p7D35s-Cpf1-Gem E101
Vecteur CRISPR/Cas avec 35s–bar et LbCPf1, pour les dicotylédones.
GenBank (.gbk)SnapGene (.dna)FASTA.seq
S’ouvre dans SnapGene Viewer (gratuit), Benchling, ApE et Geneious.
Sites de restriction
| Enzyme à coupure unique · site | Coupe en | Emplacement |
|---|---|---|
| XhoI (PaeR7I)C^TCGAG | 587 | entre 35S et Bar'' |
| MluIA^CGCGT | 1 346 | entre 'Bar' et E9 |
| SbfI (SdaI)CCTGCA^GG | 1 656 | entre E9 et LIR |
| AgeI (BshTI)A^CCGGT | 2 037 | entre LIR et SIR |
| NcoIC^CATGG | 2 058 | entre LIR et SIR |
| AscI (SgsI)GG^CGCGCC | 2 574 | entre LIR et Ubi3Q |
| HpaI (KspAI)GTT^AAC | 3 462 | dans Ubi3Q |
| AvrII (XmaJI)C^CTAGG | 5 422 | entre repA et T35 |
| NotIGC^GGCCGC | 5 631 | entre T35 et Pro-Ubq10At |
| SalIG^TCGAC | 6 476 | dans Pro-Ubq10At |
| SpeIA^CTAGT | 7 114 | entre Pro-Ubq10At et ORF-1 |
| BamHIG^GATCC | 7 120 | entre Pro-Ubq10At et ORF-1 |
| SmaI (XmaI, TspMI)CCC^GGG | 10 919 | entre ORF-1 et NOS-T |
| NsiI (Mph1103I)ATGCA^T | 11 042 | dans NOS-T |
| BsrGI (Bsp1407I)T^GTACA | 11 329 | dans U6Gm |
| BsmBI (Esp3I)CGTCTC(1/5) | 11 342 | dans U6Gm |
| HindIIIA^AGCTT | 11 522 | entre DR LbCpf1 et stop |
| NheI (BmtI)G^CTAGC | 11 545 | entre stop et Right Border Region |
| KpnI (Acc65I)GGTAC^C | 11 582 | entre stop et Right Border Region |
| PmeI (MssI)GTTT^AAAC | 11 614 | dans Right Border Region |
| SphI (PaeI)GCATG^C | 11 739 | dans Right Border Region |
| AatII (ZraI)GACGT^C | 12 005 | dans Right Border Region |
Double coupure : EcoRI (6 298, 11 179), PstI (1 656, 11 223), SacI (6 731, 9 412), NdeI (2 118, 3 693), SfiI (1 666, 11 559), BsiWI (2 025, 2 561), MfeI (14, 945), StuI (2 939, 11 553), EagI (5 631, 11 996), SacII (1 228, 1 245), BsaI (11 506, 11 538), AarI (1 128, 9 992).
Aucun site : PacI, FseI, SwaI, PvuII.
Calculé à partir de la séquence GenBank pour 50 enzymes courantes ; les positions correspondent à la coupure sur le brin supérieur, sans méthylation Dam/Dcm. Comparez les vecteurs dans la recherche de sites de restriction.
- Promoteur 1
- 35s
- Gène 1
- bar
- Gène 2
- LbCPf1
- Caractéristiques
- dicotylédones
- Autres marqueurs
- Bar'', 'Bar', strep/spec
- Taille
- 16 267 bp, circulaire
- Date de l’enregistrement
- 05-JUL-2021
Construction
- 35S–Bar · E9 · cassette de sélection, 169–1 646
- Ubi3Q–cDNA · cassette avec insert, 2 581–3 934
- Pro-Ubq10At–ORF-1 · NOS-T · cassette avec insert, 5 638–11 175
- U6Gm (aucun scaffold annoté) · cassette ARNg, 11 185–11 490
- MCS · 4 sites uniques · en 11 522, 11 614
- SfiI ×2 · encadre 3 cassettes · en 1 666, 11 559
- BsaI Golden Gate · extrémités cohésives TAGA, TTTT · en 11 506, 11 538
- Bordures de l’ADN-T · LB, RB
Ligation of Lir-Pst-Nco* into E221p7D35s-Cpf1-LIR2*
Extrait du fichier GenBank ; comparez tous les vecteurs dans le tableau des cassettes d’expression multiples.
