CRISPR/Cas · Editores de bases
p7D35s-nSpRY-hCBE F851
Vetor CRISPR/Cas de edição de bases (CBE) com 35s–bar e CBE, para dicotiledôneas.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Abre no SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE e Geneious.
Sítios de restrição
| Corte único · sítio | Corta em | Localização |
|---|---|---|
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 587 | entre 35S e Bar'' |
| AarICACCTGC(4/8) | 1.128 | em 'Bar' |
| MluIA^CGCGT | 1.346 | entre 'Bar' e E9 |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1.656 | entre E9 e Ubq10 |
| NotIGC^GGCCGC | 1.688 | entre E9 e Ubq10 |
| SpeIA^CTAGT | 3.171 | entre Ubq10 e ORF-1 |
| AvrII (XmaJI)C^CTAGG | 6.266 | em SpRY |
| BamHIG^GATCC | 8.607 | em SpRY |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 9.224 | entre ORF-1 e NOS-T |
| NsiI (Mph1103I)ATGCA^T | 9.347 | em NOS-T |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 9.634 | em U6Gm |
| BsmBI (Esp3I)CGTCTC(1/5) | 9.647 | em U6Gm |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 9.802 | em targetRNA |
| HindIIIA^AGCTT | 9.805 | em targetRNA |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 9.905 | entre gRNA e Right Border Region |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 9.942 | entre gRNA e Right Border Region |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 9.974 | em Right Border Region |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 13.777 | em strep/spec |
Corte duplo: EcoRI (2.355, 9.484), SalI (2.533, 9.053), SfiI (1.687, 9.919), MfeI (14, 945), StuI (7.216, 9.913), AatII (5.038, 10.365), BsaI (9.789, 9.821), SapI (2.793, 5.650).
Sem sítio: NdeI, ClaI, AscI, PacI, FseI, SwaI, BsiWI, AgeI, HpaI.
Calculado a partir da sequência GenBank para 50 enzimas comuns; as posições são o corte na fita superior, sem metilação Dam/Dcm. Compare vetores no localizador de sítios de restrição.
- Promotor 1
- 35s
- Gene 1
- bar
- Gene 2
- CBE
- Características
- dicotiledôneas
- Outros marcadores
- Bar'', 'Bar', strep/spec
- Tamanho
- 14.627 bp, circular
- Data do registro
- 01-FEB-2024
Construção
- 35S–Bar · E9 · cassete de seleção, 169–1.646
- Ubq10–ORF-1–Gam–SpRY–gensyn2–UGI · NOS-T · cassete com inserto, 1.695–9.480
- U6Gm–gRNA · cassete de gRNA, 9.490–9.904
- SfiI ×2 · flanqueia 2 cassetes · em 1.687, 9.919
- BsaI Golden Gate · overhangs GGAT, GTTT · em 9.789, 9.821
- Bordas do T-DNA · LB, RB
Ligation of InSpRY* into F837p7D35s-nCas-hCBE*
Extraído do arquivo GenBank; compare todos os vetores na tabela de múltiplos cassetes de expressão.
