p6-Ubi-RNAi2
Vetor de RNAi com 35S–hpt e Ubi-maize–gus-spacer, para monocotiledôneas.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Abre no SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE e Geneious.
Sítios de restrição
| Corte único · sítio | Corta em | Localização |
|---|---|---|
| XmnI (PdmI)GAANN^NNTTC | 292 | em 35S |
| EcoRIG^AATTC | 695 | em hpt |
| SacII (Cfr42I)CCGC^GG | 1.232 | em hpt |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1.710 | entre T35S e Ubi-int' |
| SwaI (SmiI)ATTT^AAAT | 1.751 | entre T35S e Ubi-int' |
| AarICACCTGC(4/8) | 3.224 | em Intron |
| SalIG^TCGAC | 3.239 | entre Ubi-int' e T35s |
| SacI (Ecl136II)GAGCT^C | 3.250 | entre Ubi-int' e T35s |
| MluIA^CGCGT | 3.300 | entre T35s e Gus |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 3.307 | entre T35s e Gus |
| HindIIIA^AGCTT | 3.314 | entre T35s e Gus |
| AflII (BspTI)C^TTAAG | 3.870 | entre Gus e T35S |
| BamHIG^GATCC | 3.884 | entre Gus e T35S |
| SpeIA^CTAGT | 3.946 | entre T35S e Ubi-int' |
| PacITTAAT^TAA | 5.443 | entre Ubi-int' e BR |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 5.509 | entre Ubi-int' e BR |
| BsiWI (Pfl23II)C^GTACG | 10.114 | em ParB |
| BstEII (Eco91I)G^GTNACC | 11.595 | em Sm/Sp |
Corte duplo: SphI (1.716, 5.634), KpnI (1.760, 5.477), SmaI (436, 3.879), EcoRV (332, 6.021), SfiI (1.741, 5.454), FseI (7.781, 9.886), AgeI (10.724, 11.032), NsiI (3.007, 4.186), AatII (479, 5.900), BsaI (10.633, 11.053), SapI (6.953, 10.850).
Sem sítio: AscI, AvrII, BstBI, HpaI, StuI, PvuII.
Calculado a partir da sequência GenBank para 50 enzimas comuns; as posições são o corte na fita superior, sem metilação Dam/Dcm. Compare vetores no localizador de sítios de restrição.
- Promotor 1
- 35S
- Gene 1
- hpt
- Promotor 2
- Ubi-maize
- Gene 2
- gus-spacer
- Características
- construção com promotor duplo para monocotiledôneas
- Outros marcadores
- Sm/Sp
- Tamanho
- 13.050 bp, circular
- Data do registro
- 15-FEB-2013
Construção
- 35S–hpt · T35S · cassete de seleção, 7–1.703
- Ubi-int–(vazio)–T35S · cassete de expressão vazio, 1.763–3.938
- Ubi-int–Gus · T35s · cassete com inserto, 3.252–5.427 (fita −)
- MCS · 6 sítios únicos · em 3.224, 3.314
- SfiI ×2 · flanqueia 2 cassetes · em 1.741, 5.454
Ligation of inverted A287pD1-Ubi-RNAi2* into pLH6000*
Extraído do arquivo GenBank; compare todos os vetores na tabela de múltiplos cassetes de expressão.
Elementos anotados
| Elemento | Tipo | Início | Fim | Comprimento | Fita |
|---|---|---|---|---|---|
| 35S | Promotor misc_feature | 7 | 422 | 416 | + |
| hpt | Marcador de seleção CDS | 452 | 1.477 | 1.026 | + |
| T35S | Terminador misc_feature | 1.502 | 1.703 | 202 | + |
| 'Ubi-int' | Promotor misc_feature | 1.763 | 3.238 | 1.476 | + |
| Intron | Sítio misc_feature | 2.717 | 3.236 | 520 | + |
| T35s | Terminador misc_feature | 3.252 | 3.300 | 49 | − |
| sem nome | Sequência codificadora CDS | 3.320 | 3.869 | 550 | + |
| Gus | Sequência codificadora CDS | 3.320 | 3.869 | 550 | − |
| T35S | Terminador misc_feature | 3.890 | 3.938 | 49 | + |
| 'Ubi-int' | Promotor misc_feature | 3.952 | 5.427 | 1.476 | − |
| Intron | Sítio misc_feature | 3.954 | 4.473 | 520 | − |
| BR | Sítio misc_feature | 5.525 | 5.548 | 24 | + |
| ColE1 | Origem / backbone misc_feature | 6.083 | 6.780 | 698 | + |
| bom | Origem / backbone misc_feature | 6.817 | 7.076 | 260 | + |
| resolvase | Outro misc_feature | 7.456 | 8.142 | 687 | + |
| ParA | Terminador misc_feature | 8.441 | 9.070 | 630 | + |
| ParB | Terminador misc_feature | 9.397 | 10.572 | 1.176 | + |
| Sm/Sp | Marcador de seleção CDS | 11.218 | 12.228 | 1.011 | + |
| BL | Sítio misc_feature | 12.749 | 12.772 | 24 | + |
PromotorSequência codificadoraTerminadorMarcador de seleçãoOrigem / backboneBorda do T-DNASítio
Os tipos de elemento são deduzidos das anotações do arquivo GenBank; o próprio arquivo é a referência.
Como citar
Cite o vetor assim na seção de Métodos (Material e Métodos).
p6-Ubi-RNAi2 (DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/rnai/p6-Ubi-RNAi2)Seu artigo usa um dos nossos vetores? Conte para nós.