p9D35s-C9wt-U6Ats H048
CRISPR/Cas-Vektor mit 35s–nptII und Cas9, für Dikotyle.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 587 | zwischen 35S und NptIIo |
| FseIGGCCGG^CC | 1.254 | in NptIIo |
| MluIA^CGCGT | 1.598 | zwischen NptIIo und E9 |
| PstICTGCA^G | 1.908 | zwischen E9 und Pro-Ubq10At |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1.908 | zwischen E9 und Pro-Ubq10At |
| NotIGC^GGCCGC | 1.917 | zwischen E9 und Pro-Ubq10At |
| SpeIA^CTAGT | 3.400 | zwischen Pro-Ubq10At und Cas9WT |
| BamHIG^GATCC | 3.406 | zwischen Pro-Ubq10At und Cas9WT |
| NcoIC^CATGG | 4.885 | in Cas9WT |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 7.620 | zwischen Cas9WT und NOS-T |
| NsiI (Mph1103I)ATGCA^T | 7.743 | in NOS-T |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 8.193 | in targetRNA |
| HindIIIA^AGCTT | 8.196 | in targetRNA |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 8.333 | zwischen gRNA und Right Border Region |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 8.365 | in Right Border Region |
Schneiden zweimal: EcoRI (2.584, 7.880), SalI (2.762, 8.296), SphI (6.729, 8.490), ApaI (688, 8.327), SfiI (1.916, 8.310), MfeI (14, 1.008), EagI (1.917, 8.747), SacII (3.957, 6.054), AatII (4.004, 8.756), BstEII (1.357, 12.168), BsmBI (8.180, 8.212), SapI (3.022, 4.616), AarI (1.078, 1.199).
Keine Schnittstelle: NdeI, NheI, ClaI, AscI, PacI, SwaI, AvrII, BsiWI, AgeI, HpaI, BsrGI, BsaI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- 35s
- Gen 1
- nptII
- Gen 2
- Cas9
- Merkmale
- Dikotyle, U6At
- Weitere Marker
- NptIIo, strep/spec
- Größe
- 13.018 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 21-JAN-2026
Konstrukt
- 35S–NptIIo · E9 · Selektionskassette, 169–1.898
- Pro-Ubq10At–Cas9WT · NOS-T · Kassette mit Insert, 1.924–7.876
- SfiI ×2 · flankiert die Kassette Pro-Ubq10At–Cas9WT · Pos. 1.916, 8.310
- BsmBI Golden Gate · Überhänge TGAT, GTTT · Pos. 8.180, 8.212
- T-DNA-Grenzen (Borders) · LB, RB
Ligation of G873pHC-U6Ats-XmaKpn* into E733p9D35s-C9wt-U6GmNhe*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| LB' | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| 35S | Promotor misc_feature | 169 | 584 | 416 | + |
| NptIIo | Selektionsmarker CDS | 605 | 901 | 297 | + |
| 'intron | Kodierende Sequenz CDS | 902 | 1.090 | 189 | + |
| NptIIo | Selektionsmarker CDS | 1.091 | 1.594 | 504 | + |
| 'E9 | Terminator misc_feature | 1.608 | 1.898 | 291 | + |
| Pro-Ubq10At | Promotor misc_feature | 1.924 | 3.399 | 1.476 | + |
| Ubi cds 5` | Kodierende Sequenz CDS | 3.028 | 3.091 | 64 | + |
| íntron | Sonstiges misc_feature | 3.094 | 3.397 | 304 | + |
| 'Cas9WT | Kodierende Sequenz CDS | 3.421 | 7.617 | 4.197 | + |
| NLS | Schnittstelle misc_feature | 3.427 | 3.447 | 21 | + |
| NLS | Schnittstelle misc_feature | 7.567 | 7.614 | 48 | + |
| NOS-T | Terminator misc_feature | 7.623 | 7.876 | 254 | + |
| 'U6Ats | Kodierende Sequenz CDS | 7.886 | 8.185 | 300 | + |
| targetRNA | Schnittstelle CDS | 8.186 | 8.212 | 27 | + |
| hairpin | Schnittstelle CDS | 8.213 | 8.242 | 30 | + |
| gRNA | Schnittstelle misc_feature | 8.213 | 8.295 | 83 | + |
| Right Border Region | Sonstiges misc_feature | 8.336 | 8.938 | 603 | + |
| RB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 8.381 | 8.404 | 24 | + |
| 'ColE1'' | Origin / Backbone misc_feature | 8.952 | 9.610 | 659 | + |
| ''pVS1 ORI''' | Origin / Backbone misc_feature | 9.639 | 11.602 | 1.964 | + |
| ParB | Kodierende Sequenz CDS | 9.965 | 11.140 | 1.176 | + |
| strep/spec | Selektionsmarker CDS | 11.791 | 12.801 | 1.011 | + |
| Left Border Region | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 12.869 | 163 | 0 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
p9D35s-C9wt-U6Ats (H048; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p9D35s-C9wt-U6Ats)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.