pHC-nCas9-UGI F190
Vector CRISPR/Cas con Cas9 nick.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Se abre en SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE y Geneious.
Sitios de restricción
| Corte único · sitio | Corta en | Ubicación |
|---|---|---|
| SpeIA^CTAGT | 69 | entre O1 y Cas9WT |
| SacI (Ecl136II)GAGCT^C | 131 | en Cas9WT |
| BglIIA^GATCT | 382 | en Cas9WT |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 673 | en Cas9WT |
| SapI (BspQI, LguI)GCTCTTC(1/4) | 1285 | en Cas9WT |
| NcoIC^CATGG | 1554 | en Cas9WT |
| StuI (Eco147I)AGG^CCT | 2851 | en Cas9WT |
| SphI (PaeI)GCATG^C | 3398 | entre los dos Cas9WT |
| SalIG^TCGAC | 4688 | en UGI |
| ApaI (PspOMI)GGGCC^C | 4748 | en UGI |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 4859 | entre NLS y O2 |
| XmnI (PdmI)GAANN^NNTTC | 5139 | en ORF-1 |
| PvuICGAT^CG | 5370 | en ORF-1 |
Corte doble: BamHI (75, 4242), EcoRV (1973, 4931), SacII (626, 2723).
Sin sitio: EcoRI, HindIII, XbaI, PstI, KpnI, NotI, XhoI, NdeI, NheI, ClaI, MluI, AscI, PacI, SfiI, SbfI, FseI, PmeI, SwaI, AvrII, BsiWI, MfeI, AgeI, BstBI, HpaI, NsiI, BsrGI, EagI, BstEII, BsaI, BbsI, BsmBI, AarI.
Calculado a partir de la secuencia GenBank para 50 enzimas comunes; las posiciones son el corte en la hebra superior, sin metilación Dam/Dcm. Compare vectores en el buscador de sitios de restricción.
- Gen 2
- Cas9 nick
- Tamaño
- 6479 bp, circular
- Fecha del registro
- 01-SEP-2022
Ligation of C9UGI-Sph-Xma* into F189pHC-nCas9*
Elementos anotados
| Elemento | Tipo | Inicio | Fin | Longitud | Hebra |
|---|---|---|---|---|---|
| O1 | Sitio CDS | 30 | 50 | 21 | + |
| 'Cas9WT | Secuencia codificante CDS | 120 | 3398 | 3279 | + |
| D10A | Sitio misc_feature | 160 | 160 | 1 | + |
| 'Cas9WT | Secuencia codificante CDS | 3399 | 4235 | 837 | + |
| UGI | Secuencia codificante CDS | 4266 | 4514 | 249 | + |
| Linker | Sitio misc_feature | 4515 | 4544 | 30 | + |
| UGI | Secuencia codificante CDS | 4545 | 4793 | 249 | + |
| Linker | Sitio misc_feature | 4794 | 4805 | 12 | + |
| NLS | Secuencia codificante CDS | 4806 | 4853 | 48 | + |
| O2 | Sitio CDS | 4877 | 4897 | 21 | + |
| ORF-1 | Secuencia codificante CDS | 4952 | 5812 | 861 | + |
| ColE1 | Origen / backbone misc_feature | 5815 | 6479 | 665 | + |
| LC | Sitio misc_feature | 6037 | 6037 | 1 | + |
PromotorSecuencia codificanteTerminadorMarcador de selecciónOrigen / backboneBorde del T-DNASitio
Los tipos de elemento se deducen de las anotaciones del archivo GenBank; la referencia es el propio archivo.
Cómo citar
Cite el vector así en la sección de Materiales y métodos.
pHC-nCas9-UGI (F190; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/pHC-nCas9-UGI)¿Su artículo utiliza uno de nuestros vectores? Avísenos.