targetRNA | Schnittstelle CDS | 9.795 | 9.821 | 27 | + |
| hairpin | Schnittstelle CDS | 9.822 | 9.851 | 30 | + |
| gRNA | Schnittstelle misc_feature | 9.822 | 9.904 | 83 | + |
| Right Border Region | Sonstiges misc_feature | 9.945 | 10.547 | 603 | + |
| RB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 9.990 | 10.013 | 24 | + |
| 'ColE1'' | Origin / Backbone misc_feature | 10.561 | 11.219 | 659 | + |
| ''pVS1 ORI''' | Origin / Backbone misc_feature | 11.248 | 13.211 | 1.964 | + |
| ParB | Kodierende Sequenz CDS | 11.574 | 12.749 | 1.176 | + |
| strep/spec | Selektionsmarker CDS | 13.400 | 14.410 | 1.011 | + |
| Left Border Region | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 14.478 | 163 | 0 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
p7D35s-nSpRY-hCBE (F851; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p7D35s-nSpRY-hCBE)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.