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DNA Cloning Service
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RNAi

p6-Ubi-RNAi2

RNAi-Vektor mit 35S–hpt und Ubi-maize–gus-spacer, für Monokotyle.

24681012'Ubi-int''Ubi-int'ParBhptSm/SpColE1resolvaseParAGusIntronIntron35SbomT35ST35sT35SXmnI (292)EcoRI (695)SacII (1232)SbfI, SwaIAarI, SalI, SacI, MluIBsrGI, HindIIIAflII, BamHI, SpeIPacI, PmeIBsiWI (10114)BstEII (11595)p6-Ubi-RNAi213.050 bp

GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq

Lässt sich öffnen in SnapGene Viewer (kostenlos), Benchling, ApE und Geneious.

Restriktionsschnittstellen

Single Cutter · SchnittstelleSchneidet beiLage
XmnI (PdmI)GAANN^NNTTC292in 35S
EcoRIG^AATTC695in hpt
SacII (Cfr42I)CCGC^GG1.232in hpt
SbfI (SdaI)CCTGCA^GG1.710zwischen T35S und Ubi-int'
SwaI (SmiI)ATTT^AAAT1.751zwischen T35S und Ubi-int'
AarICACCTGC(4/8)3.224in Intron
SalIG^TCGAC3.239zwischen Ubi-int' und T35s
SacI (Ecl136II)GAGCT^C3.250zwischen Ubi-int' und T35s
MluIA^CGCGT3.300zwischen T35s und Gus
BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA3.307zwischen T35s und Gus
HindIIIA^AGCTT3.314zwischen T35s und Gus
AflII (BspTI)C^TTAAG3.870zwischen Gus und T35S
BamHIG^GATCC3.884zwischen Gus und T35S
SpeIA^CTAGT3.946zwischen T35S und Ubi-int'
PacITTAAT^TAA5.443zwischen Ubi-int' und BR
PmeI (MssI)GTTT^AAAC5.509zwischen Ubi-int' und BR
BsiWI (Pfl23II)C^GTACG10.114in ParB
BstEII (Eco91I)G^GTNACC11.595in Sm/Sp

Schneiden zweimal: SphI (1.716, 5.634), KpnI (1.760, 5.477), SmaI (436, 3.879), EcoRV (332, 6.021), SfiI (1.741, 5.454), FseI (7.781, 9.886), AgeI (10.724, 11.032), NsiI (3.007, 4.186), AatII (479, 5.900), BsaI (10.633, 11.053), SapI (6.953, 10.850).

Keine Schnittstelle: AscI, AvrII, BstBI, HpaI, StuI, PvuII.

Aus der GenBank-Sequenz berechnet für 50 gängige Enzyme; Positionen bezeichnen den Schnitt im oberen Strang, ohne Dam/Dcm-Methylierung. Vektoren vergleichen in der Restriktionsschnittstellen-Suche.

Promotor 1
35S
Gen 1
hpt
Promotor 2
Ubi-maize
Gen 2
gus-spacer
Merkmale
Doppelpromotor-Konstrukt für Monokotyle
Weitere Marker
Sm/Sp
Größe
13.050 bp, zirkulär
Datum des Eintrags
15-FEB-2013

Konstrukt

  • 35S–hpt · T35S · Selektionskassette, 7–1.703
  • Ubi-int–(leer)–T35S · leere Expressionskassette, 1.763–3.938
  • Ubi-int–Gus · T35s · Kassette mit Insert, 3.252–5.427 (Minusstrang)
  • MCS · 6 Single-Cutter-Schnittstellen · Pos. 3.224, 3.314
  • SfiI ×2 · flankiert 2 Kassetten · Pos. 1.741, 5.454

Ligation of inverted A287pD1-Ubi-RNAi2* into pLH6000*

Ausgelesen aus der GenBank-Datei; alle Vektoren im Vergleich in der Tabelle Mehrere Expressionskassetten.

250 €

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Annotierte Elemente

ElementTypStartEndeLängeStrang
35SPromotor misc_feature7422416+
hptSelektionsmarker CDS4521.4771.026+
T35STerminator misc_feature1.5021.703202+
'Ubi-int'Promotor misc_feature1.7633.2381.476+
IntronSchnittstelle misc_feature2.7173.236520+
T35sTerminator misc_feature3.2523.30049−
ohne NamenKodierende Sequenz CDS3.3203.869550+
GusKodierende Sequenz CDS3.3203.869550−
T35STerminator misc_feature3.8903.93849+
'Ubi-int'Promotor misc_feature3.9525.4271.476−
IntronSchnittstelle misc_feature3.9544.473520−
BRSchnittstelle misc_feature5.5255.54824+
ColE1Origin / Backbone misc_feature6.0836.780698+
bomOrigin / Backbone misc_feature6.8177.076260+
resolvaseSonstiges misc_feature7.4568.142687+
ParATerminator misc_feature8.4419.070630+
ParBTerminator misc_feature9.39710.5721.176+
Sm/SpSelektionsmarker CDS11.21812.2281.011+
BLSchnittstelle misc_feature12.74912.77224+

PromotorKodierende SequenzTerminatorSelektionsmarkerOrigin / BackboneT-DNA-Grenze (Border)Schnittstelle

Die Elementtypen werden aus den Bezeichnungen in der GenBank-Datei abgeleitet; maßgeblich ist die Datei selbst.

Zitierweise

Bitte zitieren Sie den Vektor im Methodenteil wie folgt.

p6-Ubi-RNAi2 (DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/rnai/p6-Ubi-RNAi2; RRID:SCR_029231)

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