Elementos anotados
| Elemento | Tipo | Início | Fim | Comprimento | Fita |
|---|---|---|---|---|---|
| LB' | Borda do T-DNA misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| 35S | Promotor misc_feature | 169 | 584 | 416 | + |
| Bar'' | Marcador de seleção CDS | 605 | 838 | 234 | + |
| STLS1 | Outro misc_feature | 839 | 1.027 | 189 | + |
| ''Bar' | Marcador de seleção CDS | 1.028 | 1.343 | 316 | + |
| 'E9 | Terminador misc_feature | 1.356 | 1.646 | 291 | + |
| Ubq10 | Outro misc_feature | 1.695 | 3.170 | 1.476 | + |
| Ubi cds 5` | Sequência codificadora CDS | 2.799 | 2.862 | 64 | + |
| íntron | Outro misc_feature | 2.865 | 3.168 | 304 | + |
| ORF-1 | Sequência codificadora CDS | 3.192 | 9.221 | 6.030 | + |
| NLS | Sítio misc_feature | 3.198 | 3.218 | 21 | + |
| Linker | Sítio CDS | 3.219 | 3.236 | 18 | + |
| Gam | Sequência codificadora CDS | 3.237 | 3.758 | 522 | + |
| Linker | Sequência codificadora CDS | 3.759 | 3.806 | 48 | + |
| ORF-1 | Sequência codificadora CDS | 3.807 | 4.403 | 597 | + |
| Linker | Sítio misc_feature | 4.404 | 4.499 | 96 | + |
| SpRY | Marcador de seleção CDS | 4.500 | 8.630 | 4.131 | + |
| a240d | Sítio CDS | 4.524 | 4.526 | 3 | + |
| a291r | Sítio CDS | 4.677 | 4.679 | 3 | + |
| gensyn2' | Sequência codificadora CDS | 7.794 | 7.843 | 50 | + |
| l1341r | Sítio CDS | 7.827 | 7.829 | 3 | + |
| 'gensyn2 | Sequência codificadora CDS | 7.844 | 8.600 | 757 | + |
| d1365l | Sítio misc_feature | 7.899 | 7.901 | 3 | + |
| s1366w | Sítio misc_feature | 7.902 | 7.904 | 3 | + |
| g1448k | Sítio misc_feature | 8.148 | 8.150 | 3 | + |
| e1449q | Sítio misc_feature | 8.151 | 8.153 | 3 | + |
| n1547r | Sítio misc_feature | 8.445 | 8.447 | 3 | + |
| a1552r | Sítio misc_feature | 8.460 | 8.462 | 3 | + |
| r1563p | Sítio misc_feature | 8.493 | 8.495 | 3 | + |
| r1565q | Sítio misc_feature | 8.499 | 8.501 | 3 | + |
| t1567r | Sítio misc_feature | 8.505 | 8.507 | 3 | + |
| 'nCas9'' | Sítio CDS | 8.608 | 8.630 | 23 | + |
| UGI | Sequência codificadora CDS | 8.631 | 8.879 | 249 | + |
| Linker | Sítio CDS | 8.880 | 8.909 | 30 | + |
| UGI | Sequência codificadora CDS | 8.910 | 9.158 | 249 | + |
| Linker | Sítio CDS | 9.159 | 9.170 | 12 | + |
| NLS | Sequência codificadora CDS | 9.171 | 9.218 | 48 | + |
| NOS-T | Terminador misc_feature | 9.227 | 9.480 | 254 | + |
| U6Gm | Promotor misc_feature | 9.490 | 9.794 | 305 | + |
| targetRNA | Sítio CDS | 9.795 | 9.821 | 27 | + |
| hairpin | Sítio CDS | 9.822 | 9.851 | 30 | + |
| gRNA | Sítio misc_feature | 9.822 | 9.904 | 83 | + |
| Right Border Region | Outro misc_feature | 9.945 | 10.547 | 603 | + |
| RB | Borda do T-DNA misc_feature | 9.990 | 10.013 | 24 | + |
| 'ColE1'' | Origem / backbone misc_feature | 10.561 | 11.219 | 659 | + |
| ''pVS1 ORI''' | Origem / backbone misc_feature | 11.248 | 13.211 | 1.964 | + |
| ParB | Sequência codificadora CDS | 11.574 | 12.749 | 1.176 | + |
| strep/spec | Marcador de seleção CDS | 13.400 | 14.410 | 1.011 | + |
| Left Border Region | Borda do T-DNA misc_feature | 14.478 | 163 | 0 | + |
PromotorSequência codificadoraTerminadorMarcador de seleçãoOrigem / backboneBorda do T-DNASítio
Os tipos de elemento são deduzidos das anotações do arquivo GenBank; o próprio arquivo é a referência.
Como citar
Cite o vetor assim na seção de Métodos (Material e Métodos).
p7D35s-nSpRY-hCBE (F851; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p7D35s-nSpRY-hCBE)Seu artigo usa um dos nossos vetores? Conte para nós.