Éléments annotés
| Élément | Type | Début | Fin | Longueur | Brin |
|---|---|---|---|---|---|
| LB' | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 1 | 24 | 24 | + |
| 35S | Promoteur misc_feature | 169 | 584 | 416 | + |
| Bar'' | Marqueur de sélection CDS | 605 | 838 | 234 | + |
| STLS1 | Autre misc_feature | 839 | 1 027 | 189 | + |
| ''Bar' | Marqueur de sélection CDS | 1 028 | 1 343 | 316 | + |
| 'E9 | Terminateur misc_feature | 1 356 | 1 646 | 291 | + |
| LIR | Autre misc_feature | 1 685 | 2 036 | 352 | + |
| SIR | Autre misc_feature | 2 064 | 2 220 | 157 | + |
| LIR | Autre misc_feature | 2 221 | 2 572 | 352 | + |
| Ubi3Q | Promoteur misc_feature | 2 581 | 3 690 | 1 110 | + |
| cDNA | Séquence codante CDS | 3 691 | 3 934 | 244 | + |
| int | Site misc_feature | 3 935 | 4 309 | 375 | + |
| repA | Origine / squelette CDS | 4 331 | 4 921 | 591 | + |
| intron | Site misc_feature | 4 922 | 5 007 | 86 | + |
| repA | Origine / squelette CDS | 5 008 | 5 421 | 414 | + |
| T35 | Autre misc_feature | 5 428 | 5 629 | 202 | + |
| Pro-Ubq10At | Promoteur misc_feature | 5 638 | 7 113 | 1 476 | + |
| Ubi cds 5` | Séquence codante CDS | 6 742 | 6 805 | 64 | + |
| íntron | Autre misc_feature | 6 808 | 7 111 | 304 | + |
| ORF-1 | Séquence codante CDS | 7 134 | 10 916 | 3 783 | + |
| NLS | Site misc_feature | 7 140 | 7 160 | 21 | + |
| NLS | Site misc_feature | 10 866 | 10 913 | 48 | + |
| NOS-T | Terminateur misc_feature | 10 922 | 11 175 | 254 | + |
| U6Gm | Promoteur misc_feature | 11 185 | 11 490 | 306 | + |
| DR LbCpf1 | Bordure de l’ADN-T CDS | 11 491 | 11 511 | 21 | + |
| stop | Site CDS | 11 538 | 11 544 | 7 | + |
| Right Border Region | Autre misc_feature | 11 585 | 12 187 | 603 | + |
| RB | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 11 630 | 11 653 | 24 | + |
| 'ColE1'' | Origine / squelette misc_feature | 12 201 | 12 859 | 659 | + |
| ''pVS1 ORI''' | Origine / squelette misc_feature | 12 888 | 14 851 | 1 964 | + |
| ParB | Séquence codante CDS | 13 214 | 14 389 | 1 176 | + |
| strep/spec | Marqueur de sélection CDS | 15 040 | 16 050 | 1 011 | + |
| Left Border Region | Bordure de l’ADN-T misc_feature | 16 118 | 163 | 0 | + |
PromoteurSéquence codanteTerminateurMarqueur de sélectionOrigine / squeletteBordure de l’ADN-TSite
Les types d’éléments sont déduits des étiquettes du fichier GenBank ; c’est le fichier lui-même qui fait référence.
Comment citer
Citez le vecteur ainsi dans la partie Matériel et méthodes.
p7D35s-Cpf1-Gem (E101; DNA Cloning Service e.K., Hamburg, Germany; https://dna-cloning.com/vectors/crispr/p7D35s-Cpf1-Gem; RRID:SCR_029231)Votre article utilise l’un de nos vecteurs ? Dites-le-nous.