pHC-nCas9-UGI F190
CRISPR/Cas-Vektor mit Cas9 nick.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| SpeIA^CTAGT | 69 | zwischen O1 und Cas9WT |
| SacI (Ecl136II)GAGCT^C | 131 | in Cas9WT |
| BglIIA^GATCT | 382 | in Cas9WT |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 673 | in Cas9WT |
| SapI (BspQI, LguI)GCTCTTC(1/4) | 1.285 | in Cas9WT |
| NcoIC^CATGG | 1.554 | in Cas9WT |
| StuI (Eco147I)AGG^CCT | 2.851 | in Cas9WT |
| SphI (PaeI)GCATG^C | 3.398 | zwischen den beiden Cas9WT |
| SalIG^TCGAC | 4.688 | in UGI |
| ApaI (PspOMI)GGGCC^C | 4.748 | in UGI |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 4.859 | zwischen NLS und O2 |
| XmnI (PdmI)GAANN^NNTTC | 5.139 | in ORF-1 |
| PvuICGAT^CG | 5.370 | in ORF-1 |
Schneiden zweimal: BamHI (75, 4.242), EcoRV (1.973, 4.931), SacII (626, 2.723).
Keine Schnittstelle: EcoRI, HindIII, XbaI, PstI, KpnI, NotI, XhoI, NdeI, NheI, ClaI, MluI, AscI, PacI, SfiI, SbfI, FseI, PmeI, SwaI, AvrII, BsiWI, MfeI, AgeI, BstBI, HpaI, NsiI, BsrGI, EagI, BstEII, BsaI, BbsI, BsmBI, AarI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Gen 2
- Cas9 nick
- Größe
- 6.479 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 01-SEP-2022
Ligation of C9UGI-Sph-Xma* into F189pHC-nCas9*
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| O1 | Schnittstelle CDS | 30 | 50 | 21 | + |
| 'Cas9WT | Kodierende Sequenz CDS | 120 | 3.398 | 3.279 | + |
| D10A | Schnittstelle misc_feature | 160 | 160 | 1 | + |
| 'Cas9WT | Kodierende Sequenz CDS | 3.399 | 4.235 | 837 | + |
| UGI | Kodierende Sequenz CDS | 4.266 | 4.514 | 249 | + |
| Linker | Schnittstelle misc_feature | 4.515 | 4.544 | 30 | + |
| UGI | Kodierende Sequenz CDS | 4.545 | 4.793 | 249 | + |
| Linker | Schnittstelle misc_feature | 4.794 | 4.805 | 12 | + |
| NLS | Kodierende Sequenz CDS | 4.806 | 4.853 | 48 | + |
| O2 | Schnittstelle CDS | 4.877 | 4.897 | 21 | + |
| ORF-1 | Kodierende Sequenz CDS | 4.952 | 5.812 | 861 | + |
| ColE1 | Origin / Backbone misc_feature | 5.815 | 6.479 | 665 | + |
| LC | Schnittstelle misc_feature | 6.037 | 6.037 | 1 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
pHC-nCas9-UGI (F190; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/pHC-nCas9-UGI; RRID:SCR_029231)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.