p9M2x35s-ZmUbi-Cpf1TS G799
CRISPR/Cas-Vektor mit 2x35s–nptII und UbiZm–LbCPf1, für Monokotyle.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 2.286 | zwischen 'E9 und Ubi-int'' |
| NotIGC^GGCCGC | 2.295 | zwischen 'E9 und Ubi-int'' |
| NcoIC^CATGG | 3.348 | in Intron' |
| BamHIG^GATCC | 3.810 | zwischen Ubi-int'' und Kozak |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 7.610 | zwischen ORF-1 und NOS-T |
| EcoRIG^AATTC | 7.870 | zwischen NOS-T und PU6C4 |
| HindIIIA^AGCTT | 8.361 | zwischen DR und stop |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 8.426 | zwischen LacZ' und Right Border Region |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 8.458 | in Right Border Region |
| SphI (PaeI)GCATG^C | 8.583 | in Right Border Region |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 8.849 | in Right Border Region |
Schneiden zweimal: SacI (1.486, 6.103), XhoI (958, 3.001), NheI (3.421, 8.384), BglII (3.248, 8.404), SfiI (2.294, 8.398), StuI (2.288, 8.392), NsiI (3.579, 7.733), EagI (2.295, 8.840), BsaI (8.345, 8.377).
Keine Schnittstelle: SalI, SpeI, MluI, AscI, PacI, FseI, SwaI, AvrII, BsiWI, AgeI, HpaI, BsrGI, SacII, PvuII, BsmBI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- 2x35s
- Gen 1
- nptII
- Promotor 2
- UbiZm
- Gen 2
- LbCPf1
- Merkmale
- Monokotyle
- Weitere Marker
- NptIIo, NptIIo', strep/spec
- Größe
- 13.111 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 24-JUN-2025
Konstrukt
- P2x35s–NptIIo · E9 · Selektionskassette, 174–2.276
- PU6C4 (kein Scaffold annotiert) · gRNA-Kassette, 7.876–8.328
- SfiI ×2 · flankiert die Kassette PU6C4 (no scaffold annotated) · Pos. 2.294, 8.398
- T-DNA-Grenzen (Borders) · LB, RB
Ligation of G798pD35s-ZmUbi-Cpf1TS* into F652p9M2x35s_cut*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| LB' | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| P2x35s' | Promotor misc_feature | 174 | 958 | 785 | + |
| NptIIo | Selektionsmarker CDS | 976 | 1.274 | 299 | + |
| intron | Schnittstelle CDS | 1.275 | 1.461 | 187 | + |
| NptIIo' | Selektionsmarker CDS | 1.462 | 1.965 | 504 | + |
| Change to T | Schnittstelle misc_feature | 1.623 | 1.623 | 1 | + |
| ''E9 | Terminator misc_feature | 1.987 | 2.276 | 290 | + |
| Ubi-int'' | Kodierende Sequenz CDS | 2.302 | 3.809 | 1.508 | + |
| Intron' | Schnittstelle misc_feature | 3.289 | 3.808 | 520 | + |
| Kozak | Schnittstelle misc_feature | 3.820 | 3.824 | 5 | + |
| ORF-1 | Kodierende Sequenz CDS | 3.825 | 7.607 | 3.783 | + |
| NLS | Schnittstelle misc_feature | 3.831 | 3.851 | 21 | + |
| D172R | Schnittstelle misc_feature | 4.338 | 4.340 | 3 | + |
| NLS | Kodierende Sequenz CDS | 7.557 | 7.604 | 48 | + |
| NOS-T | Terminator misc_feature | 7.613 | 7.866 | 254 | + |
| PU6C4 | Promotor misc_feature | 7.876 | 8.328 | 453 | + |
| DR | Schnittstelle CDS | 8.329 | 8.350 | 22 | + |
| stop | Schnittstelle CDS | 8.377 | 8.383 | 7 | + |
| LacZ' | Schnittstelle CDS | 8.396 | 8.398 | 3 | − |
| Right Border Region | Sonstiges misc_feature | 8.429 | 9.031 | 603 | + |
| RB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 8.474 | 8.497 | 24 | + |
| 'ColE1'' | Origin / Backbone misc_feature | 9.045 | 9.703 | 659 | + |
| ''pVS1 ORI''' | Origin / Backbone misc_feature | 9.732 | 11.695 | 1.964 | + |
| ParB | Kodierende Sequenz CDS | 10.058 | 11.233 | 1.176 | + |
| strep/spec | Selektionsmarker CDS | 11.884 | 12.894 | 1.011 | + |
| Left Border Region | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 12.962 | 163 | 0 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
p9M2x35s-ZmUbi-Cpf1TS (G799; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p9M2x35s-ZmUbi-Cpf1TS)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.