p7D35s-Cpf1-Gem E101
Vector CRISPR/Cas con 35s–bar y LbCPf1, para dicotiledóneas.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
Se abre en SnapGene Viewer (gratuito), Benchling, ApE y Geneious.
Sitios de restricción
| Corte único · sitio | Corta en | Ubicación |
|---|---|---|
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 587 | entre 35S y Bar'' |
| MluIA^CGCGT | 1346 | entre 'Bar' y E9 |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1656 | entre E9 y LIR |
| AgeI (BshTI)A^CCGGT | 2037 | entre LIR y SIR |
| NcoIC^CATGG | 2058 | entre LIR y SIR |
| AscI (SgsI)GG^CGCGCC | 2574 | entre LIR y Ubi3Q |
| HpaI (KspAI)GTT^AAC | 3462 | en Ubi3Q |
| AvrII (XmaJI)C^CTAGG | 5422 | entre repA y T35 |
| NotIGC^GGCCGC | 5631 | entre T35 y Pro-Ubq10At |
| SalIG^TCGAC | 6476 | en Pro-Ubq10At |
| SpeIA^CTAGT | 7114 | entre Pro-Ubq10At y ORF-1 |
| BamHIG^GATCC | 7120 | entre Pro-Ubq10At y ORF-1 |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 10.919 | entre ORF-1 y NOS-T |
| NsiI (Mph1103I)ATGCA^T | 11.042 | en NOS-T |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 11.329 | en U6Gm |
| BsmBI (Esp3I)CGTCTC(1/5) | 11.342 | en U6Gm |
| HindIIIA^AGCTT | 11.522 | entre DR LbCpf1 y stop |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 11.545 | entre stop y Right Border Region |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 11.582 | entre stop y Right Border Region |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 11.614 | en Right Border Region |
| SphI (PaeI)GCATG^C | 11.739 | en Right Border Region |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 12.005 | en Right Border Region |
Corte doble: EcoRI (6298, 11.179), PstI (1656, 11.223), SacI (6731, 9412), NdeI (2118, 3693), SfiI (1666, 11.559), BsiWI (2025, 2561), MfeI (14, 945), StuI (2939, 11.553), EagI (5631, 11.996), SacII (1228, 1245), BsaI (11.506, 11.538), AarI (1128, 9992).
Sin sitio: PacI, FseI, SwaI, PvuII.
Calculado a partir de la secuencia GenBank para 50 enzimas comunes; las posiciones son el corte en la hebra superior, sin metilación Dam/Dcm. Compare vectores en el buscador de sitios de restricción.
- Promotor 1
- 35s
- Gen 1
- bar
- Gen 2
- LbCPf1
- Características
- dicotiledóneas
- Otros marcadores
- Bar'', 'Bar', strep/spec
- Tamaño
- 16.267 bp, circular
- Fecha del registro
- 05-JUL-2021
Construcción
- 35S–Bar · E9 · casete de selección, 169–1646
- Ubi3Q–cDNA · casete con inserto, 2581–3934
- Pro-Ubq10At–ORF-1 · NOS-T · casete con inserto, 5638–11.175
- U6Gm (sin scaffold anotado) · casete de gRNA, 11.185–11.490
- MCS · 4 sitios únicos · en 11.522, 11.614
- SfiI ×2 · flanquea 3 casetes · en 1666, 11.559
- BsaI Golden Gate · overhangs TAGA, TTTT · en 11.506, 11.538
- Bordes del T-DNA · LB, RB
Ligation of Lir-Pst-Nco* into E221p7D35s-Cpf1-LIR2*
Extraído del archivo GenBank; compare todos los vectores en la tabla de múltiples casetes de expresión.
Elementos anotados
| Elemento | Tipo | Inicio | Fin | Longitud | Hebra |
|---|---|---|---|---|---|
| LB' | Borde del T-DNA misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| 35S | Promotor misc_feature | 169 | 584 | 416 | + |
| Bar'' | Marcador de selección CDS | 605 | 838 | 234 | + |
| STLS1 | Otro misc_feature | 839 | 1027 | 189 | + |
| ''Bar' | Marcador de selección CDS | 1028 | 1343 | 316 | + |
| 'E9 | Terminador misc_feature | 1356 | 1646 | 291 | + |
| LIR | Otro misc_feature | 1685 | 2036 | 352 | + |
| SIR | Otro misc_feature | 2064 | 2220 | 157 | + |
| LIR | Otro misc_feature | 2221 | 2572 | 352 | + |
| Ubi3Q | Promotor misc_feature | 2581 | 3690 | 1110 | + |
| cDNA | Secuencia codificante CDS | 3691 | 3934 | 244 | + |
| int | Sitio misc_feature | 3935 | 4309 | 375 | + |
| repA | Origen / backbone CDS | 4331 | 4921 | 591 | + |
| intron | Sitio misc_feature | 4922 | 5007 | 86 | + |
| repA | Origen / backbone CDS | 5008 | 5421 | 414 | + |
| T35 | Otro misc_feature | 5428 | 5629 | 202 | + |
| Pro-Ubq10At | Promotor misc_feature | 5638 | 7113 | 1476 | + |
| Ubi cds 5` | Secuencia codificante CDS | 6742 | 6805 | 64 | + |
| íntron | Otro misc_feature | 6808 | 7111 | 304 | + |
| ORF-1 | Secuencia codificante CDS | 7134 | 10.916 | 3783 | + |
| NLS | Sitio misc_feature | 7140 | 7160 | 21 | + |
| NLS | Sitio misc_feature | 10.866 | 10.913 | 48 | + |
| NOS-T | Terminador misc_feature | 10.922 | 11.175 | 254 | + |
| U6Gm | Promotor misc_feature | 11.185 | 11.490 | 306 | + |
| DR LbCpf1 | Borde del T-DNA CDS | 11.491 | 11.511 | 21 | + |
| stop | Sitio CDS | 11.538 | 11.544 | 7 | + |
| Right Border Region | Otro misc_feature | 11.585 | 12.187 | 603 | + |
| RB | Borde del T-DNA misc_feature | 11.630 | 11.653 | 24 | + |
| 'ColE1'' | Origen / backbone misc_feature | 12.201 | 12.859 | 659 | + |
| ''pVS1 ORI''' | Origen / backbone misc_feature | 12.888 | 14.851 | 1964 | + |
| ParB | Secuencia codificante CDS | 13.214 | 14.389 | 1176 | + |
| strep/spec | Marcador de selección CDS | 15.040 | 16.050 | 1011 | + |
| Left Border Region | Borde del T-DNA misc_feature | 16.118 | 163 | 0 | + |
PromotorSecuencia codificanteTerminadorMarcador de selecciónOrigen / backboneBorde del T-DNASitio
Los tipos de elemento se deducen de las anotaciones del archivo GenBank; la referencia es el propio archivo.
Cómo citar
Cite el vector así en la sección de Materiales y métodos.
p7D35s-Cpf1-Gem (E101; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p7D35s-Cpf1-Gem)¿Su artículo utiliza uno de nuestros vectores? Avísenos.