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DNA Cloning Service
ES

CRISPR/Cas

p9ioR-35sCasD10A B358

Vector CRISPR/Cas con 35s–nptII y 35s–Cas9 nick.

24681012'Cas9'pVS1Sm/SpNptIIColE1U6AtCasD10A35S35S'E9NOS-TintintgRNANLSLBRBXbaI (303)XhoI (727)MluI (1734)SbfI (2044)SpeI, BamHI, SacISmaI (6830)EcoRI (7090)BstBI, HindIII, SalI, ApaIKpnI, PmeIFseI (10918)BsiWI, NheI, ClaIBstEII (12627)B358p9ioR-35sCas13.780 bp

GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq

Se abre en SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE y Geneious.

Sitios de restricción

Corte único · sitioCorta enUbicación
XbaIT^CTAGA303entre LB y 35S
XhoI (PaeR7I)C^TCGAG727entre 35S y NptII
MluIA^CGCGT1734entre NptII y E9
SbfI (SdaI)CCTGCA^GG2044entre E9 y 35S
SpeIA^CTAGT2510entre 35S y CasD10A
BamHIG^GATCC2517entre 35S y CasD10A
SacI (Ecl136II)GAGCT^C2579en CasD10A
SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG6830entre Cas9 y NOS-T
EcoRIG^AATTC7090entre NOS-T y U6At
BstBI (Bsp119I)TT^CGAA7548en targetRNA
HindIIIA^AGCTT7551en targetRNA
SalIG^TCGAC7651entre gRNA y RB
ApaI (PspOMI)GGGCC^C7682entre gRNA y RB
KpnI (Acc65I)GGTAC^C7688entre gRNA y RB
PmeI (MssI)GTTT^AAAC7720entre gRNA y RB
FseIGGCCGG^CC10.918en pVS1
BsiWI (Pfl23II)C^GTACG11.146en pVS1
NheI (BmtI)G^CTAGC11.262en pVS1
ClaI (BspDI)AT^CGAT11.342en pVS1
BstEII (Eco91I)G^GTNACC12.627en Sm/Sp

Corte doble: PstI (1120, 2044), NdeI (9226, 9806), BglII (2830, 7671), SfiI (2075, 7665), MfeI (14, 884), AgeI (11.756, 12.064), StuI (5392, 7659), NsiI (3003, 6953), SacII (3167, 5264), AatII (3214, 8111), BsaI (11.665, 12.085), BsmBI (7535, 7567).

Sin sitio: AscI, PacI, SwaI, AvrII, HpaI, BsrGI, AarI.

Calculado a partir de la secuencia GenBank para 50 enzimas comunes; las posiciones son el corte en la hebra superior, sin metilación Dam/Dcm. Compare vectores en el buscador de sitios de restricción.

Promotor 1
35s
Gen 1
nptII
Promotor 2
35s
Gen 2
Cas9 nick
Características
U6At
Otros marcadores
Sm/Sp
Tamaño
13.780 bp, circular
Fecha del registro
06-MAY-2015

Construcción

  • 35S–NptII · E9 · casete de selección, 309–2034
  • 35S–CasD10A–Cas9 · NOS-T · casete con inserto, 2089–7086
  • U6At–gRNA · casete de gRNA, 7096–7650
  • MCS · 4 sitios únicos · en 7651, 7720
  • SfiI ×2 · flanquea 2 casetes · en 2075, 7665
  • BsmBI Golden Gate · overhangs TGAT, GTTT · en 7535, 7567
  • Bordes del T-DNA · LB, RB

Ligation of 35s-Sbf-Bam* into A872p9ioR-Cas9-U6At*

Extraído del archivo GenBank; compare todos los vectores en la tabla de múltiples casetes de expresión.

400 €

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Elementos anotados

ElementoTipoInicioFinLongitudHebra
LBBorde del T-DNA misc_feature12424+
35SPromotor misc_feature309724416+
NptIISitio CDS74177737+
intSitio misc_feature778966189+
NptIIMarcador de selección CDS9671733767+
'E9Terminador misc_feature17442034291+
35SPromotor misc_feature20892506418+
TATA-boxSitio CDS247724837+
CasD10ASecuencia codificante CDS25322954423+
NLSSitio misc_feature2544256421+
D10ASitio misc_feature260826081+
intSitio CDS2955304793+
'Cas9Secuencia codificante CDS304868273780+
NLSSitio misc_feature6777682448+
NOS-TTerminador misc_feature68337086254+
U6AtPromotor misc_feature70967540445+
targetRNASitio CDS7541756727+
hairpinSitio CDS7568759730+
gRNASitio misc_feature7568765083+
RBBorde del T-DNA misc_feature7736775924+
ColE1Origen / backbone misc_feature82948991698+
'pVS1Origen / backbone misc_feature927912.0662788+
Sm/SpMarcador de selección CDS12.25013.2601011+

PromotorSecuencia codificanteTerminadorMarcador de selecciónOrigen / backboneBorde del T-DNASitio

Los tipos de elemento se deducen de las anotaciones del archivo GenBank; la referencia es el propio archivo.

Cómo citar

Cite el vector así en la sección de Materiales y métodos.

p9ioR-35sCasD10A (B358; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p9ioR-35sCasD10A)

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