p9ioR-35sCasD10A B358
CRISPR/Cas-Vektor mit 35s–nptII und 35s–Cas9 nick.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| XbaIT^CTAGA | 303 | zwischen LB und 35S |
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 727 | zwischen 35S und NptII |
| MluIA^CGCGT | 1.734 | zwischen NptII und E9 |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 2.044 | zwischen E9 und 35S |
| SpeIA^CTAGT | 2.510 | zwischen 35S und CasD10A |
| BamHIG^GATCC | 2.517 | zwischen 35S und CasD10A |
| SacI (Ecl136II)GAGCT^C | 2.579 | in CasD10A |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 6.830 | zwischen Cas9 und NOS-T |
| EcoRIG^AATTC | 7.090 | zwischen NOS-T und U6At |
| BstBI (Bsp119I)TT^CGAA | 7.548 | in targetRNA |
| HindIIIA^AGCTT | 7.551 | in targetRNA |
| SalIG^TCGAC | 7.651 | zwischen gRNA und RB |
| ApaI (PspOMI)GGGCC^C | 7.682 | zwischen gRNA und RB |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 7.688 | zwischen gRNA und RB |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 7.720 | zwischen gRNA und RB |
| FseIGGCCGG^CC | 10.918 | in pVS1 |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 11.146 | in pVS1 |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 11.262 | in pVS1 |
| ClaI (BspDI)AT^CGAT | 11.342 | in pVS1 |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 12.627 | in Sm/Sp |
Schneiden zweimal: PstI (1.120, 2.044), NdeI (9.226, 9.806), BglII (2.830, 7.671), SfiI (2.075, 7.665), MfeI (14, 884), AgeI (11.756, 12.064), StuI (5.392, 7.659), NsiI (3.003, 6.953), SacII (3.167, 5.264), AatII (3.214, 8.111), BsaI (11.665, 12.085), BsmBI (7.535, 7.567).
Keine Schnittstelle: AscI, PacI, SwaI, AvrII, HpaI, BsrGI, AarI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 1
- 35s
- Gen 1
- nptII
- Promotor 2
- 35s
- Gen 2
- Cas9 nick
- Merkmale
- U6At
- Weitere Marker
- Sm/Sp
- Größe
- 13.780 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 06-MAY-2015
Konstrukt
- 35S–NptII · E9 · Selektionskassette, 309–2.034
- 35S–CasD10A–Cas9 · NOS-T · Kassette mit Insert, 2.089–7.086
- U6At–gRNA · gRNA-Kassette, 7.096–7.650
- MCS · 4 Single-Cutter-Schnittstellen · Pos. 7.651, 7.720
- SfiI ×2 · flankiert 2 Kassetten · Pos. 2.075, 7.665
- BsmBI Golden Gate · Überhänge TGAT, GTTT · Pos. 7.535, 7.567
- T-DNA-Grenzen (Borders) · LB, RB
Ligation of 35s-Sbf-Bam* into A872p9ioR-Cas9-U6At*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| LB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| 35S | Promotor misc_feature | 309 | 724 | 416 | + |
| NptII | Schnittstelle CDS | 741 | 777 | 37 | + |
| int | Schnittstelle misc_feature | 778 | 966 | 189 | + |
| NptII | Selektionsmarker CDS | 967 | 1.733 | 767 | + |
| 'E9 | Terminator misc_feature | 1.744 | 2.034 | 291 | + |
| 35S | Promotor misc_feature | 2.089 | 2.506 | 418 | + |
| TATA-box | Schnittstelle CDS | 2.477 | 2.483 | 7 | + |
| CasD10A | Kodierende Sequenz CDS | 2.532 | 2.954 | 423 | + |
| NLS | Schnittstelle misc_feature | 2.544 | 2.564 | 21 | + |
| D10A | Schnittstelle misc_feature | 2.608 | 2.608 | 1 | + |
| int | Schnittstelle CDS | 2.955 | 3.047 | 93 | + |
| 'Cas9 | Kodierende Sequenz CDS | 3.048 | 6.827 | 3.780 | + |
| NLS | Schnittstelle misc_feature | 6.777 | 6.824 | 48 | + |
| NOS-T | Terminator misc_feature | 6.833 | 7.086 | 254 | + |
| U6At | Promotor misc_feature | 7.096 | 7.540 | 445 | + |
| targetRNA | Schnittstelle CDS | 7.541 | 7.567 | 27 | + |
| hairpin | Schnittstelle CDS | 7.568 | 7.597 | 30 | + |
| gRNA | Schnittstelle misc_feature | 7.568 | 7.650 | 83 | + |
| RB | T-DNA-Grenze (Border) misc_feature | 7.736 | 7.759 | 24 | + |
| ColE1 | Origin / Backbone misc_feature | 8.294 | 8.991 | 698 | + |
| 'pVS1 | Origin / Backbone misc_feature | 9.279 | 12.066 | 2.788 | + |
| Sm/Sp | Selektionsmarker CDS | 12.250 | 13.260 | 1.011 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
p9ioR-35sCasD10A (B358; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p9ioR-35sCasD10A)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.