pUbiAT-OCS
pUC-Klonierungsvektor.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.
Restriktionsschnittstellen
| Single Cutter · Schnittstelle | Schneidet bei | Lage |
|---|---|---|
| NcoIC^CATGG | 15 | zwischen ColE1 und UbiAT-Pro |
| NotIGC^GGCCGC | 21 | zwischen ColE1 und UbiAT-Pro |
| EagI (Eco52I)C^GGCCG | 21 | zwischen ColE1 und UbiAT-Pro |
| BbsI (BpiI)GAAGAC(2/6) | 1.308 | in intron |
| SpeIA^CTAGT | 1.504 | zwischen UbiAT-Pro und OCS |
| BamHIG^GATCC | 1.510 | zwischen UbiAT-Pro und OCS |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 1.518 | zwischen UbiAT-Pro und OCS |
| PstICTGCA^G | 1.526 | zwischen UbiAT-Pro und OCS |
| HindIIIA^AGCTT | 1.534 | zwischen UbiAT-Pro und OCS |
| MluIA^CGCGT | 1.540 | zwischen UbiAT-Pro und OCS |
| BsmBI (Esp3I)CGTCTC(1/5) | 1.566 | in OCS |
| StuI (Eco147I)AGG^CCT | 1.754 | zwischen OCS und Amp |
| AflII (BspTI)C^TTAAG | 1.756 | zwischen OCS und Amp |
| ApaI (PspOMI)GGGCC^C | 1.777 | zwischen OCS und Amp |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 1.783 | zwischen OCS und Amp |
| BsaI (Eco31I)GGTCTC(1/5) | 3.283 | in Amp |
Schneiden zweimal: EcoRI (688, 1.528), SalI (866, 1.546), SacI (5, 1.121), BglII (1.433, 1.766), EcoRV (1.331, 1.364), SfiI (20, 1.760), PvuII (1.904, 4.417), XmnI (289, 2.749), SapI (1.126, 4.354).
Keine Schnittstelle: SphI, XhoI, NdeI, NheI, ClaI, AscI, PacI, SbfI, FseI, PmeI, SwaI, AvrII, BsiWI, MfeI, AgeI, BstBI, HpaI, NsiI, BsrGI, SacII, AatII, BstEII, AarI.
Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.
- Promotor 2
- Ubq10
- Merkmale
- Ubiq10At-Promotor aus Arabidopsis
- Weitere Marker
- Amp
- Größe
- 4.634 bp, zirkulär
- Datum des Eintrags
- 20-JUN-2013
Konstrukt
- UbiAT-Pro–(leer)–OCS · leere Expressionskassette, 26–1.746
- MCS · 7 Single-Cutter-Schnittstellen · Pos. 1.504, 1.566
- SfiI ×2 · flankiert die Kassette UbiAT-Pro–(empty)–OCS · Pos. 20, 1.760
Ligation of pUbiAT-Gus-Or* into pOCS-BM*
Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.
Annotierte Elemente
| Element | Typ | Start | Ende | Länge | Strang |
|---|---|---|---|---|---|
| UbiAT-Pro | Promotor misc_feature | 26 | 1.503 | 1.478 | + |
| TATA | Schnittstelle misc_signal | 1.099 | 1.102 | 4 | + |
| Ubi cds 5` | Kodierende Sequenz CDS | 1.132 | 1.195 | 64 | + |
| intron | Schnittstelle misc_feature | 1.198 | 1.501 | 304 | + |
| TATA | Schnittstelle misc_signal | 1.263 | 1.266 | 4 | + |
| OCS | Terminator misc_feature | 1.551 | 1.746 | 196 | + |
| Amp | Selektionsmarker misc_feature | 2.562 | 3.422 | 861 | + |
| ColE1 | Origin / Backbone misc_feature | 3.465 | 4.181 | 717 | + |
PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle
Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.
Zitierweise
Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.
pUbiAT-OCS (DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/puc/pUbiAT-OCS)Ihre Publikation verwendet einen unserer Vektoren? Schreiben Sie uns.
Verwendet in
- The Arabidopsis AAC Proteins CIL and CIA2 Are Sub-functionalized Paralogs Involved in Chloroplast Development – Li M, Ruwe H, Melzer M, et al., Frontiers in Plant Science 2021; 12:681375
- RNA-Guided Cas9-Induced Mutagenesis in Tobacco Followed by Efficient Genetic Fixation in Doubled Haploid Plants – Schedel S, Pencs S, Hensel G, et al., Frontiers in Plant Science 2017; 7
- A simple test for the cleavage activity of customized endonucleases in plants – Budhagatapalli N, Schedel S, Gurushidze M, et al., Plant Methods 2016; 12:18